PDB-3szv: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccK3 (OpdO)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3szv

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccK3 (OpdO)

要素

Pyroglutatmate porin OpdO

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Bert van den, B. / Elif, E.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels.
著者: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B.

履歴

登録	2011年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3szv.cif.gz	169.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3szv.ent.gz	134 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3szv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3szv_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3szv_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3szv_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3szv_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sy7C 3sy9C 3sybC 3sysC 3szdC 3t0sC 3t20C 3t24C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y0k-d 4fms-2 3sy9-1 3sy9-3 5dl8-1 4afk-d 3t24-3 3sy9-4 6k39-d 1k0c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyroglutatmate porin OpdO

ヘテロ分子

46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.919, 78.769, 50.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pyroglutatmate porin OpdO 分子量: 43972.520 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 26-409 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 属: opdO, PA2113 / 遺伝子: opdO, PA14_37260, PA2113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I202
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 1K 0.2 M ammonium sulphate 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 105557 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→14.571 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1978	7858	7.68 %	random
R_work	0.1833	-	-	-
obs	0.1845	102362	99.37 %	-
all	-	102362	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 75.856 Å² / k_sol: 0.448 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2209 Å²	-0 Å²	3.9315 Å²
2-	-	1.7259 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9469 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→14.571 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2821	0	109	472	3402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	4018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.103	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.2896	251	0.2699	3125	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4665-1.4837	0.2778	256	0.2696	3164	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4837-1.5018	0.2765	269	0.2499	3099	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5018-1.5208	0.2388	284	0.2349	3107	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5208-1.5408	0.2401	276	0.2262	3132	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5408-1.5618	0.2179	241	0.2141	3161	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5618-1.5841	0.1947	235	0.2031	3196	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5841-1.6077	0.2575	249	0.2044	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6077-1.6328	0.2148	263	0.1988	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6328-1.6596	0.2113	258	0.1937	3131	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6596-1.6881	0.2111	237	0.1898	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6881-1.7188	0.2	278	0.1768	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7188-1.7518	0.2029	285	0.1722	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7518-1.7875	0.1865	264	0.1709	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7875-1.8263	0.178	259	0.1698	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8263-1.8687	0.1913	261	0.1675	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8687-1.9153	0.1838	276	0.1646	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9153-1.967	0.189	262	0.1636	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
1.967-2.0247	0.1925	236	0.1664	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0247-2.0899	0.1812	252	0.1611	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0899-2.1644	0.1752	296	0.1661	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1644-2.2507	0.1792	278	0.1616	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2507-2.3527	0.1711	259	0.1686	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3527-2.4762	0.1936	255	0.177	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4762-2.6305	0.1867	267	0.1738	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6305-2.8322	0.191	270	0.1782	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8322-3.1147	0.1822	274	0.1763	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1147-3.5597	0.1898	268	0.174	3164	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5597-4.4634	0.2025	243	0.1851	3124	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4634-14.5713	0.231	256	0.2209	3052	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7627	0.9556	-0.5177	1.7887	-0.8289	0.9832	0.0354	-0.1027	0.0127	-0.0123	-0.1214	0.0036	-0.062	0.1423	0.0124	0.1347	0.0142	-0.0202	0.1931	-0.0177	0.1891	10.1642	-17.49	23.9657
2	2.3698	-0.034	-0.0872	1.2221	0.2927	0.2427	0.0029	-0.0363	0.0807	0.0539	-0.0014	0.2291	-0.0382	0.1102	0.0949	0.117	0.0154	-0.0142	0.1603	-0.0064	0.1448	9.0667	-20.5034	22.3284
3	1.3476	0.2339	-0.5904	2.4455	0.5556	0.3199	-0.0755	-0.0654	0.1247	-0.1498	-0.0815	0.0606	0.0204	0.1406	0.1469	0.1127	0.0108	-0.001	0.1834	0.0385	0.217	9.8656	-26.4592	20.8268
4	2.4263	-0.3662	-0.1607	1.7584	0.3228	0.6157	-0.0472	-0.0755	-0.032	0.0904	0.0456	0.1102	0.0002	-0.0669	0.0281	0.097	0.0196	0.0055	0.1069	0.0038	0.1296	19.1858	-30.7397	19.63
5	3.0823	0.0267	-1.7765	1.8429	0.1454	2.1798	0.1156	0.236	0.1444	-0.0368	-0.0934	0.3616	-0.2615	-0.4033	0.0349	0.1827	0.0386	-0.0425	0.2121	0.006	0.1954	17.5661	-27.5643	5.3972
6	1.8213	-0.1962	0.657	1.3702	-0.6453	2.1396	-0.0221	-0.156	-0.1204	0.2206	0.0443	0.013	0.0304	0.1103	-0.0435	0.1302	0.0469	0.0086	0.1079	0.0094	0.1052	33.1506	-34.2431	20.9642
7	3.0252	1.9772	2.9418	3.352	3.4273	6.5167	-0.0033	0.0963	-0.0832	0.0118	0.1332	-0.1615	-0.0649	0.2412	-0.0819	0.1394	0.0465	0.0044	0.0991	0.028	0.1211	36.4956	-30.1186	12.1688
8	0.8082	0.6695	0.5102	2.2646	1.041	1.4104	0.0395	-0.0389	0.0665	0.0262	-0.0191	-0.0256	-0.0589	0.1277	-0.0433	0.0926	-0.0144	-0.0015	0.0964	0.0088	0.0874	35.8968	-18.8969	16.4832
9	1.7943	-0.5261	-0.6381	2.2273	1.2146	2.6436	0.1332	-0.1265	0.2046	-0.1736	-0.0983	-0.0143	-0.1858	-0.0674	-0.1355	0.1536	-0.0522	-0.0077	0.1435	-0.0044	0.1419	33.3996	-10.8401	16.2849
10	2.3166	0.4553	-1.5568	0.8764	-0.2451	0.7322	0.0293	-0.0876	0.1137	-0.1351	-0.0132	0.1043	0.075	-0.0357	-0.0642	0.1685	-0.0456	-0.0057	0.2405	-0.0051	0.1647	24.9439	-8.8597	15.2256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -4:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 22:63)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 64:110)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 111:153)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 154:174)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 175:231)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 232:251)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 252:311)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 312:353)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 354:384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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