PDB-3sxm: Metal-free FCD domain of TM0439 a putative transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sxm

タイトル

Metal-free FCD domain of TM0439 a putative transcriptional regulator

要素

Transcriptional regulator, GntR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / FADR-C / FADR / GNTR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / ZINC-BINDING / NICKEL-BINDING / DNA-BINDING / SURFACE ENTROPY REDUCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Metal-free FCD domain of TM0439 a putative transcriptional regulator
著者: Czelakowski, G.P. / Derewenda, Z.S.

履歴

登録	2011年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sxm.cif.gz	186.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sxm.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sxm_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sxm_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	3sxm_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	3sxm_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sxzC 3fmsS 3sxk 3sxy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sxk-d 1rz5-d 6x9f-2 1rz6-d 6x9n-7 6hon-1 3kfq-2 4llo-2 4its-d 1wkp-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ISFI335

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, GntR family

B: Transcriptional regulator, GntR family

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.471, 79.558, 49.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 72:117 or resseq 121:211 ) and (not element H)	A	0
2	1	1	chain 'B' and (resseq 72:117 or resseq 121:211 ) and (not element H)	B	0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.526052, 0.004396, 0.850441), (0.001735, -0.999979, 0.006242), (0.850451, 0.004759, 0.526033)
ベクター: -0.032653, -3.36195, 0.045671)

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, GntR family 分子量: 16459.686 Da / 分子数: 2 / 断片: Sequence database residues 75-211 / 変異: E118A, K119A, K122A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0439 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYS0
#2: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 200 mM (NH4)2SO4, 100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350, 10 mM EDTA, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月20日 / 詳細: Mirrors Rh/Pt coated

放射

モノクロメーター: Si(220) Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 22.25 / 数: 186168 / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.03 / D res high: 1.55 Å / D res low: 45 Å / Num. obs: 46079 / % possible obs: 98.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.21	45	99.7	1	0.043	1.118	4.1
3.34	4.21	100	1	0.053	1.076	4.1
2.92	3.34	100	1	0.076	0.998	4.2
2.65	2.92	100	1	0.071	0.996	4.2
2.46	2.65	100	1	0.054	1.068	4.2
2.32	2.46	100	1	0.051	0.991	4.2
2.2	2.32	100	1	0.05	1.119	4.2
2.1	2.2	100	1	0.054	0.981	4.2
2.02	2.1	100	1	0.063	1.021	4.2
1.95	2.02	100	1	0.072	1.018	4.2
1.89	1.95	100	1	0.086	1.046	4.2
1.84	1.89	99.9	1	0.105	1.062	4.2
1.79	1.84	99.9	1	0.122	1.009	4.2
1.75	1.79	99.9	1	0.143	0.982	4.2
1.71	1.75	99.9	1	0.159	1.019	4.1
1.67	1.71	99.7	1	0.177	1.052	4.1
1.64	1.67	99.7	1	0.209	0.991	4.1
1.61	1.64	98.9	1	0.228	1.003	3.7
1.58	1.61	93.8	1	0.238	0.993	3.3
1.55	1.58	83.5	1	0.269	0.975	3

反射

解像度: 1.55→45 Å / Num. all: 46686 / Num. obs: 46079 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 20 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.028 / Net I/σ(I): 18.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.58	3	0.269	1957	0.975	1	83.5
1.58-1.61	3.3	0.238	2175	0.993	1	93.8
1.61-1.64	3.7	0.228	2296	1.003	1	98.9
1.64-1.67	4.1	0.209	2308	0.991	1	99.7
1.67-1.71	4.1	0.177	2320	1.052	1	99.7
1.71-1.75	4.1	0.159	2309	1.019	1	99.9
1.75-1.79	4.2	0.143	2338	0.982	1	99.9
1.79-1.84	4.2	0.122	2340	1.009	1	99.9
1.84-1.89	4.2	0.105	2319	1.062	1	99.9
1.89-1.95	4.2	0.086	2302	1.046	1	100
1.95-2.02	4.2	0.072	2317	1.018	1	100
2.02-2.1	4.2	0.063	2330	1.021	1	100
2.1-2.2	4.2	0.054	2327	0.981	1	100
2.2-2.32	4.2	0.05	2338	1.119	1	100
2.32-2.46	4.2	0.051	2340	0.991	1	100
2.46-2.65	4.2	0.054	2331	1.068	1	100
2.65-2.92	4.2	0.071	2346	0.996	1	100
2.92-3.34	4.2	0.076	2337	0.998	1	100
3.34-4.21	4.1	0.053	2357	1.076	1	100
4.21-45	4.1	0.043	2392	1.118	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	dev_817	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB: 3FMS, CHAIN A: 72-111

3fms

解像度: 1.55→41.591 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.8766 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1917	983	2.14 %	SCALEPACK2MTZ FREERFRAC 0.021, RANDOM
R_work	0.1697	-	-	-
obs	0.1702	46041	98.69 %	-
all	-	46652	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.522 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.49 Å² / B_iso mean: 27.0137 Å² / B_iso min: 8.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1059 Å²	0 Å²	-3.0044 Å²
2-	-	-5.3993 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.2934 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2280	0	8	312	2600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.645	3217
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	421
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.906	939

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1089	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.364
1	2	B	1089	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.364

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5499-1.6316	0.2885	121	0.2364	5981	6102	92
1.6316-1.7338	0.2385	136	0.2046	6490	6626	100
1.7338-1.8677	0.2141	150	0.1752	6461	6611	100
1.8677-2.0556	0.158	121	0.156	6526	6647	100
2.0556-2.3531	0.1713	140	0.1532	6512	6652	100
2.3531-2.9645	0.2078	156	0.1583	6510	6666	100
2.9645-41.6056	0.1809	159	0.1735	6578	6737	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7747	-0.3005	-0.1205	1.9912	-0.148	1.4667	0.0145	0.0374	0.0173	0.0572	0.0255	-0.0712	-0.1137	0.0461	-0.0482	0.123	-0.0117	-0.0204	0.0693	-0.0181	0.0348	11.0268	7.1933	8.6959
2	5.4958	-4.0565	-0.7662	5.2165	-2.057	3.2028	0.083	0.9543	1.4433	-0.5159	0.0535	-0.0201	-0.7973	0.1775	-0.1713	0.5774	-0.1223	0.0134	0.3838	0.1687	0.5403	18.2004	24.7214	2.1591
3	1.9502	-0.2537	0.485	1.6208	-0.0033	1.1538	-0.0977	0.0502	0.2137	-0.0621	0.0471	-0.0841	-0.2291	0.0481	0.046	0.1105	-0.0166	0.0071	0.1057	0.0035	0.1137	12.0721	11.8275	5.5262
4	3.7659	-2.9842	2.3478	3.2883	-1.9211	2.4042	-0.3294	-0.3422	0.4214	0.3909	0.2365	0.0988	-0.4252	-0.2834	0.1354	0.2064	0.0075	-0.0178	0.1477	-0.04	0.1289	5.5271	15.5586	15.3127
5	1.2922	-0.2004	-0.5028	2.4505	0.3113	3.1819	-0.0411	-0.0807	-0.1664	0.1726	0.0922	0.1863	0.0277	-0.1759	-0.0466	0.0703	0.0187	-0.0182	0.0961	0.0352	0.1403	1.6192	-11.1168	13.8685
6	1.0336	0.2799	-0.0781	0.0891	0.0452	0.3317	0.1433	0.161	0.4379	0.144	0.1402	1.1778	-0.2758	-0.0536	-0.3171	0.8009	-0.263	-0.0996	0.3827	0.1858	0.717	-8.7132	-29.809	20.2441
7	0.6023	-0.3295	-0.2063	1.3468	0.0071	2.1037	-0.0569	-0.0463	-0.1736	0.1303	0.1121	0.2838	0.2334	-0.1605	-0.054	0.0959	-0.0187	0.0162	0.1327	0.0255	0.1839	-1.922	-15.41	12.9916
8	1.8431	-1.7856	-3.0599	5.0351	5.5058	8.9976	-0.0485	-0.0579	-0.0977	0.3294	0.2441	-0.3957	0.4822	0.1885	-0.2211	0.1438	0.0286	-0.0286	0.133	0.0327	0.1917	10.0472	-18.7888	12.9026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 72:114)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 115:125)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 126:185)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 186:211)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 72:115)	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 116:121)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 122:185)	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 186:211)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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