PDB-3sxy: Metal-free full-length structure of Tm0439, a metal-binding FCD f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sxy

タイトル

Metal-free full-length structure of Tm0439, a metal-binding FCD family transcriptional regulator

要素

Transcriptional regulator, GntR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / FADR-C / FADR / GNTR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / ZINC-BINDING / NICKEL-BINDING / DNA-BINDING / SURFACE ENTROPY REDUCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.647 Å

データ登録者

Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Metal-free full-length structure of Tm0439, a metal-binding FCD family transcriptional regulator
著者: Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S.

履歴

登録	2011年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sxy.cif.gz	260.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sxy.ent.gz	215.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sxy_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sxy_full_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示
XML形式データ	3sxy_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	3sxy_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fmsS 3sxk 3sxm 3sxz S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cyz-d 1njr-1 3q1g-1 4by0-2 6o6j-d 3n94-d 5czo-1 6fhz-d 6ial-2 3g1q-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ISFI335

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, GntR family

B: Transcriptional regulator, GntR family

51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.512, 69.822, 63.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 10:210 ) and (not element H)	A	0
2	1	1	chain 'B' and (resseq 10:210 ) and (not element H)	B	0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.699328, 0.65339, 0.289865), (0.656376, -0.74757, 0.101538), (0.283038, 0.119252, -0.951666)
ベクター: -153.947006, 425.652008, -59.4258)

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, GntR family 分子量: 25495.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0439 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYS0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl, 17% PEG 3350, 200 mM NH4NO3, 10mM EDTA, 2mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月1日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→43 Å / Num. all: 56846 / Num. obs: 56675 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12.28

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.74	2.9	0.507	3784	1	99.8
1.74-1.78	3	0.445	3731	1	99.8
1.78-1.83	3.1	0.399	3744	1	99.8
1.83-1.89	3.2	0.365	3777	1	100
1.89-1.95	3.3	0.326	3765	1	99.9
1.95-2.02	3.3	0.257	3786	1	99.9
2.02-2.1	3.4	0.179	3766	1	99.9
2.1-2.19	3.4	0.144	3765	1	99.9
2.19-2.31	3.3	0.114	3785	1	99.9
2.31-2.45	3.4	0.084	3783	1	99.8
2.45-2.64	3.4	0.07	3781	1	99.9
2.64-2.91	3.4	0.064	3788	1	99.8
2.91-3.33	3.4	0.057	3800	1	99.9
3.33-4.19	3.4	0.052	3817	1	99.8
4.19-43	3.2	0.066	3803	1	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_817	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SERGUI		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb: 3fms, Chain A 6-211

3fms

解像度: 1.647→34.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8909 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1798	1170	2.07 %	SCALE2MTZ FREERFRAC 0.02, RANDOM
R_work	0.1769	-	-	-
obs	0.177	56587	96.07 %	-
all	-	58902	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.732 Å² / k_sol: 0.391 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.22 Å² / B_iso mean: 28.2109 Å² / B_iso min: 9.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0459 Å²	0 Å²	-1.9477 Å²
2-	-	0.7964 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7505 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.647→34.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3314	0	0	392	3706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	3441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.704	4631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.075	1367

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1598	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.88
1	2	B	1598	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.88

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6468-1.7218	0.2467	105	0.244	5121	5226	71
1.7218-1.8126	0.2379	157	0.2273	7120	7277	100
1.8126-1.9261	0.2423	143	0.2239	7191	7334	100
1.9261-2.0748	0.2181	165	0.1829	7134	7299	100
2.0748-2.2836	0.1638	142	0.1677	7188	7330	100
2.2836-2.6139	0.1726	135	0.1609	7227	7362	100
2.6139-3.2928	0.1671	170	0.1642	7198	7368	100
3.2928-34.6576	0.1665	153	0.1748	7238	7391	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1452	-0.9225	3.513	9.0339	-2.1356	7.9386	-0.0807	-0.7901	-0.1342	0.4092	0.0121	0.3501	-0.2692	-0.3097	0.1366	0.1398	-0.0582	0.042	0.2435	0.0286	0.1902	-28.5357	229.5264	-4.2349
2	4.5917	-0.4824	1.7752	2.4164	-0.8926	2.6028	-0.0257	0.1467	-0.5375	0.119	0.1147	0.2551	0.1328	-0.2336	-0.0275	0.1997	-0.0263	0.0333	0.1483	-0.0026	0.1778	-29.8621	225.2699	-11.809
3	1.3479	1.3335	0.3953	4.9432	-0.1085	2.4488	-0.0132	-0.023	0.0411	-0.1899	0.0276	0.1333	-0.1355	0.0218	-0.0134	0.0805	0.0126	-0.0002	0.1452	0.018	0.115	-7.0327	244.6268	-9.4307
4	1.654	0.3107	-0.0344	1.8388	0.2109	2.224	0.0264	-0.3535	0.0029	0.2403	0.0545	0.1026	-0.0194	-0.1468	-0.0636	0.0884	0.0287	0.0166	0.1501	0.0022	0.1094	-14.7138	244.1875	-1.7072
5	8.4556	1.1869	-3.1334	3.1371	-4.9099	8.2177	0.0055	-0.4127	-0.2857	0.2543	-0.0493	-0.114	0.1876	0.1404	0.0833	0.1915	-0.0048	-0.0013	0.1598	-0.0297	0.0925	-6.0726	242.5616	6.9574
6	3.5916	3.608	-0.2864	7.8052	-0.9069	0.7641	0.0422	-0.1833	-0.1666	0.291	-0.055	-0.3425	-0.0122	0.1442	0.0746	0.1283	0.0251	-0.0396	0.1487	-0.0093	0.0982	-1.8574	240.5181	-0.476
7	3.4965	4.5563	-4.1355	6.0344	-5.4554	4.9795	-0.1945	0.7048	-0.4118	-0.5706	0.0376	-0.5968	0.5794	0.3924	0.2164	0.1833	0.0373	-0.0034	0.275	-0.0388	0.2284	-23.0655	231.6128	-34.4345
8	3.1134	1.6789	-0.9185	2.7316	-0.7251	1.304	-0.0951	0.1978	0.2035	-0.1516	0.0313	0.1919	0.0834	-0.0443	0.079	0.0761	0.0239	-0.0098	0.1449	-0.0018	0.1321	-30.9626	237.1615	-31.4705
9	1.7868	-0.4455	0.2611	2.2076	-0.8286	1.9288	0.0607	0.2258	-0.1721	-0.2978	-0.035	-0.1093	0.2115	0.1377	-0.0284	0.1381	0.0162	0.0204	0.1574	-0.0323	0.1399	-3.311	236.1064	-30.893
10	6.9571	-6.5581	3.5099	7.9466	-3.4986	2.8345	0.0022	-0.1474	0.4772	0.0425	-0.0612	-0.746	-0.1028	0.2649	0.0481	0.0961	-0.0057	0.04	0.2072	-0.0087	0.2125	5.6524	242.5426	-27.6816
11	4.1805	0.8293	5.2825	7.5615	3.1937	7.4035	-0.0075	0.681	0.128	-1.0263	-0.184	-0.8086	0.0475	0.8529	-0.0141	0.2319	0.0076	0.0731	0.2239	0.0577	0.2459	-9.0336	251.6729	-37.3783
12	3.8014	-3.2566	0.7895	3.7777	0.806	3.9568	0.2034	0.8292	0.8042	-1.0109	-0.474	0.3597	-1.6502	-1.262	0.199	0.3907	0.0333	-0.05	0.2533	0.0298	0.3216	-15.2945	254.477	-38.9025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 13:32)	A	13 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 33:77)	A	33 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 78:107)	A	78 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 108:164)	A	108 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 165:177)	A	165 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 178:215)	A	178 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 14:23)	B	14 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 24:76)	B	24 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 77:179)	B	77 - 179
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 180:201)	B	180 - 201
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 202:207)	B	202 - 207
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 208:215)	B	208 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)