PDB-5dl8: Crystal structure of Acinetobacter baumannii OccAB4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dl8

タイトル

Crystal structure of Acinetobacter baumannii OccAB4

要素

Benzoate transport porin BenP

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel / antibiotic uptake / Acinetobacter baumannii

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zahn, M. / Basle, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Outer Membrane Permeability of Acinetobacter baumannii.
著者: Zahn, M. / Bhamidimarri, S.P. / Basle, A. / Winterhalter, M. / van den Berg, B.

履歴

登録	2015年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dl8.cif.gz	337.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dl8.ent.gz	275.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dl8_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dl8_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5dl8_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	5dl8_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dl8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dl5C 5dl6C 5dl7C 3sysS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y0k-d 4xnl-d 5dl5-d 3sy9-1 4afk-d 4frt-1 4fms-2 3tm6-1 3szv-d 3sy9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Benzoate transport porin BenP

A: Benzoate transport porin BenP

ヘテロ分子

96.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Benzoate transport porin BenP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Benzoate transport porin BenP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.303, 90.555, 101.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Benzoate transport porin BenP / Benzoate-specific porin 分子量: 46905.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) 遺伝子: benP1, ABUW_1854 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5YI36
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 4000 0.1 M potassium chloride 0.02 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→67.62 Å / Num. obs: 80260 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SYS

3sys

解像度: 2.2→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 9.969 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24782	2055	2.6 %	RANDOM
R_work	0.20665	-	-	-
obs	0.2077	78143	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6372	0	112	318	6802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.02	6685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.419	1.952	9024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.155	3	14228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.993	5	789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.593	25.087	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.198	15	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.354	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.406	1.921	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.406	1.921	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.124	2.875	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.124	2.875	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.025	2.224	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.025	2.224	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.108	3.211	5088
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.311	16.09	7017
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.311	16.096	7018
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	154	-
R_work	0.277	5695	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.487	-1.0997	0.9237	1.5353	-0.7865	0.5601	0.3239	0.7914	-0.2648	-0.0324	-0.4269	-0.2757	0.0453	0.2349	0.1031	0.1264	0.1227	-0.0698	0.3524	-0.1256	0.2381	-24.7159	19.512	-45.95
2	0.8571	0.1696	0.0327	2.3448	0.3284	0.2709	0.0182	0.0254	-0.127	0.2691	-0.0075	-0.2719	0.0481	0.0484	-0.0107	0.1238	0.0104	-0.0515	0.0125	0.0016	0.0738	-27.815	11.4571	-37.9379
3	0.4424	0.2903	-0.0603	2.2175	-0.0278	0.5238	-0.0156	-0.0238	-0.0083	0.0921	-0.0154	0.0781	0.0201	-0.0427	0.031	0.1051	0.0044	0.0031	0.0078	0.0047	0.0282	-46.1287	12.9611	-44.368
4	3.7191	0.1165	-0.2648	2.2008	0.0696	2.2667	0.1233	0.1462	-0.2034	-0.1682	-0.1396	-0.1968	-0.1217	0.1846	0.0163	0.2056	-0.0005	-0.0418	0.0335	0.0078	0.0433	-31.9852	23.5149	-93.3782
5	0.7187	0.0002	0.105	1.7439	-0.0683	0.469	0.0254	0.0991	-0.1003	0.1207	-0.0299	-0.3385	-0.0048	0.1544	0.0045	0.1482	0.0026	-0.0299	0.0571	-0.0081	0.1068	-28.4215	10.5355	-88.0534
6	0.7176	0.5216	-0.0632	2.8656	-0.4124	0.327	-0.0412	0.0457	0.009	-0.2112	-0.0125	0.1639	0.0112	-0.0546	0.0537	0.1954	0.0174	-0.0282	0.0289	-0.0228	0.05	-47.3886	12.3786	-96.1637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 48
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	49 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	221 - 392

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関連情報:EMDBヘッダ

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