PDB-3sva: Crystal structure of V57D mutant of human cystatin C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sva

タイトル

Crystal structure of V57D mutant of human cystatin C

要素

Cystatin-C

キーワード

hydrolase inhibitor / 3D domain swapping / cysteine protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Orlikowska, M. / Szymanska, A. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Jankowska, E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of V57D and V57P mutants of human cystatin C, an amyloidogenic protein.
著者: Orlikowska, M. / Szymanska, A. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Jankowska, E.

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sva.cif.gz	59.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sva.ent.gz	44.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sva_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sva_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	3sva_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	3sva_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3sva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3sva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s67C 1g96S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g96-1 3s67-1 3ps8-1 5ffp-d 1r4c-3 1kq5-3 2d6c-d 1r4c-4 3uit-1 2f4w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-x+1,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_655	-x+1,z,y	1
crystal symmetry operation	19_655	-x+1,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.145, 140.145, 140.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

#1: タンパク質	Cystatin-C / Cystatin-3 / Gamma-trace / Neuroendocrine basic polypeptide / Post-gamma-globulin 分子量: 13381.098 Da / 分子数: 1 / 変異: V57D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CST3 / プラスミド: pHD313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(de3) / 参照: UniProt: P01034
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Imidazole pH 6.5, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 4864 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.13 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 437 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G96

1g96

解像度: 3.02→37.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 31.204 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24191	227	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20114	-	-	-
obs	0.20309	4637	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.464 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→37.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	871	0	11	6	888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.942	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.079	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.043	23.913	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.29	15	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.592	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.607	1.5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.309	2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.058	3	352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.526	4.5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.02→3.095 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.439	22	-
R_work	0.315	334	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.6828	1.4649	-8.7347	85.9083	1.58	4.9772	-0.377	-0.42	-1.6229	3.3887	-0.5548	1.1358	0.3168	0.0038	0.9319	0.4646	-0.0733	0.0895	1.0445	0.0075	0.1881	53.7524	2.7833	31.7468
2	62.0973	11.1912	-48.0608	16.7733	-2.265	58.3332	0.6742	-1.6682	1.9222	0.7931	-0.6802	0.2939	-1.2996	0.8865	0.006	0.5028	0.0334	-0.1655	0.2159	-0.0504	0.3786	58.0503	15.3445	28.6722
3	1.8196	-0.6086	1.5972	3.6774	-4.9371	10.2716	-0.1502	-0.0997	0.1412	0.1889	-0.0295	-0.0632	-0.1928	-0.0747	0.1797	0.2209	0.0378	0.0135	0.216	-0.0552	0.2677	56.962	11.6451	16.6646
4	2.92	-1.6402	-3.1166	4.7135	5.8103	10.1174	-0.0697	-0.1411	-0.086	0	0.0763	-0.2188	0.0363	0.4324	-0.0066	0.2204	0.0652	-0.0118	0.2354	0.0851	0.1936	84.2022	-11.526	16.9003
5	18.7176	1.9546	6.7692	10.3484	3.8214	3.9304	0.1146	0.1203	-0.7009	0.2169	0.2424	-0.4624	0.7431	0.2867	-0.357	0.7828	0.1955	-0.0285	0.2397	-0.0301	0.396	90.2557	-22.3777	7.3653
6	6.0937	0.2636	-3.9724	3.9063	1.4313	7.1006	0.025	0.2399	-0.1172	-0.1922	0.0405	-0.0106	-0.2451	-0.202	-0.0655	0.2928	0.0478	-0.0968	0.2304	0.0604	0.2725	80.3495	-8.0803	19.1589
7	18.1158	10.4813	-11.0229	13.6571	-8.9255	16.3919	-0.861	0.6088	-0.4876	-0.9562	0.3894	-0.6326	1.1653	0.5498	0.4716	0.2857	0.1124	-0.0936	0.3525	-0.0608	0.2507	80.2484	-5.3139	15.6714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	58 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	76 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	92 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	108 - 120

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関連情報:EMDBヘッダ

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