PDB-5xah: Crystal structure of human Importin4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xah

タイトル

Crystal structure of human Importin4

要素

Importin-4

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Histone / Chromatin / Assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / protein localization to nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / chromatin / protein-containing complex / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.004 Å

データ登録者

Song, J.J. / Yoon, J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Integrative Structural Investigation on the Architecture of Human Importin4_Histone H3/H4_Asf1a Complex and Its Histone H3 Tail Binding
著者: Yoon, J. / Kim, S.J. / An, S. / Cho, S. / Leitner, A. / Jung, T. / Aebersold, R. / Hebert, H. / Cho, U.S. / Song, J.J.

履歴

登録	2017年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xah.cif.gz	282.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xah.ent.gz	228.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xah_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xah_full_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示
XML形式データ	5xah_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	5xah_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xbkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xbk-4 5xbk-3 5xbk-2 5xbk-1 2adm-1 1cu4-d 6cdo-d 3nac-d 6hf6-d 6dcv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (7) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Importin-4

B: Importin-4

C: Importin-4

D: Importin-4

180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Importin-4

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Importin-4

登録者が定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Importin-4

登録者が定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Importin-4

登録者が定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.920, 110.769, 126.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Importin-4 / Imp4 / Importin-4b / Imp4b / Ran-binding protein 4 / RanBP4 分子量: 45116.801 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 668-1081 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPO4, IMP4B, RANBP4 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q8TEX9
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Importin-4 / Imp4 / Importin-4b / Imp4b / Ran-binding protein 4 / RanBP4

分子量: 45116.801 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 668-1081 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPO4, IMP4B, RANBP4
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q8TEX9

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.87 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Sodium Tartrate, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-6A / 波長: 0.980001 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.980001 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 33901 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 76.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 3.232 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 247205

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3-3.05	6.6	0.599	1662	0.798	0.253	0.652	1.327	97.5
3.05-3.11	7	0.52	1647	0.865	0.212	0.563	1.369	96.6
3.11-3.17	7	0.458	1655	0.871	0.187	0.495	1.39	98.6
3.17-3.23	7	0.397	1680	0.899	0.162	0.43	1.564	98
3.23-3.3	7.1	0.339	1647	0.922	0.138	0.367	1.493	98.6
3.3-3.38	7	0.267	1704	0.955	0.109	0.289	1.545	98.6
3.38-3.46	7.1	0.222	1653	0.971	0.089	0.24	1.853	98.2
3.46-3.56	7.1	0.185	1710	0.976	0.075	0.2	1.818	99.2
3.56-3.66	7.2	0.152	1667	0.988	0.061	0.164	2.139	98.5
3.66-3.78	7.2	0.129	1712	0.991	0.052	0.14	2.113	99.8
3.78-3.91	7.4	0.122	1679	0.991	0.049	0.132	2.622	99.9
3.91-4.07	7.5	0.111	1724	0.993	0.044	0.119	2.388	100
4.07-4.26	7.6	0.096	1702	0.995	0.037	0.103	2.675	100
4.26-4.48	7.6	0.087	1701	0.995	0.034	0.093	3.061	100
4.48-4.76	7.6	0.084	1719	0.995	0.032	0.09	3.422	100
4.76-5.13	7.6	0.084	1696	0.996	0.032	0.09	3.808	100
5.13-5.64	7.6	0.096	1726	0.995	0.037	0.103	4.267	100
5.64-6.46	7.6	0.101	1731	0.995	0.039	0.109	5.33	100
6.46-8.13	7.6	0.077	1725	0.998	0.03	0.083	7.021	100
8.13-50	7.2	0.07	1761	0.995	0.028	0.076	11.848	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000	2000	データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.004→46.623 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.39 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2803	6550	9.9 %
R_work	0.2257	-	-
obs	0.2311	33887	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.004→46.623 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11259	0	0	0	11259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	15583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.972	7041
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1848
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2024

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0044-3.0385	0.4206	177	0.388	1442	X-RAY DIFFRACTION	72
3.0385-3.0742	0.3772	220	0.3558	2023	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0742-3.1117	0.3643	200	0.3328	1908	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1117-3.1511	0.4359	198	0.3189	1994	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1511-3.1926	0.3855	244	0.3419	1965	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1926-3.2363	0.3705	223	0.3086	1936	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2363-3.2825	0.3898	223	0.2968	2042	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2825-3.3315	0.3278	201	0.2968	1968	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3315-3.3835	0.378	212	0.2958	1999	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3835-3.439	0.366	234	0.2654	1947	X-RAY DIFFRACTION	97
3.439-3.4983	0.3253	192	0.2669	1998	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4983-3.5619	0.3214	209	0.2816	2052	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5619-3.6303	0.2937	191	0.2464	2008	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6303-3.7044	0.2877	269	0.2519	1932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7044-3.7849	0.3073	199	0.2308	2065	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7849-3.8729	0.2899	237	0.2294	1995	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8729-3.9697	0.2718	213	0.2193	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9697-4.077	0.2776	223	0.216	2050	X-RAY DIFFRACTION	100
4.077-4.1969	0.2753	228	0.2123	1983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1969-4.3323	0.2355	216	0.206	2061	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3323-4.487	0.2515	238	0.2055	1993	X-RAY DIFFRACTION	100
4.487-4.6665	0.2775	234	0.2143	2041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6665-4.8787	0.2843	244	0.2059	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8787-5.1356	0.288	222	0.2164	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1356-5.4569	0.2727	253	0.2369	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4569-5.8774	0.3173	208	0.2365	2063	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8774-6.4675	0.3193	210	0.241	2020	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4675-7.4002	0.2444	230	0.1984	2010	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4002-9.3113	0.1937	210	0.1441	2051	X-RAY DIFFRACTION	100
9.3113-46.6286	0.196	192	0.1762	2028	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)