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万見
- PDB-3sm3: Crystal Structure of SAM-dependent methyltransferases Q8PUK2_METM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sm3
タイトルCrystal Structure of SAM-dependent methyltransferases Q8PUK2_METMA from Methanosarcina mazei. Northeast Structural Genomics Consortium Target MaR262.
要素SAM-dependent methyltransferases
キーワードTRANSFERASE / NESG / Structural Genomics / PSI-biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ubiE/COQ5 methyltransferase family signature 2. / UbiE/COQ5 methyltransferase, conserved site / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SAM-dependent methyltransferases
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Snyder, A. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Snyder, A. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of SAM-dependent methyltransferases Q8PUK2_METMA from Methanosarcina mazei.
著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Snyder, A. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2011年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent methyltransferases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1584
ポリマ－26,9721
非ポリマー1863
水1,69394
1
A: SAM-dependent methyltransferases
ヘテロ分子

A: SAM-dependent methyltransferases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3168
ポリマ－53,9432
非ポリマー3736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_756-x+2,y,-z+11
Buried area2900 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.589, 51.589, 207.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CA

詳細dimer,63.21 kD,95.2%

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要素

#1: タンパク質 SAM-dependent methyltransferases


分子量: 26971.570 Da / 分子数: 1 / 変異: L51K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 株: ATCC BAA-159/DSM 3647/Goe1/Go1/JCM 11883/OCM 88 / 遺伝子: MM_2332 / プラスミド: pET 21-23C, MaR262-RM.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q8PUK2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 7.5
詳細: 27% PEG 400, 0.2 M calcium chloride, 5% glycerol, 0.1 M HEPES, pH 7.5 , Microbatch crystallization under oil , temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→50 Å / Num. all: 54511 / Num. obs: 54511 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 37.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 5461 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.197→29.817 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.834 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1367 5.03 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 27171 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.908 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.99 Å2 / Biso mean: 45.939 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.822 Å20 Å2-0 Å2
2--5.822 Å20 Å2
3----11.644 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.197→29.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1700 0 9 94 1803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1512349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.086637
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.197-2.2760.2991410.24825832724
2.276-2.3670.2631470.24525712718
2.367-2.4750.3251330.23825672700
2.475-2.6050.2441630.2225922755
2.605-2.7680.2891230.225622685
2.768-2.9820.2741520.20225552707
2.982-3.2810.2671250.18626052730
3.281-3.7550.2591320.17225912723
3.755-4.7280.1981270.14925882715
4.728-29.820.2051240.19825902714
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.7765 Å / Origin y: 13.3895 Å / Origin z: 86.2179 Å
111213212223313233
T0.1687 Å2-0.0025 Å20.0025 Å2-0.17 Å2-0.0108 Å2--0.1711 Å2
L0.6763 °2-0.5272 °2-0.0175 °2-1.5348 °2-0.2149 °2--0.6851 °2
S0.0053 Å °-0.0322 Å °0.0539 Å °0.0254 Å °0.0138 Å °0.0662 Å °-0.0646 Å °-0.0377 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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