PDB-3t24: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OpdQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t24

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OpdQ

要素

porin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitrate / cellular response to oxygen levels / porin activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

van den Berg, B. / Eren, E.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels.
著者: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B.

履歴

登録	2011年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t24.cif.gz	454.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t24.ent.gz	375.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sy7C 3sy9C 3sybC 3sysC 3szdC 3szvC 3t0sC 3t20C 2qtkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4frt-1 2y0h-d 4fms-2 4frt-2 2y0k-d 4frx-2 3rbh-1 2y0l-d 4frx-1 3jty-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: porin

B: porin

C: porin

ヘテロ分子

140 kDa, 3 ポリマー
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1

A: porin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: porin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: porin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
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4

A: porin

ヘテロ分子

B: porin

C: porin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.722, 78.464, 97.519
Angle α, β, γ (deg.)	77.76, 81.50, 70.04
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	porin 分子量: 45016.980 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 28-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3038 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZH0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 5.5 詳細: 33% PEG 1K 0.2 M ammonium sulphate 50 mM Na-acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.972
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月15日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 67240 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.494 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2QTK

2qtk

解像度: 2.4→14.98 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	1974	2.94 %
R_work	0.203	-	-
obs	0.204	67240	98.3 %
all	-	67240	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.66 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0357 Å²	-1.9077 Å²	3.7043 Å²
2-	-	0.5829 Å²	-0.3877 Å²
3-	-	-	4.4528 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8578	0	234	238	9050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8967
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.091	12061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.001	3246
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4598	0.3569	139	0.3173	4590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4598-2.526	0.3417	140	0.2864	4635	X-RAY DIFFRACTION	98
2.526-2.5999	0.3331	141	0.2536	4666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5999-2.6834	0.2753	141	0.232	4636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6834-2.7787	0.2549	140	0.211	4657	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7787-2.8892	0.2381	140	0.2012	4620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8892-3.0197	0.27	141	0.2023	4693	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0197-3.1775	0.2537	141	0.2032	4651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1775-3.3744	0.234	142	0.1947	4689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3744-3.6315	0.227	142	0.1913	4673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6315-3.9907	0.2073	141	0.1937	4670	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9907-4.5539	0.2042	142	0.1809	4714	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5539-5.6849	0.2467	142	0.1836	4696	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6849-14.9847	0.2419	142	0.2138	4676	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7496	-3.134	-1.491	2.7255	0.7542	1.2894	0.3172	0.7158	-0.7609	-0.2033	-0.3658	0.5048	-0.0073	-0.093	0.0301	0.3408	-0.0433	-0.0752	0.3731	-0.0109	0.2441	-9.032	-9.1052	-34.3847
2	1.0751	0.1891	-0.7272	0.9624	-0.0166	1.3556	-0.1137	0.0857	-0.2616	0.1255	0.1257	0.4472	0.1273	-0.1142	-0.044	0.2111	-0.0267	-0.024	0.2719	0.0248	0.4524	-13.3793	-5.0985	-25.157
3	2.0256	-1.1949	-0.3031	5.5275	-0.4625	1.5439	0.1273	0.1121	-0.1482	0.0818	-0.0133	0.9154	-0.0604	-0.111	-0.095	0.1616	-0.0213	0.0344	0.2155	0.0044	0.3895	-8.0121	6.3401	-24.9361
4	4.4915	-0.6185	0.2019	1.8757	1.3359	3.9565	-0.0463	-0.0524	-1.2116	0.5634	-0.0184	0.2278	0.3985	-0.4548	0.0542	0.3254	-0.0015	0.0494	0.2262	0.071	0.4175	5.3376	-3.0957	-22.6263
5	4.5076	-2.9773	-0.8038	5.9356	-1.3404	2.6778	0.0304	-0.1045	0.3875	0.2262	0.2841	0.4062	-0.1655	-0.4023	-0.2716	0.1536	-0.0626	0.0502	0.1601	-0.0704	0.3411	-0.7772	12.319	-24.0375
6	3.0867	0.0493	-0.3935	2.0819	0.0284	1.7545	0.1313	0.8586	0.4938	-0.3088	-0.0121	0.1453	-0.1239	-0.2744	-0.0619	0.2348	0.0635	0.0152	0.4497	0.1178	0.2897	3.4804	6.587	-39.6079
7	2.1325	0.7816	-1.1325	1.4827	-0.0522	0.6638	0.4092	0.9454	-0.2442	-0.1625	-0.1533	0.2016	0.0327	-0.2471	-0.2727	0.2776	0.01	-0.0513	0.4742	-0.0498	0.3215	-0.1665	-9.1306	-40.4741
8	2.1511	-1.1168	-3.9145	2.9429	0.5257	4.648	-0.4392	0.0934	-0.4445	0.2288	0.0591	-0.4105	0.5842	-0.1478	0.3482	0.5055	-0.038	-0.146	0.2979	-0.0088	0.7028	21.3672	-41.5815	-18.1604
9	-0.0783	0.157	0.1672	1.8398	0.5991	0.9912	-0.0781	-0.2903	-1.2592	0.0369	0.0299	-0.3965	0.2901	-0.0121	0.025	0.3519	0.0019	0.0369	0.2768	0.0189	0.9104	32.7386	-32.0196	-24.8803
10	5.1537	-0.1083	-0.3524	1.466	0.7876	1.7117	0.1179	-0.1339	-1.0329	-0.0242	-0.1193	-0.2491	0.2903	-0.0344	-0.0428	0.2894	-0.0346	0.0564	0.1603	0.0767	0.4932	28.1059	-19.7284	-21.9983
11	1.9936	0.7381	-0.3843	3.3911	-0.3079	2.3916	0.1793	-0.6002	-0.1382	0.5112	-0.2203	-0.3698	0.0625	0.1589	0.0496	0.2722	-0.0845	-0.0252	0.3481	0.0325	0.2311	25.4142	-16.0162	-8.0307
12	3.0995	-1.5846	0.4512	6.2018	-1.1846	2.7288	0.0989	-0.6526	-0.7598	0.7967	-0.0227	0.4159	0.3995	-0.0969	-0.0514	0.4713	-0.1322	0.0031	0.433	0.1335	0.3823	17.8464	-29.1655	-2.7792
13	0.1735	-0.4582	0.4415	4.3883	0.6201	1.3113	0.4494	-0.238	-0.6709	0.1961	-0.2733	0.3142	0.2152	0.0339	-0.2457	0.4985	-0.0822	-0.0542	0.3964	0.1288	0.7299	16.4271	-37.0756	-9.6308
14	1.4083	0.3293	-0.1476	1.2559	-1.4418	6.3327	0.4343	-0.4316	0.2739	-0.3505	-0.0818	0.0465	-0.8149	-0.0514	-0.2827	1.2593	-0.1177	0.292	0.5936	-0.0545	0.7289	36.3935	20.5828	17.1458
15	-0.032	0.08	-0.687	-0.1805	-0.7288	6.1838	-0.0147	-0.3348	0.0328	0.2026	0.1234	-0.1197	-1.5977	0.8894	-0.0581	0.7158	-0.1692	-0.0326	0.6112	0.0238	0.5482	39.4238	15.3227	8.7359
16	3.8278	1.5221	-0.3754	3.0868	0.1859	3.4264	-0.2654	-0.0058	0.1832	0.0584	0.1884	-0.1338	-0.647	0.9379	0.0442	0.5858	-0.0904	0.0045	0.5349	0.0348	0.2692	37.0754	4.9078	8.7994
17	2.4051	0.1527	0.0001	2.7527	-0.543	8.9936	-0.286	-0.4163	-0.1882	-0.2016	0.0187	-0.3493	0.6919	0.8733	0.2489	0.6879	0.0984	0.0907	0.5922	0.0318	0.2999	36.6724	-2.8346	14.9393
18	4.5188	-0.487	-0.4402	3.2412	-0.2068	8.5948	-0.1862	-0.3446	-0.3102	-0.2038	-0.1328	0.0441	1.1759	-0.3197	0.2126	0.7257	-0.0662	0.0441	0.585	0.0831	0.2329	27.7235	-5.8272	21.0228
19	2.8024	0.1586	-1.209	3.4424	-0.483	6.7052	-0.0965	-0.3678	-0.0612	0.3778	0.0489	0.0524	0.0371	-0.3027	0.0409	0.5438	0.0645	0.0141	0.6189	0.0177	0.2092	28.4016	1.7669	29.4125
20	4.2303	-2.0976	0.7559	5.3003	-2.7441	5.5682	0.1986	-0.3631	0.5808	0.3346	0.5867	0.5913	-1.0301	-0.5306	-0.6717	0.9827	0.1623	0.1277	0.6456	-0.1604	0.4602	25.083	17.2112	28.7486
21	1.4981	0.1464	-0.4852	5.6582	-5.5737	6.1256	0.2643	-0.2361	0.4613	0.0482	-0.0749	-0.1171	-0.914	0.5791	-0.2323	1.0079	-0.0315	0.088	0.6114	-0.1352	0.4589	33.5247	15.8677	29.0802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 26:111)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 112:154)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 155:174)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 175:197)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 198:363)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 364:394)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 3:44)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 45:128)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 129:197)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 198:283)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 284:363)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 364:394)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 0:22)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 23:111)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 112:154)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 155:225)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 226:260)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 261:343)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 344:362)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 363:394)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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