+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3t24 | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OpdQ | ||||||
Components | porin | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to nitrate / cellular response to oxygen levels / channel activity / porin activity / membrane => GO:0016020 Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | van den Berg, B. / Eren, E. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2012 Title: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels. Authors: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3t24.cif.gz | 454.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3t24.ent.gz | 375.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3t24.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3t24_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3t24_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 3t24_validation.xml.gz | 47.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3t24_validation.cif.gz | 63.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t24 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sy7C 3sy9C 3sybC 3sysC 3szdC 3szvC 3t0sC 3t20C 2qtkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45016.980 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: unp residues 28-421 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: PA3038 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZH0 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-C8E / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 5.5 Details: 33% PEG 1K 0.2 M ammonium sulphate 50 mM Na-acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 0.972 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2011 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 67240 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 17.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Redundancy: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2QTK Resolution: 2.4→14.98 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.97 / Phase error: 23.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.66 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→14.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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