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- PDB-3syb: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccD3 (OpdP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3syb
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccD3 (OpdP)
要素Glycine-glutamate dipeptide porin OpdP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine-glutamate dipeptide porin OpdP
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / P / 解像度: 2.7 Å
データ登録者van den Berg, B. / Eren, E.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels.
著者: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B.
履歴
登録2011年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine-glutamate dipeptide porin OpdP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5696
ポリマ－51,4571
非ポリマー1,1115
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Glycine-glutamate dipeptide porin OpdP
ヘテロ分子

A: Glycine-glutamate dipeptide porin OpdP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,13712
ポリマ－102,9152
非ポリマー2,22310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area35640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.930, 159.828, 82.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-489-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycine-glutamate dipeptide porin OpdP


分子量: 51457.297 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 26-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: opdP, PA4501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVS0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 25% PEG 1000 0.2 M ammonium sulphate 50 mM Na-citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 18213 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.66→2.71 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: P / 解像度: 2.7→9.993 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2671 1802 10.01 %random
Rwork0.2141 ---
obs0.2194 18004 99.93 %-
all-18004 --
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.632 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3442 Å20 Å2-0 Å2
2--16.4879 Å20 Å2
3----11.1438 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→9.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3157 0 41 45 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1634432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7091142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.77150.35681340.27151241X-RAY DIFFRACTION100
2.7715-2.85120.36681390.25531216X-RAY DIFFRACTION100
2.8512-2.9410.31571380.24871230X-RAY DIFFRACTION100
2.941-3.04330.29011310.21831251X-RAY DIFFRACTION100
3.0433-3.16140.28021360.21151220X-RAY DIFFRACTION100
3.1614-3.30030.32661380.22311219X-RAY DIFFRACTION100
3.3003-3.46740.25021390.22951244X-RAY DIFFRACTION100
3.4674-3.67450.26981380.21611242X-RAY DIFFRACTION100
3.6745-3.94190.24951430.21741254X-RAY DIFFRACTION100
3.9419-4.30950.24291360.19391254X-RAY DIFFRACTION100
4.3095-4.86890.24121390.17841250X-RAY DIFFRACTION100
4.8689-5.91470.25531480.21171280X-RAY DIFFRACTION100
5.9147-9.99310.25311430.22171301X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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