+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sr2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / XRCC4 / XLF / NHEJ / DNA Repair / DNA / DNA Ligases / DNA-Binding Proteins / Dimerization / Humans / Protein Structure / Quaternary / Complex / Non-Homologous End Joining (NHEJ) / DNA ligase IV / Ku / XLF-XRCC4 / Protein DNA-interaction / DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / response to ionizing radiation ...FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / response to ionizing radiation / cellular response to lithium ion / 2-LTR circle formation / T cell differentiation / response to X-ray / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / DNA polymerase binding / B cell differentiation / central nervous system development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hammel, M. / Classen, S. / Tainer, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: XRCC4 Protein Interactions with XRCC4-like Factor (XLF) Create an Extended Grooved Scaffold for DNA Ligation and Double Strand Break Repair. 著者: Hammel, M. / Rey, M. / Yu, Y. / Mani, R.S. / Classen, S. / Liu, M. / Pique, M.E. / Fang, S. / Mahaney, B.L. / Weinfeld, M. / Schriemer, D.C. / Lees-Miller, S.P. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 197.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 506 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 631.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16256.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 25868.922 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP Residues 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, ...詳細: protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.9→70 Å / Num. all: 26221 / Num. obs: 26221 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 2.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2R9A 解像度: 3.9708→67.436 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.5821 / SU ML: 0.92 / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 43.79 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.293 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80 Å2 / Biso mean: 80 Å2 / Biso min: 80 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.9708→67.436 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
|