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万見
- PDB-3so9: Darunavir in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3so9
タイトルDarunavir in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant
要素HIV-1 protease
キーワードHYDORLASE/HYDORLASE INHIBITOR / multi-drug resistance / HIV-1 protease / darunavir / protease inhibitor / HYDORLASE-HYDORLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. ...Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-017 / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Wang, Y. / Liu, Z. / Brunzelle, S.J. / Kovari, L.C. / Kovari, I.A.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: The higher barrier of darunavir and tipranavir resistance for HIV-1 protease.
著者: Wang, Y. / Liu, Z. / Brunzelle, J.S. / Kovari, I.A. / Dewdney, T.G. / Reiter, S.J. / Kovari, L.C.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Author states that they are characteristic mutations of the original patient isolate MDR769 HIV-1 protease.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 protease
B: HIV-1 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0893
ポリマ－21,5412
非ポリマー5481
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.901, 66.376, 90.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 protease


分子量: 10770.686 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease, UNP residues 1-99
変異: Q7K, L10I, M36V, M46L, I54V, I62V, L63P, A71V, V82T, I84V, L90M
由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence is a clinical isolate with mutations introduced.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: MDR769 / 遺伝子: pol / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q000H7, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル


分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H37N3O7S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES and 2.4M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月9日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→30 Å / Num. all: 10515 / Num. obs: 10380 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allDiffraction-ID% possible all
2.87-2.954.53431100
2.95-34.6348199
3-3.064.6377199.5
3.06-3.124.5350199
3.12-3.194.4386199.1
3.19-3.274.5357198.5
3.27-3.354.53561100
3.35-3.444.6367199
3.44-3.544.3380199.5
3.54-3.654.7367198.1
3.65-3.784.53471100
3.78-3.934.5368199.5
3.93-4.114.4377199.5
4.11-4.334.5368198.1
4.33-4.64.4360197.2
4.6-4.954.4376197.8
4.95-5.454.5355196.3
5.45-6.234.5363196.8
7.83-303.7372195.4
6.23-7.834.1372196.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.87→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.25624 196 Random
Rwork0.2165 --
obs0.21841 10380 -
all-10515 -
原子変位パラメータBiso mean: 19.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 38 142 1694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.021
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.074
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6307-0.0089-0.48440.9029-0.36682.4077-0.0209-0.11730.1425-0.02750.0768-0.01250.0141-0.0107-0.05590.15260.00830.00130.2050.06090.212817.9068-2.32281.4819
2-0.1768-0.55930.61691.8495-0.1208-0.1758-0.03490.06250.0168-0.12480.0030.0794-0.00450.02120.03180.2423-0.02320.01930.2440.02350.2169.2803-4.0265-18.8007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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