[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3sys: Improved crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccK1 (OpdK) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sys | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Improved crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccK1 (OpdK) | ||||||
Components | Vanillate porin OpdK | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | van den Berg, B. / Eren, E. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2012 Title: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels. Authors: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sys.cif.gz | 325.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3sys.ent.gz | 263.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sys.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sys_validation.pdf.gz | 5.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3sys_full_validation.pdf.gz | 5.4 MB | Display | |
Data in XML | 3sys_validation.xml.gz | 39.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3sys_validation.cif.gz | 57.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sys | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sy7C 3sy9C 3sybC 3szdC 3szvC 3t0sC 3t20C 3t24C 2qtkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 43936.496 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 28-417 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: opdK, PA4898 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HUR5 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-C8E / ( #4: Chemical | ChemComp-VNL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.29 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 25% PEG 400 0.1 M Na-citrate 50 mM NaCl 25 mM Na-vanillate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. all: 116995 / Num. obs: 116761 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 44.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2QTK Resolution: 1.65→19.907 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / Phase error: 19 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.6 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.907 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|