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万見
- PDB-3sy9: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccD2 (OpdC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sy9
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa OccD2 (OpdC)
要素Histidine porin OpdC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / bacterial outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine porin OpdC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者van den Berg, B. / Eren, E.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels.
著者: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B.
履歴
登録2011年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine porin OpdC
B: Histidine porin OpdC
C: Histidine porin OpdC
D: Histidine porin OpdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,20324
ポリマ－190,1024
非ポリマー6,10120
水2,396133
1
A: Histidine porin OpdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3507
ポリマ－47,5261
非ポリマー1,8256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histidine porin OpdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6578
ポリマ－47,5261
非ポリマー2,1317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histidine porin OpdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0586
ポリマ－47,5261
非ポリマー1,5325
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Histidine porin OpdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1383
ポリマ－47,5261
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.353, 102.828, 101.696
Angle α, β, γ (deg.)77.67, 62.57, 62.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Histidine porin OpdC


分子量: 47525.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: opdC, PA0162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6X0
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS HAVE STATED THAT THE RESIDUE 328 IS INDEED A VALINE AND NOT A LEUCINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 4000 15 mM Tricine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. all: 105852 / Num. obs: 105852 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.79→2.84 Å / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→14.957 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1983 2.77 %random
Rwork0.2165 ---
obs0.2179 71573 97.86 %-
all-73322 --
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.891 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6604 Å2-0.8886 Å2-0.2017 Å2
2---16.8483 Å25.4872 Å2
3---10.1879 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11297 0 283 133 11713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29616032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5574132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1011655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8002-2.86980.46721230.35314558X-RAY DIFFRACTION90
2.8698-2.94680.3821530.30895005X-RAY DIFFRACTION98
2.9468-3.03280.35181480.29564942X-RAY DIFFRACTION98
3.0328-3.12990.30241340.26455008X-RAY DIFFRACTION98
3.1299-3.24060.3061300.23765013X-RAY DIFFRACTION98
3.2406-3.3690.27931480.22234977X-RAY DIFFRACTION98
3.369-3.52040.25261400.21815022X-RAY DIFFRACTION98
3.5204-3.70330.27871470.19935009X-RAY DIFFRACTION99
3.7033-3.93140.23661540.21654978X-RAY DIFFRACTION99
3.9314-4.22860.27381500.21455040X-RAY DIFFRACTION99
4.2286-4.64260.21731510.18564993X-RAY DIFFRACTION98
4.6426-5.28820.21151500.17924964X-RAY DIFFRACTION99
5.2882-6.56730.26971220.20845049X-RAY DIFFRACTION99
6.5673-14.95710.27661330.21195032X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0678-0.1327-0.05581.5522-0.61511.4289-0.10480.371-0.1361-0.41190.375-0.37630.17970.2873-0.23490.4865-0.10870.11170.5353-0.01390.628-9.0935-17.9507-16.3267
22.85531.38210.34084.15020.88942.8414-0.21150.1347-0.2485-0.6410.0366-0.17120.10050.22810.12230.3208-0.05140.09560.32390.00090.3982-12.6287-15.6974-5.7993
32.34161.1255-1.39376.96321.78942.16280.19460.22770.1744-1.0882-0.09140.1422-0.1537-0.17290.31190.2253-0.11580.02560.31-0.08210.4159-19.72-16.4664-0.3661
41.2877-0.87640.67284.76870.10171.960.114-0.0795-0.2312-0.13740.02130.05920.35960.0501-0.13690.3-0.1024-0.01920.34970.03990.419-18.3409-33.6513.2284
50.3373-0.3199-0.62533.1369-0.0091.7566-0.15010.2178-0.0822-0.39880.1536-0.14250.24920.0042-0.02830.4607-0.13160.00520.3415-0.02980.4576-21.0068-38.6489-11.6733
60.0830.453-0.04732.214-0.16731.5707-0.0486-0.37880.04710.44830.3055-0.401-0.17350.2966-0.25230.47450.0958-0.14020.52120.00020.566537.4833-67.111934.2444
73.1964-1.3443-0.39684.391.43880.7785-0.1016-0.01130.18760.73560.0008-0.12320.1039-0.07640.04360.4510.0557-0.11630.36360.03390.401433.5107-71.981727.1134
83.3689-1.5181-1.77566.50851.30988.3641-0.169-0.11320.26021.21960.1801-0.3251-0.37530.6417-0.06120.2470.0957-0.00910.36870.04120.35730.5959-66.789523.9738
91.6254-1.75370.2375.14941.11292.42460.236-0.32250.27760.5408-0.258-0.3388-0.20.33510.33450.31350.083-0.11440.3181-0.05820.418331.9772-66.333115.2018
101.61630.2562-0.58124.02840.21422.14910.06840.05360.2160.09970.06310.0473-0.3436-0.0058-0.08490.25820.0818-0.01070.30220.04380.349627.6042-51.567214.84
113.33830.13180.86782.3248-0.09211.8937-0.2487-0.23180.40770.15940.07230.0566-0.4077-0.06770.14680.48370.0814-0.00680.2857-0.05340.497522.4214-44.063625.4579
120.07580.46080.32112.64050.28641.2271-0.0550.13860.47790.7870.1303-0.6116-0.31420.2759-0.1160.56980.1656-0.11140.4995-0.03110.557231.2929-50.351236.2409
130.84620.09950.50622.26930.56132.9401-0.1825-0.3880.23320.27540.020.1169-0.1929-0.11640.04690.28870.03490.02570.29120.00410.3204-6.3422-3.099226.1402
145.15843.14490.8187.6692.02533.9460.4678-0.39440.21980.7348-0.190.0763-0.3228-0.0239-0.22360.3980.07490.02150.3083-0.01140.3268-3.5326-12.680128.1213
155.0854-1.41381.34464.5573-0.92463.76790.0831-0.728-0.33890.31630.11120.05670.3077-0.3829-0.07750.34550.0506-0.00170.32360.09890.2161-10.7209-21.837626.5373
162.2337-0.6984-1.6631.93310.44923.8668-0.0941-0.4625-0.12850.59290.20920.29560.0675-0.111-0.05120.60570.14340.09920.51550.11130.4158-7.6672-25.08241.1611
171.4633-0.6147-1.05122.68230.65441.1304-0.2423-0.431-0.01890.96530.2659-0.01960.0932-0.1989-0.08520.92160.29520.04110.74620.03020.3468-0.4013-19.532950.3219
181.1143-1.19140.06013.1912-1.77532.2568-0.1613-0.43350.15180.650.1988-0.2728-0.1236-0.0231-0.06310.77290.1456-0.08240.6738-0.08260.3599-1.9152-5.244946.8832
190.4602-0.2471-0.132.41920.65072.188-0.1460.3556-0.2453-0.38490.03830.09320.0866-0.08170.05240.3059-0.0622-0.05650.30890.01210.3139-5.9281-80.712781.1965
202.1841.9361-1.22123.6513-0.0243.66660.41360.2960.2293-0.4395-0.1091-0.417-0.06430.0803-0.13760.3914-0.13220.03350.30580.0570.3262-7.1032-66.653984.0285
211.96290.38531.34492.07130.12864.6452-0.11180.41380.1315-0.5990.31350.2824-0.2724-0.3582-0.09230.5553-0.1233-0.09480.5010.14630.4489-8.5289-59.691267.9567
220.1799-0.14760.58331.779-0.14421.8957-0.23190.5438-0.0154-0.88460.3984-0.01930.154-0.0925-0.10110.7691-0.21060.00730.6867-0.01240.3406-0.9564-70.353958.9872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 7:69)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 70:154)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 155:198)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 199:302)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 303:422)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 7:69)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 70:126)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 127:148)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 149:203)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 204:302)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 303:377)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 378:422)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 7:126)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 127:148)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 149:213)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 214:300)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 301:377)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 378:422)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 7:136)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 137:198)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 199:302)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 303:422)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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