PDB-3t0f: IspH:HMBPP (substrate) structure of the E126D mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t0f

タイトル

IspH:HMBPP (substrate) structure of the E126D mutant

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3Fe-4S iron-sulfur cluster / conserved cysteine / IPP and DMAPP production final step / non-mevalonate pathway / substrate HMBPP / low activity

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Span, I. / Graewert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Mutant IspH Proteins Reveal a Rotation of the Substrate's Hydroxymethyl Group during Catalysis.
著者: Span, I. / Grawert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

履歴

登録	2011年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t0f.cif.gz	243.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t0f.ent.gz	193.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t0f_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t0f_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3t0f_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	3t0f_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3szlC 3szoC 3szuC 3t0gC 3f7tS 3dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3szo-2 3utc-1 4h4c-2 3kem-3 3utd-2 4h4e-1 3zgl-2 3kel-2 7now-2 3ke9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.850, 80.180, 114.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 13 - 321

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 36209.004 Da / 分子数: 2 / 変異: E126D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP 分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 47801 / Num. obs: 47419 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F7T

3f7t

解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 8.213 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24215	2352	5 %	RANDOM
R_work	0.20139	-	-	-
obs	0.20342	44686	100 %	-
all	-	47038	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.716 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4767	0	44	184	4995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.316	1.968	6611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.012	23.965	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.283	15	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.455	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.183	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.341	1.5	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.114	2	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.563	3	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.449	4.5	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.281	3	4890

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2303 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.38	0.5
A	medium thermal	2.54	2
B	medium positional	0.38	0.5
B	medium thermal	2.54	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	163	-
R_work	0.24	3113	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3078	0.063	-0.1553	1.2885	-0.6123	0.3584	-0.0644	0.1598	-0.0637	0.1637	0.1038	0.1392	-0.0292	-0.0675	-0.0395	0.1751	0.0026	0.0285	0.2206	-0.0192	0.107	5.384	9.004	-10.496
2	0.0486	-0.0885	-0.097	0.5601	0.2454	0.2276	-0.024	-0.0376	-0.0038	-0.0335	0.0067	0.0162	-0.0042	0.0376	0.0173	0.1393	0.005	-0.0085	0.1605	0.0051	0.1181	28.9028	10.7953	-11.3108
3	1.1552	-0.2299	0.2263	0.1259	0.1563	0.5748	0.0621	-0.0221	0.0125	-0.0333	-0.0078	-0.0462	-0.0499	-0.0216	-0.0543	0.1328	-0.0307	0.0142	0.1195	0.0011	0.1491	40.6804	15.1899	-21.0941
4	0.2463	-0.0502	0.0342	0.5556	1.0095	2.0839	0.0479	-0.105	-0.018	-0.0035	-0.0213	-0.0162	-0.1037	-0.0559	-0.0265	0.1191	0.003	-0.0081	0.1407	0.0046	0.1355	26.9423	11.4683	-22.5952
5	2.6162	-2.4265	-0.9469	2.2587	0.9076	0.5458	0.0285	0.1041	0.0643	-0.0183	-0.0839	-0.0575	-0.0103	-0.0855	0.0555	0.1452	-0.0072	0.0256	0.121	-0.01	0.1334	38.4853	12.0944	-27.6178
6	0.557	0.4321	-0.6994	0.3946	-0.4686	0.9715	-0.0398	0.1288	0.0751	-0.0656	0.1692	0.0228	0.003	-0.0724	-0.1295	0.16	0.0031	0.0163	0.1511	-0.0198	0.1298	41.4098	5.778	-20.6964
7	2.7654	1.0646	-0.782	4.5713	-2.946	1.903	0.0333	-0.1245	-0.0241	-0.1407	-0.1695	-0.2166	0.0922	0.1229	0.1362	0.1131	0.0192	0.0563	0.1486	-0.0239	0.1441	49.047	2.0558	-21.8853
8	1.3368	0.0136	-0.2937	0.2192	-0.0778	0.6976	0.0237	0.0364	-0.02	0.1205	0.0218	-0.0954	-0.0573	-0.0591	-0.0455	0.1558	0.003	-0.0118	0.1346	-0.0087	0.107	38.3553	1.1201	-12.2552
9	5.853	-2.4623	-1.6948	8.2745	2.7613	1.0719	-0.0681	-0.4982	-0.1406	0.2542	0.071	-0.1206	0.0708	0.1045	-0.0029	0.126	0.0042	-0.0227	0.1358	0.0229	0.15	43.3754	-14.5827	-10.2943
10	4.8599	0.3457	-1.2826	0.1997	0.1087	0.574	-0.1235	0.0284	0.2457	-0.1129	0.1111	0.0605	-0.0998	0.0736	0.0125	0.1793	0.0019	-0.0259	0.1563	-0.0221	0.1122	30.988	-11.2513	-20.0368
11	1.2947	0.9821	-0.0834	1.9872	-0.1403	0.2058	-0.0924	0.0383	-0.1514	-0.1342	0.0233	-0.1925	0.0698	0.007	0.0691	0.127	0.0187	0.0283	0.0905	-0.0182	0.121	34.7353	-20.2456	-18.5137
12	1.1091	-0.1021	0.4096	2.113	0.5989	0.5532	-0.0485	0.0436	-0.1117	0.0287	0.0485	0.0234	-0.0656	-0.0043	0	0.1114	-0.0036	0.0032	0.1291	-0.0011	0.1171	23.7906	-13.6711	-12.7408
13	4.4959	0.0044	-0.7969	2.7173	2.1481	1.8416	0.2717	-0.2282	-0.2582	0.097	-0.1364	-0.2319	0.0191	-0.0752	-0.1354	0.1833	0.0038	-0.0315	0.0817	0.0433	0.0926	29.3049	-22.0116	-7.4782
14	0.0307	-0.1325	0.0356	0.5948	-0.1568	0.0422	-0.0034	-0.0029	-0.0258	0.0656	0.0222	0.0704	-0.0115	0.0027	-0.0188	0.1427	-0.0032	-0.0001	0.1309	-0.002	0.1553	18.6199	-2.6355	-8.377
15	1.2568	0.1168	0.1499	0.3143	-0.2525	0.2576	0.0831	0.0089	-0.1044	-0.0281	-0.0017	0.0935	0.0311	0.0212	-0.0814	0.1364	-0.0052	-0.0196	0.1316	-0.0034	0.1483	11.6876	0.2477	-19.1088
16	4.0695	0.4537	-1.0593	2.5428	-0.2196	3.7896	0.0873	0.386	0.0737	-0.1554	0.1265	0.2909	-0.061	-0.1831	-0.2138	0.0702	0.0084	-0.0515	0.1123	0.0102	0.1623	3.3557	9.3823	-24.3176
17	1.8577	-0.7108	0.2753	0.2864	-0.1194	0.0717	-0.0224	-0.0707	0.03	0.0449	0.0367	0.018	-0.0577	0.0263	-0.0143	0.1485	-0.0049	0.0069	0.1353	-0.0033	0.1459	14.365	12.2769	-15.7911
18	1.7167	-2.0683	2.9139	2.5105	-3.4489	5.8762	-0.077	-0.0563	-0.0299	0.1043	0.0645	0.084	-0.1453	-0.1286	0.0125	0.0945	-0.0084	0.0212	0.1151	-0.0021	0.1416	6.9752	11.8574	-10.3649
19	3.1783	-0.3043	-0.2604	0.0385	-0.0563	0.7644	-0.1166	-0.2282	-0.15	0.0168	0.005	0.0067	-0.0649	0.0843	0.1115	0.1526	0.0014	0.001	0.1533	-0.0172	0.0997	30.2051	7.2125	-3.0093
20	13.9394	-3.7018	-11.7503	22.829	1.643	28.9203	0.0271	-0.5461	-0.5144	0.5785	-0.3554	-0.9895	-0.3647	0.8455	0.3282	0.0811	-0.0628	-0.0666	0.145	0.0476	0.1095	42.8946	14.4438	-6.9644
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33	2.2595	-1.95	3.3622	1.939	-3.593	6.977	0.129	-0.0618	0.0275	-0.2276	-0.0314	-0.0538	0.5014	0.135	-0.0976	0.0753	0.009	0.0104	0.0727	-0.0397	0.4177	58.0455	-0.8762	9.2127
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39	5.8687	-0.7665	-0.896	0.2728	0.4458	0.7751	0.0013	0.0995	-0.0198	-0.0446	-0.0291	-0.0004	-0.1099	-0.049	0.0278	0.137	0.0088	-0.0202	0.1595	0.0097	0.0911	31.2035	7.5023	2.1601
40	22.2364	13.626	15.416	21.7587	-0.9454	18.7665	-0.4461	0.726	1.0031	-0.1762	0.3417	1.462	-0.4315	0.5249	0.1044	0.0932	0.0835	-0.0582	0.2576	-0.0988	0.207	19.4116	14.4692	6.0706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 122
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	129 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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