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- PDB-6onj: Crystal structure of PPARgamma ligand binding domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6onj
タイトルCrystal structure of PPARgamma ligand binding domain in complex with TRAP220 peptide and agonist rosiglitazone
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1, TRAP220 Coactivator Peptide
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードtranscription/agonist / Nuclear receptors / TZDs / Drug design / Therapeutic targets / TRANSCRIPTION / transcription-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland branching involved in thelarche / core mediator complex ...enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland branching involved in thelarche / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of keratinocyte differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / nuclear vitamin D receptor binding / prostaglandin receptor activity / lens development in camera-type eye / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / beige fat cell differentiation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / embryonic hemopoiesis / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / DNA binding domain binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of lipid metabolic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / WW domain binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / negative regulation of neuron differentiation / response to lipid / histone acetyltransferase binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / RSV-host interactions / negative regulation of cholesterol storage / LBD domain binding / mammary gland branching involved in pregnancy / positive regulation of lipoprotein transport / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / general transcription initiation factor binding / negative regulation of lipid storage / animal organ regeneration / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of BMP signaling pathway / monocyte differentiation / cell fate commitment / hematopoietic stem cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / negative regulation of mitochondrial fission / embryonic placenta development / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / ubiquitin ligase complex / nuclear retinoid X receptor binding / fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / retinoic acid receptor signaling pathway / keratinocyte differentiation / erythrocyte development / intracellular receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of MAPK cascade / lactation / cell maturation / peptide binding / epithelial cell differentiation
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BRL / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shang, J. / Kojetin, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK101871 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A molecular switch regulating transcriptional repression and activation of PPAR gamma.
著者: Shang, J. / Mosure, S.A. / Zheng, J. / Brust, R. / Bass, J. / Nichols, A. / Solt, L.A. / Griffin, P.R. / Kojetin, D.J.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1, TRAP220 Coactivator Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0043
ポリマ－33,6472
非ポリマー3571
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.386, 85.574, 121.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-695-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31449.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1, TRAP220 Coactivator Peptide / Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome ...Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein / PPAR-binding protein / Thyroid hormone receptor-associated protein complex 220 kDa component / Trap220 / Thyroid receptor-interacting protein 2 / TRIP-2 / Vitamin D receptor-interacting protein complex component DRIP205 / p53 regulatory protein RB18A


分子量: 2197.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: MED1, ARC205, CRSP1, CRSP200, DRIP205, DRIP230, PBP, PPARBP, PPARGBP, RB18A, TRAP220, TRIP2
プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-BRL / 2,4-THIAZOLIDIINEDIONE, 5-[[4-[2-(METHYL-2-PYRIDINYLAMINO)ETHOXY]PHENYL]METHYL]-(9CL) / BRL49653 / ROSIGLITAZONE / (5S)-5-[4-[2-[メチル(2-ピリジル)アミノ]エトキシ]ベンジル]チアゾ-ル-2,4(3H,5H)-ジオン


分子量: 357.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate 0.1M Tris, pH 8.5 30% w/v, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.64 Å / Num. obs: 12926 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 16.54
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Num. unique obs: 1260 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PRG

1prg


解像度: 2.3→36.64 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 1290 9.99 %
Rwork0.212 11629 -
obs0.218 12919 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.18 Å2 / Biso mean: 31.11 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 25 104 2314
Biso mean--24.65 30.45 -
残基数----272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.39210.3271490.24961248100
2.3921-2.5010.29491350.2379126399
2.501-2.63280.34051320.24861291100
2.6328-2.79770.29731400.23711277100
2.7977-3.01360.28391510.24041272100
3.0136-3.31670.33961450.23471282100
3.3167-3.79620.22791440.20171295100
3.7962-4.78110.23811400.17541330100
4.7811-36.640.23871540.1882137199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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