PDB-3szu: IspH:HMBPP complex structure of E126Q mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3szu

タイトル

IspH:HMBPP complex structure of E126Q mutant

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3Fe-4S iron-sulfur cluster / conserved cysteine / IPP and DMAPP production final step / non-mevalonate pathway / substrate HMBPP

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Span, I. / Graewert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Mutant IspH Proteins Reveal a Rotation of the Substrate's Hydroxymethyl Group during Catalysis.
著者: Span, I. / Grawert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

履歴

登録	2011年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3szu.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3szu.ent.gz	221.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3szu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3szu_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3szu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3szu_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	3szu_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3szlC 3szoC 3t0fC 3t0gC 3f7tS 3dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zgn-2 3uv3-2 3uv7-1 3f7t-1 3utc-2 3utd-1 4h4d-2 3uv6-2 4eb3-2 4mux-1 4h4e-2 3kef-2 3uv6-1 3uwm-1 3urk-1 3f7t-2 3ke8-2 3t0g-1 3kef-3 4muy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.190, 80.390, 112.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 13 - 321

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 36222.047 Da / 分子数: 2 / 変異: E126Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP 分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 124650 / Num. obs: 124027 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F7T

3f7t

解像度: 1.4→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 1.981 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21512	6233	5 %	RANDOM
R_work	0.17476	-	-	-
obs	0.17676	118417	100 %	-
all	-	124650	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	44	529	5346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.257	1.974	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.714	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.346	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.474	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.242	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.195	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.321	1.5	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.119	2	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.527	3	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.467	4.5	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.772	3	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.577	3	529
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.725	3	4819

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2390 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.4	0.5
A	medium thermal	1.78	2
B	medium positional	0.4	0.5
B	medium thermal	1.78	2

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	451	-
R_work	0.2	8562	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1634	-0.0742	-0.1538	0.0837	0.0037	0.1363	0.0155	-0.0902	-0.1038	0.0396	-0.0113	0.0002	0.0378	0.014	-0.0043	0.0409	-0.0014	-0.0152	0.0282	0.0015	0.0162	-8.9613	-8.0386	-6.8263
2	1.3981	0.1728	0.6898	0.4848	-0.1575	0.4678	0.0946	-0.082	-0.1205	-0.0331	-0.0307	-0.009	0.0686	-0.0272	-0.0639	0.0237	-0.0062	-0.0049	0.0273	-0.0072	0.0199	-29.3587	-10.1888	-10.2953
3	1.8655	-0.1621	1.3146	0.0359	-0.0788	0.9842	0.2546	0.1988	-0.1961	-0.0258	-0.0797	0.0007	0.1827	0.0537	-0.175	0.0589	0.0403	-0.0412	0.1528	0.0153	0.0444	-39.903	-12.9632	-21.9666
4	2.6998	-0.6106	0.452	0.5077	0.0118	0.111	0.0721	0.0884	-0.2137	-0.0824	-0.0362	0.0464	-0.0097	0.0095	-0.0359	0.0263	0.0086	-0.0043	0.027	-0.0205	0.0255	-25.9595	-10.0881	-21.7496
5	2.9878	-1.1603	1.0748	1.4886	0.1522	0.6997	0.0008	0.2959	-0.0413	-0.0194	-0.015	0.0605	-0.0141	0.1572	0.0142	0.0208	0.0202	-0.021	0.0629	-0.022	0.0225	-37.2214	-10.0253	-27.9274
6	0.4625	0.5558	0.6149	0.8226	0.7943	0.8374	0.0188	0.0118	0.0189	-0.0122	-0.0608	0.0745	0.0132	-0.0115	0.042	0.0204	0.0127	-0.0114	0.0403	-0.0216	0.0216	-41.2034	-4.0508	-20.7483
7	0.9716	1.2817	0.3796	4.4508	2.2301	2.2044	0.0173	-0.0107	0.149	0.0455	-0.15	0.4586	0.0001	-0.1567	0.1327	0.0227	0.0225	-0.0259	0.0344	-0.0418	0.1049	-48.3963	-0.2456	-22.0407
8	0.08	-0.0377	-0.0519	0.2352	0.2964	0.3809	0.0217	-0.0083	0.0207	0.0268	-0.0365	0.0219	0.0294	-0.0409	0.0148	0.0209	-0.0037	0.0146	0.0341	-0.0114	0.0261	-38.6687	-0.1353	-10.7818
9	0.8425	-1.9237	0.6859	7.2055	-1.1289	0.6511	-0.075	-0.0457	-0.0874	0.4795	0.1289	0.6366	-0.0219	-0.0172	-0.0539	0.046	0	0.0778	0.0133	-0.0228	0.1741	-43.5553	15.9105	-8.8622
10	0.3169	-0.3922	-0.116	1.3773	0.1767	0.0516	-0.0017	0.0047	0.0283	-0.1274	0.0118	0.0761	-0.0126	0.0081	-0.0102	0.0406	-0.0015	-0.0087	0.0221	-0.0004	0.02	-30.4254	11.4428	-17.9924
11	0.4343	0.0588	0.1759	1.0707	-0.2992	0.3442	-0.0182	0.0915	0.0551	-0.0361	0.0053	0.1598	-0.0731	0.0175	0.0129	0.0381	0.0067	-0.0204	0.0223	0.0068	0.0386	-34.1772	21.0136	-16.3339
12	0.2009	0.0713	0.2618	1.0467	-0.0612	0.3649	-0.0159	0.0045	-0.0012	0.0433	0.0057	-0.0693	-0.028	0.0027	0.0102	0.0204	0.0001	0.0039	0.0152	-0.0088	0.0126	-23.4254	14.1471	-9.9604
13	1.3023	-0.5336	0.529	0.7648	-0.8166	0.8741	0.0416	-0.0211	0.0642	0.0716	0.0016	0.0418	-0.0766	0.0032	-0.0432	0.0739	-0.0009	0.0208	0.0035	-0.0062	0.0182	-29.2901	22.4303	-4.7466
14	0.3873	-0.4247	-0.1161	0.5392	-0.0114	0.3037	-0.0117	-0.0265	0.0288	0.0234	0.0195	-0.0291	-0.0095	0.0128	-0.0078	0.0202	-0.008	0.0018	0.0299	-0.014	0.0088	-19.2136	2.8068	-5.192
15	0.5012	0.0292	0.047	0.2923	0.1319	0.072	0.0276	0.0201	0.0294	-0.0276	-0.0118	-0.0688	-0.0081	-0.0187	-0.0158	0.01	0.0008	0.0125	0.0245	-0.0111	0.0334	-11.3246	0.4541	-15.8387
16	2.1015	-0.3803	-0.5893	0.1435	-0.0172	1.9652	0.014	0.1392	-0.146	-0.0501	-0.0051	-0.0529	0.0254	0.1442	-0.0088	0.0321	-0.0182	0.0554	0.0432	-0.0547	0.1151	-2.8822	-8.6367	-20.8706
17	0.4061	0.1864	-0.0837	0.1195	0.0209	0.1213	0.0375	-0.016	-0.0674	0.03	-0.0174	-0.0497	0.0135	-0.0141	-0.02	0.0163	-0.0002	-0.0099	0.019	0.0001	0.0313	-14.5848	-12.0539	-13.3099
18	1.3476	-0.2335	-0.7866	0.7736	0.4829	0.8944	-0.003	-0.1529	-0.1381	0.0795	0.0443	-0.1163	0.077	0.0709	-0.0413	0.0198	0.0078	-0.0233	0.0348	0.0166	0.0524	-7.8846	-11.6429	-7.0909
19	1.7171	0.128	0.8568	0.0116	0.102	1.4158	-0.0165	-0.172	-0.0978	-0.0015	-0.0084	-0.0051	0.0563	-0.0831	0.0249	0.0225	-0.0087	0.0084	0.0344	0.0066	0.0116	-31.313	-7.3379	-1.6819
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21	1.7588	-0.2249	-0.11	0.1432	-0.0471	0.252	-0.018	0.0943	-0.2281	-0.0092	0.0042	0.1294	0.021	0.0009	0.0138	0.0179	-0.0002	-0.0006	0.0087	0.0056	0.1314	-56.483	-7.5408	7.7794
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34	0.5229	-0.2331	0.0004	0.535	-0.1488	0.0571	0.0208	0.0111	-0.0022	0.1205	0.0077	0.126	-0.0404	0.0067	-0.0285	0.0417	0.0095	0.0452	0.0201	0.0221	0.06	-49.0985	0.4875	17.7835
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39	1.3206	-0.2372	0.8927	0.125	-0.3983	1.3088	-0.0379	0.1165	-0.0623	-0.0093	-0.0046	-0.0135	0.0358	0.0589	0.0425	0.0186	0.0108	0.0168	0.0378	0.003	0.0178	-33.304	-7.8076	3.1484
40	5.6289	0.1207	-0.8465	9.3547	-0.5738	6.3187	0.1196	0.1394	-0.0887	-0.3587	-0.3105	-0.4031	0.3782	0.1346	0.1909	0.0478	0.0341	0.0203	0.0304	0.0114	0.0233	-22.3908	-15.7323	8.0694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	997
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
13	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
16	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
17	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
19	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
20	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
21	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
22	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
23	X-RAY DIFFRACTION	21	B	997
24	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
25	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
27	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
28	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
29	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
30	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
31	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
32	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
33	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
34	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
35	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
36	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
37	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
38	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
39	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
40	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
41	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
42	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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