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- PDB-3sp9: Structural basis for iloprost as a dual PPARalpha/delta agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sp9
タイトルStructural basis for iloprost as a dual PPARalpha/delta agonist
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor LBD / nuclear receptor fold / ligand binding / gene transcription / drug binding
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / negative regulation of myoblast differentiation / Carnitine shuttle / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / adipose tissue development / cellular response to nutrient levels / fatty acid transport / energy homeostasis / embryo implantation / cholesterol metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of miRNA transcription / apoptotic signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / fatty acid metabolic process / wound healing / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IL2 / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rong, H. / Li, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for iloprost as a dual peroxisome proliferator-activated receptor alpha/delta agonist.
著者: Jin, L. / Lin, S. / Rong, H. / Zheng, S. / Jin, S. / Wang, R. / Li, Y.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1804
ポリマ－64,4592
非ポリマー7212
水6,936385
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5902
ポリマ－32,2291
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5902
ポリマ－32,2291
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.124, 111.905, 55.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member ...PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor beta / PPAR-beta


分子量: 32229.404 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-IL2 / (5E)-5-[(3aS,4R,5R,6aS)-5-hydroxy-4-[(1E,3S,4R)-3-hydroxy-4-methyloct-1-en-6-yn-1-yl]hexahydropentalen-2(1H)-ylidene]pentanoic acid / 5-[[(2E,3aS,4R,5R,6aS)-オクタヒドロ-5-ヒドロキシ-4-[(1E,3S,4R)-3-ヒドロキシ(以下略)


分子量: 360.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月15日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 26191 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.3-2.38199
2.38-2.591100
2.59-2.91100
2.9-3.431100
3.43-4.951100
4.95-501100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.884 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 1335 5.1 %RANDOM
Rwork0.1951 ---
obs0.198 26190 99.26 %-
all-26191 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.781 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2527 Å20 Å20.238 Å2
2--0.1729 Å20 Å2
3---0.9136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4323 0 52 385 4760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1796058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.061668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.31141350.22332487X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.47760.24471380.21072493X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.59030.30311400.20962485X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.72680.26811280.20342524X-RAY DIFFRACTION100
2.7268-2.89760.26161200.19992513X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.12120.2371250.19332483X-RAY DIFFRACTION100
3.1212-3.43510.25831500.19842492X-RAY DIFFRACTION100
3.4351-3.93170.23791380.17712346X-RAY DIFFRACTION94
3.9317-4.95170.21731130.16092520X-RAY DIFFRACTION99
4.9517-36.88860.22781480.18982513X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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