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万見
- PDB-3swf: CNGA1 621-690 containing CLZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3swf
タイトルCNGA1 621-690 containing CLZ domain
要素cGMP-gated cation channel alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Coiled-coil / Assembly domain
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / rod photoreceptor outer segment / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / sodium channel activity / sodium ion transport / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport ...intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / rod photoreceptor outer segment / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / sodium channel activity / sodium ion transport / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / cGMP binding / photoreceptor outer segment / transmembrane transporter complex / cAMP binding / visual perception / calcium channel activity / calcium ion transport / protein-containing complex binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ion transport domain / Ion transport protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-gated channel alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Shuart, N.G. / Haitin, Y. / Camp, S.S. / Black, K.D. / Zagotta, W.N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: Molecular mechanism for 3:1 subunit stoichiometry of rod cyclic nucleotide-gated ion channels.
著者: Shuart, N.G. / Haitin, Y. / Camp, S.S. / Black, K.D. / Zagotta, W.N.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-gated cation channel alpha-1
B: cGMP-gated cation channel alpha-1
C: cGMP-gated cation channel alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0505
ポリマ－24,9193
非ポリマー1312
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.010, 76.710, 113.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cGMP-gated cation channel alpha-1 / Cyclic nucleotide-gated cation channel 1 / Cyclic nucleotide-gated channel alpha-1 / CNG channel ...Cyclic nucleotide-gated cation channel 1 / Cyclic nucleotide-gated channel alpha-1 / CNG channel alpha-1 / CNG-1 / CNG1 / Cyclic nucleotide-gated channel / photoreceptor / Rod photoreceptor cGMP-gated channel subunit alpha


分子量: 8306.367 Da / 分子数: 3 / 断片: CLZ domain (UNP residues 621-690) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CNCG, CNCG1, CNGA1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q00194
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18.2% w/v PEG3350, 45 mM zinc acetate, 9 mM cobalt chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→56.555 Å / Num. all: 16022 / Num. obs: 16022 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.14-2.264.80.7750.71060722000.77596.9
2.26-2.3960.5381.21298821700.53899.9
2.39-2.5670.3771.81439720530.377100
2.56-2.767.60.2722.51465019270.272100
2.76-3.037.60.1763.91339217710.176100
3.03-3.387.50.1444.81210316120.144100
3.38-3.917.30.1115.71068914570.111100
3.91-4.797.10.0916.7888412440.091100
4.79-6.776.70.1035.766209840.103100
6.77-56.5556.40.0744.438436040.07499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L36

3l36


解像度: 2.14→56.555 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8557 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 799 5 %RANDOM
Rwork0.2027 ---
obs0.2041 15965 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.637 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.2 Å2 / Biso mean: 29.3672 Å2 / Biso min: 6.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.042 Å20 Å20 Å2
2--9.249 Å2-0 Å2
3---0.3576 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→56.555 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1338 0 2 136 1476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9531799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.779539
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.14-2.27410.31131390.25852392253196
2.2741-2.44970.23511160.220525042620100
2.4497-2.69620.27931350.196124972632100
2.6962-3.08630.22751440.193225022646100
3.0863-3.88830.21611200.174425762696100
3.8883-56.57470.20411450.211526952840100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1471-0.07180.09230.64950.16290.12970.09060.0414-0.1076-0.1889-0.0448-0.12260.06690.01520.01680.2990.0633-0.00430.11660.0670.217527.652271.0589-1.7854
20.0005-0.0216-0.0350.11930.2340.459-0.12180.24440.0166-0.12870.08510.0129-0.102-0.1306-0.06180.0435-0.02860.00520.12160.02470.092931.183458.478911.0352
30.0283-0.0292-0.03380.0479-0.03690.3104-0.00870.010.0008-0.0118-0.0036-0.00920.0238-0.038-0.10940.09150.04320.030.21850.10820.153531.328145.699122.9248
40.0276-0.01570.00950.009-0.00570.0032-0.04310.0092-0.04670.00850.0095-0.01230.044-0.024-0.0810.14360.02780.11930.18660.10380.14330.930838.784425.5864
50.0173-0.00790.02450.1507-0.01240.03360.02390.04320.0241-0.039-0.0082-0.05370.0022-0.00040.11370.11790.02260.07510.21480.21810.198631.070331.202731.0954
60.1076-0.0236-0.07010.0060.01470.0467-0.03580.0342-0.0912-0.01490.06040.12280.0629-0.1130.01820.0926-0.00890.0180.14020.08120.195424.467619.360537.3356
70.00550.0021-0.00340.0011-0.00120.00270.04220.1361-0.0647-0.0777-0.0029-0.019-0.09770.03270.01750.5077-0.0560.0310.2689-0.08190.191326.735365.404-9.7037
80.00410.0199-0.00350.0883-0.03990.063-0.0536-0.0143-0.0322-0.03010.01590.05910.07610.03320.01350.2166-0.02060.03280.1955-0.0170.1223.20257.03250.2382
90.027-0.0108-0.0060.0065-0.00560.0327-0.0265-0.0010.01280.0086-0.0142-0.0318-0.03510.0362-0.05990.4937-0.0937-0.09960.27560.1410.127622.053547.254910.6338
100.25120.16970.06230.59820.00010.4665-0.03090.00420.02270.0601-0.0036-0.0349-0.00730.08940.0470.4449-0.0206-0.06740.30510.17120.289522.13940.980518.9714
110.03960.03670.03410.0698-0.02760.1284-0.0019-0.0044-0.0233-0.099-0.00780.0211-0.1877-0.02520.02570.3090.0272-0.02760.22160.18270.284719.81738.227226.0344
120.03220.0079-0.08730.0298-0.04650.2451-0.0575-0.0764-0.050.0540.09050.11010.0645-0.0714-0.08770.13580.07060.02430.16890.17950.217120.146431.388935.1618
130.02040.00050.02340.03380.01370.0305-0.05550.0035-0.0071-0.0049-0.0195-0.00070.0391-0.0065-0.2850.0728-0.01440.0330.16350.07430.116423.290827.686948.8845
140.0410.0073-0.0060.0367-0.01490.0060.0374-0.0521-0.00830.0509-0.0513-0.00520.08770.00440.00960.21610.07060.02870.24280.02260.086717.744468.232-2.8164
150.06370.06610.01520.1295-0.02570.0332-0.0094-0.07670.00580.02060.0262-0.1008-0.0273-0.04130.04320.06590.04330.01760.1216-0.01380.094218.638363.74027.1812
160.1701-0.0717-0.01940.05190.06570.1552-0.0540.0236-0.03410.0001-0.0405-0.09320.0110.0447-0.06660.0760.02650.01110.23030.02120.196420.431457.945817.7405
170.04040.09380.01370.4993-0.08620.05060.0018-0.0233-0.06380.0404-0.0887-0.069-0.0078-0.07780.01740.23140.10770.09430.26610.09720.189222.735848.536627.6772
180.30020.0227-0.09880.03210.02690.07240.0198-0.03380.00980.08730.01520.0052-0.0449-0.03490.04090.250.03980.06840.09210.15050.213926.709640.960437.2447
190.1563-0.18220.00140.211800.0001-0.1325-0.06510.11220.01610.0045-0.0246-0.12050.0458-0.03020.1280.0909-0.01820.24810.12410.230532.640932.692942.2608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:10)A2 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:28)A11 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 29:33)A29 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 34:38)A34 - 38
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 39:46)A39 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 47:58)A47 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:8)B1 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 9:20)B9 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 21:28)B21 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 29:33)B29 - 33
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 34:38)B34 - 38
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 39:48)B39 - 48
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 49:61)B49 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 3:9)C3 - 9
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 10:19)C10 - 19
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 20:25)C20 - 25
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 26:37)C26 - 37
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 38:43)C38 - 43
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 44:52)C44 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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