PDB-3t0g: IspH:HMBPP (substrate) structure of the T167C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t0g

タイトル

IspH:HMBPP (substrate) structure of the T167C mutant

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3Fe-4S iron-sulfur cluster / conserved cysteine / IPP and DMAPP production final step / non-mevalonate pathway / substrate HMBPP / low activity

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Span, I. / Graewert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Mutant IspH Proteins Reveal a Rotation of the Substrate's Hydroxymethyl Group during Catalysis.
著者: Span, I. / Grawert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

履歴

登録	2011年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t0g.cif.gz	252.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t0g.ent.gz	204.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t0g_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t0g_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3t0g_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	3t0g_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3szlC 3szoC 3szuC 3t0fC 3f7tS 3dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kef-2 3utc-2 3uv6-2 3szu-2 3f7t-1 3kef-3 3zgl-1 3urk-2 3ke8-3 3utd-1 4h4c-1 3uwm-1 3uv6-1 4h4e-2 4muy-2 3szu-1 3zgn-2 4muy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.540, 80.850, 112.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 13 - 321

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 36225.070 Da / 分子数: 2 / 変異: T167C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP 分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 37749 / Num. obs: 37485 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F7T

3f7t

解像度: 2.1→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 13.661 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27753	1855	5 %	RANDOM
R_work	0.21487	-	-	-
obs	0.21801	35246	100 %	-
all	-	37101	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4771	0	44	141	4956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	4894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.975	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.681	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.588	15	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.467	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.968	1.5	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.665	2	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.845	3	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.331	4.5	1651

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2389 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.39	0.5
A	medium thermal	1.22	2
B	medium positional	0.39	0.5
B	medium thermal	1.22	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	127	-
R_work	0.282	2399	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6007	-0.8745	0.0034	1.7163	0.5566	0.7177	0.0356	-0.0991	0.2153	0.0666	0.0958	-0.4078	0.1574	-0.0563	-0.1315	0.0418	-0.0131	-0.0063	0.0374	-0.0182	0.1102	-8.9788	-7.9518	-7.4654
2	0.1462	-0.2289	-0.0089	0.4389	0.0001	0.0031	0.0517	-0.017	-0.0085	-0.1021	-0.0527	-0.0022	-0.0006	0.0131	0.001	0.0261	0.0086	-0.0031	0.0832	0.0031	0.0227	-29.6165	-10.1267	-10.614
3	1.6534	0.6329	1.1032	5.6674	0.9824	0.7998	0.2579	0.0364	-0.1352	-0.2477	-0.2194	0.2341	0.1131	-0.0005	-0.0385	0.1065	0.0173	-0.0714	0.0344	-0.0204	0.0513	-40.2438	-13.4406	-21.5898
4	4.2813	-1.2586	-0.2374	1.2952	-0.9534	1.1475	0.2307	0.2305	-0.3297	-0.1308	-0.1987	0.1437	0.0479	0.1419	-0.0321	0.0589	0.0078	-0.0087	0.0528	-0.0268	0.0313	-26.7017	-10.435	-21.5539
5	5.6626	-2.086	1.782	4.5783	0.9996	1.544	0.2366	0.9909	-0.0212	-0.5829	-0.2475	-0.1627	-0.0686	0.3151	0.0109	0.1138	0.0204	0.0382	0.1881	-0.0279	0.0412	-37.484	-9.9984	-27.4885
6	0.0634	-0.1628	-0.1607	2.3187	0.1849	0.4871	0.0627	0.0504	-0.002	-0.1275	-0.0657	0.2436	-0.0282	-0.135	0.003	0.1305	0.0346	0.0011	0.0857	-0.0094	0.0341	-41.1832	-4.6925	-20.6953
7	1.3911	0.6235	-0.447	3.9185	2.8666	3.0655	0.0289	0.0797	0.2472	-0.125	-0.2143	0.5504	0.079	-0.258	0.1854	0.1283	0.0115	-0.0761	0.0907	-0.0016	0.1338	-48.5854	-0.4793	-22.3764
8	0.2347	0.0738	-0.1928	1.2321	-0.1212	0.1616	0.0611	0.0061	-0.0062	-0.108	-0.0605	0.0554	-0.046	-0.0045	-0.0005	0.0309	0.0105	-0.0078	0.0591	-0.008	0.0146	-38.804	-0.4756	-11.5937
9	6.9653	2.6219	0.5781	4.009	2.4384	2.232	0.2744	-0.2417	0.2292	0.6111	-0.1811	0.3226	0.2148	-0.267	-0.0934	0.1559	0.0377	0.1373	0.0833	0.056	0.2146	-43.6425	15.5043	-9.089
10	0.3217	-0.8942	-0.6634	6.5256	1.8039	1.3688	-0.0174	-0.0065	0.0322	-0.2393	0.0888	0.1827	0.0339	0.0157	-0.0714	0.0263	0.0121	-0.0176	0.0471	0.0116	0.0227	-30.9542	11.767	-17.7106
11	2.0612	0.8878	0.3261	2.1285	0.0024	0.7357	-0.1414	0.129	0.1523	-0.2106	0.1276	0.2569	-0.0478	-0.0169	0.0138	0.0344	-0.0003	-0.017	0.0297	0.0306	0.0426	-34.4218	20.8701	-16.4872
12	0.2663	-0.7258	0.2387	2.1431	-0.6933	0.2256	-0.0165	-0.003	-0.0041	0.0588	0.0065	-0.0294	-0.015	0.0008	0.01	0.0295	0.0103	0.0163	0.0365	-0.0013	0.0252	-23.6006	14.2227	-10.3343
13	1.7686	1.6123	-0.7908	2.7691	-3.1691	5.0403	0.0654	-0.0244	0.1117	0.2227	-0.002	0.1048	-0.2612	-0.038	-0.0635	0.0865	-0.0034	0.0126	0.0136	-0.0148	0.0211	-29.293	22.5851	-5.3559
14	1.5837	-0.4459	0.0053	0.3468	-0.1993	0.1801	0.057	-0.1021	0.0904	-0.0628	-0.0128	0.0164	0.0373	0.0228	-0.0442	0.0315	0.0072	0.0044	0.0517	-0.0064	0.0183	-19.2614	2.7764	-6.0288
15	0.4998	0.125	-0.1916	0.6742	0.2201	0.1863	0.0077	0.0409	0.0159	-0.0087	0.0115	-0.0485	-0.001	-0.0165	-0.0192	0.0182	0.0035	0.021	0.0362	0.0062	0.0272	-11.4595	0.1612	-16.113
16	2.6761	-0.0467	-0.2323	0.041	-0.0403	5.1328	-0.0696	0.1572	-0.0261	-0.0522	0.004	-0.0671	0.1024	0.3059	0.0656	0.0732	-0.009	0.0905	0.0309	-0.0114	0.1141	-2.7758	-8.6424	-21.0433
17	1.605	0.2952	0.0892	2.007	0.0482	0.0056	0.0441	-0.0798	-0.1087	0.0667	-0.036	-0.0031	0.0031	-0.0068	-0.0081	0.0315	0.0122	0.009	0.0352	0.0078	0.0128	-14.7064	-12.0026	-13.7944
18	2.6871	-1.3116	-2.5542	1.5413	2.2071	4.2676	0.0364	-0.1859	-0.155	0.1159	0.0163	-0.1763	0.1233	0.0756	-0.0527	0.0304	-0.0027	-0.035	0.0326	0.0335	0.0859	-7.6419	-11.9865	-7.7052
19	5.0563	1.7067	2.7103	0.6376	1.1104	2.1182	0.0816	-0.0893	-0.1412	0.0589	-0.0467	-0.0495	0.1689	-0.1265	-0.0349	0.0326	-0.0125	0.02	0.0383	-0.0057	0.0452	-31.2907	-7.3296	-1.8958
20	4.84	-2.4158	-2.0464	8.0392	2.5886	6.9746	0.0408	-0.0336	-0.068	0.3982	0.0269	0.313	0.1265	-0.4087	-0.0676	0.0271	-0.0027	0.0136	0.04	0.0054	0.0252	-44.01	-13.5126	-7.5579
21	1.1274	0.1327	0.5064	0.5646	-0.251	0.644	-0.071	0.1152	-0.062	-0.1274	0.1129	0.135	0.0609	-0.0535	-0.0419	0.0418	-0.0228	-0.0272	0.0541	-0.0035	0.0647	-56.5756	-7.5308	8.2066
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32	2.7221	1.564	-0.7013	1.1691	-0.1812	0.3639	0.0228	0.0425	0.039	-0.0069	-0.0094	0.0191	-0.0224	-0.0287	-0.0133	0.0187	0.0037	-0.0104	0.0553	0.0114	0.0101	-43.8218	3.2684	6.2212
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34	0.7249	-0.1345	-0.4224	0.5834	-0.6008	1.0765	-0.0679	-0.0299	-0.076	0.1899	0.0493	0.0449	-0.1741	-0.0157	0.0185	0.066	0.006	0.0123	0.0411	0.0099	0.0339	-48.9158	0.5898	17.6255
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38	2.1898	1.355	-2.1252	4.1304	-1.2705	4.2041	-0.0037	0.2704	-0.0438	-0.1406	0.1031	0.4531	0.2738	-0.2689	-0.0994	0.0401	0.0014	-0.0389	0.0347	-0.0146	0.0814	-57.6718	-11.4248	8.6176
39	4.4463	-1.2514	2.8485	0.3777	-0.9261	2.4401	-0.0259	0.1857	-0.0215	-0.0334	-0.0402	-0.0099	0.1904	0.0989	0.0661	0.0734	0.001	0.024	0.0684	-0.0112	0.0119	-32.9204	-7.7092	3.1076
40	7.3486	-0.5575	-1.7045	1.4867	0.8188	2.5149	-0.0256	0.3239	0.146	-0.0616	0.125	-0.1408	0.1862	0.157	-0.0994	0.0277	0.0112	0.0047	0.0442	-0.0072	0.0147	-22.2258	-15.4829	7.9667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	997
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
13	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
16	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
17	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
19	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
20	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
21	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
22	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
23	X-RAY DIFFRACTION	21	B	997
24	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
25	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
27	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
28	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
29	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
30	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
31	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
32	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
33	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
34	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
35	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
36	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
37	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
38	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
39	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
40	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
41	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
42	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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