PDB-3sy7: Improved crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OprD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sy7

タイトル

Improved crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OprD

要素

Porin D

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / channel / outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

basic amino acid transport / outer membrane / porin activity / pore complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / monoatomic ion transport / serine-type peptidase activity / cell outer membrane / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

van den Berg, B. / Eren, E.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: Substrate Specificity within a Family of Outer Membrane Carboxylate Channels.
著者: Eren, E. / Vijayaraghavan, J. / Liu, J. / Cheneke, B.R. / Touw, D.S. / Lepore, B.W. / Indic, M. / Movileanu, L. / van den Berg, B.

履歴

登録	2011年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sy7.cif.gz	166.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sy7.ent.gz	131.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sy7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sy7_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sy7_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3sy7_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	3sy7_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sy9C 3sybC 3sysC 3szdC 3szvC 3t0sC 3t20C 3t24C 2odj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fsp-d 2odj-2 3sy9-4 3sy9-2 2odj-1 2y0l-d 2y0k-d 4frx-1 3t0s-d 4foz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Porin D

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.408, 103.892, 47.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Probable.

#1: タンパク質	Porin D / Imipenem/basic amino acid-specific outer membrane pore / Outer membrane protein D2 分子量: 46950.195 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 24-443 / 変異: V140F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: oprD, PA0958 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32722, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS HAVE STATED THAT THE RESIDUE 140 IS INDEED A VAL AND NOT A PHE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 2 M ammonium sulphate 50 mM Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 34239 / Num. obs: 33554 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→19.993 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2259	2001	5.97 %	random
R_work	0.1956	-	-	-
obs	0.1974	33514	97.55 %	-
all	-	34239	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.542 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.3124 Å²	-0 Å²	-0.9502 Å²
2-	-	-10.145 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.8326 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2969	0	78	130	3177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3107
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.072	4173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.873	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1488-2.2024	0.3244	114	0.2469	1768	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2024-2.2619	0.2987	138	0.2469	2092	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2619-2.3284	0.3447	126	0.2493	2260	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3284-2.4034	0.2402	151	0.2114	2280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4034-2.4891	0.2542	143	0.1966	2325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4891-2.5886	0.2171	156	0.1835	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5886-2.7061	0.2129	146	0.1683	2310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7061-2.8484	0.2355	142	0.1829	2300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8484-3.0263	0.2399	152	0.1817	2302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0263-3.2591	0.205	147	0.1746	2308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2591-3.5853	0.2136	146	0.1831	2315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5853-4.1003	0.2072	149	0.1871	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1003-5.1512	0.1986	149	0.1764	2321	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1512-19.9934	0.2405	142	0.2417	2341	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2919	-0.8262	-0.2985	0.2353	0.2426	0.8148	-0.0952	0.2997	0.1685	-0.0245	0.0082	-0.0788	0.0492	0.0086	0.1509	0.2003	-0.0263	-0.0094	0.2433	0.033	0.2487	21.1303	-8.4227	-0.0965
2	2.0478	-0.7588	-0.0128	1.5299	-0.0608	2.7473	-0.1534	0.1714	0.1897	0.053	0.0645	-0.1817	-0.0453	0.1025	0.1336	0.2022	-0.0227	-0.002	0.2764	0.0052	0.2318	16.0535	-10.4562	11.7003
3	1.7701	0.0802	0.2576	1.7323	-0.0272	1.1167	-0.0384	-0.0122	-0.0256	0.1687	0.0531	0.035	0.0758	-0.0194	0.0012	0.1931	0.0357	0.0264	0.1799	-0.007	0.1162	24.1743	-14.9053	23.083
4	1.4931	0.4548	-0.0312	0.7892	0.1213	1.8579	-0.0795	-0.0564	-0.0251	-0.0262	0.0025	-0.0761	0.0772	0.2232	0.1138	0.1859	0.0443	-0.0118	0.1894	-0.0234	0.2003	38.2418	-16.524	15.7736

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:121)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 122:158)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 159:304)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 305:421)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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