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- PDB-3sjv: Crystal structure of the RL42 TCR in complex with HLA-B8-FLR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sjv
タイトルCrystal structure of the RL42 TCR in complex with HLA-B8-FLR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Epstein-Barr nuclear antigen 3
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
  • RL42 T cell receptor, alpha chain
  • RL42 T cell receptor, beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nuclear matrix / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / TAP binding / alpha-beta T cell activation ...host cell nuclear matrix / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / viral process / detection of bacterium / : / : / positive regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of protein binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Epstein-Barr virus nuclear antigen 3/4/6 / Epstein-Barr virus nuclear antigen 3 (EBNA-3) / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Epstein-Barr virus nuclear antigen 3/4/6 / Epstein-Barr virus nuclear antigen 3 (EBNA-3) / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Epstein-Barr nuclear antigen 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gras, S. / Wilmann, P.G. / Zhenjun, C. / Hanim, H. / Yu Chih, L. / Kjer-Nielsen, L. / Purcell, A.W. / Burrows, S.R. / Mccluskey, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: A structural basis for varied alpha-beta TCR usage against an immunodominant EBV antigen restricted to a HLA-B8 molecule.
著者: Gras, S. / Wilmann, P.G. / Chen, Z. / Halim, H. / Liu, Y.C. / Kjer-Nielsen, L. / Purcell, A.W. / Burrows, S.R. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Structure summary
改定 1.22020年2月5日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 3
D: RL42 T cell receptor, alpha chain
E: RL42 T cell receptor, beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Epstein-Barr nuclear antigen 3
I: RL42 T cell receptor, alpha chain
J: RL42 T cell receptor, beta chain
K: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: Epstein-Barr nuclear antigen 3
N: RL42 T cell receptor, alpha chain
O: RL42 T cell receptor, beta chain
P: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: Epstein-Barr nuclear antigen 3
S: RL42 T cell receptor, alpha chain
T: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,39020
ポリマ－380,39020
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 3
D: RL42 T cell receptor, alpha chain
E: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0975
ポリマ－95,0975
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Epstein-Barr nuclear antigen 3
I: RL42 T cell receptor, alpha chain
J: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0975
ポリマ－95,0975
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: Epstein-Barr nuclear antigen 3
N: RL42 T cell receptor, alpha chain
O: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0975
ポリマ－95,0975
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: Epstein-Barr nuclear antigen 3
S: RL42 T cell receptor, alpha chain
T: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0975
ポリマ－95,0975
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.080, 185.000, 217.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain / MHC class I antigen B*8


分子量: 32015.055 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular domain residues 25-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30460, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
Epstein-Barr nuclear antigen 3 / EBNA-3 / EBV nuclear antigen 3 / Epstein-Barr nuclear antigen 3A / EBNA-3A / EBV nuclear antigen 3A


分子量: 1054.247 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 325-333 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q3KST2
#4: タンパク質
RL42 T cell receptor, alpha chain


分子量: 22686.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質
RL42 T cell receptor, beta chain


分子量: 27462.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M ammonium tartrate, 14% PEG 3350, 7% ethylene glycol, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→100 Å / Num. obs: 73724 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 59.401 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 14.85
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.1-3.20.7073.15498216625199.9
3.2-3.30.5514.03439095847199.9
3.3-3.40.4335391395215199.9
3.4-3.50.3326.453453746091100
3.5-3.60.2618.023084541241100
3.6-3.70.2229.192783537351100
3.7-3.80.18710.592469932971100
3.8-3.90.16811.722239429961100
3.9-40.14313.192021427141100
4-50.08919.64124224167911100
5-60.07722.165462074791100
6-100.05128.945814982231100
10-1000.03242.47140852069185.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KGC, 1M05

1kgc

1m05


解像度: 3.1→19.991 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7281 / SU ML: 0.51 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3213 3385 5.06 %
Rwork0.2527 --
obs0.2562 66875 90.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.192 Å2 / ksol: 0.202 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 256.49 Å2 / Biso mean: 86.5767 Å2 / Biso min: 15.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1368 Å2-0 Å20 Å2
2---6.3521 Å2-0 Å2
3---9.4889 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26455 0 0 0 26455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68536837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3299971
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.21040.39912750.35275181545675
3.2104-3.33840.41052810.32715542582380
3.3384-3.48950.37033160.30375834615085
3.4895-3.67240.35223720.28816158653089
3.6724-3.90090.34243420.25926359670191
3.9009-4.19960.29423420.23626621696395
4.1996-4.61750.29543510.21826765711697
4.6175-5.27490.27233630.21216894725798
5.2749-6.60570.32793520.23646937728998
6.6057-19.9910.28813910.22687199759099

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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