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- PDB-5men: Human Leukocyte Antigen A02 presenting ILAKFLHWL, in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5men
タイトルHuman Leukocyte Antigen A02 presenting ILAKFLHWL, in complex with cognate T-Cell Receptor
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • ILE-LEU-ALA-LYS-PHE-LEU-HIS-TRP-LEU
  • Protein TRAV22,Human nkt tcr alpha chain
  • Protein TRBV6-5,Human nkt tcr beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNO / HLA-A02 / 1E6-TCR / Cross-reactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleolus / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process ...positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleolus / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / establishment of protein localization to telomere / telomerase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / nuclear telomere cap complex / siRNA processing / telomere maintenance via recombination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / DNA biosynthetic process / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / RNA-templated transcription / telomeric DNA binding / CD8 receptor binding / positive regulation of stem cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / mitochondrial nucleoid / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of cellular senescence / Telomere Extension By Telomerase / replicative senescence / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to cadmium ion / positive regulation of protein binding / telomere maintenance via telomerase / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / immune system process / telomere maintenance / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of D-glucose import / Endosomal/Vacuolar pathway / mitochondrion organization / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / PML body / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of protein stability / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of miRNA transcription / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RNA-directed DNA polymerase / Interferon alpha/beta signaling / transcription coactivator binding / Modulation by Mtb of host immune system
類似検索 - 分子機能
: / : / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / : / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) ...: / : / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / : / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 22 / T cell receptor beta variable 6-5 / Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain / Telomerase reverse transcriptase / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Lloyd, A. / Crowther, M. / Cole, D.K. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Mechanism Underpinning Cross-reactivity of a CD8+ T-cell Clone That Recognizes a Peptide Derived from Human Telomerase Reverse Transcriptase.
著者: Cole, D.K. / van den Berg, H.A. / Lloyd, A. / Crowther, M.D. / Beck, K. / Ekeruche-Makinde, J. / Miles, J.J. / Bulek, A.M. / Dolton, G. / Schauenburg, A.J. / Wall, A. / Fuller, A. / Clement, ...著者: Cole, D.K. / van den Berg, H.A. / Lloyd, A. / Crowther, M.D. / Beck, K. / Ekeruche-Makinde, J. / Miles, J.J. / Bulek, A.M. / Dolton, G. / Schauenburg, A.J. / Wall, A. / Fuller, A. / Clement, M. / Laugel, B. / Rizkallah, P.J. / Wooldridge, L. / Sewell, A.K.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年3月22日Group: Refinement description
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ILE-LEU-ALA-LYS-PHE-LEU-HIS-TRP-LEU
D: Protein TRAV22,Human nkt tcr alpha chain
E: Protein TRBV6-5,Human nkt tcr beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,97116
ポリマ－94,0885
非ポリマー88311
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13200 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area37740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.160, 48.690, 118.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Protein TRAV22,Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain


分子量: 22223.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV22, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J277, UniProt: K7N5M3
#5: タンパク質 Protein TRBV6-5,Human nkt tcr beta chain


分子量: 26891.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV6-5, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0K1A5, UniProt: K7N5M4

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド ILE-LEU-ALA-LYS-PHE-LEU-HIS-TRP-LEU


分子量: 1142.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14746*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 70分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.809→56.112 Å / Num. all: 25031 / Num. obs: 25031 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.142 / Rsym value: 0.1 / Net I/av σ(I): 6.889 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 91454
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.81-2.883.70.730.9199.8
2.88-2.963.60.5791.2199.8
2.96-3.053.80.4911.4199.8
3.05-3.143.80.3811.8199.9
3.14-3.243.80.3062.2199.8
3.24-3.363.70.2183.2199.4
3.36-3.483.50.1773.9199.6
3.48-3.633.60.1315.4199.7
3.63-3.793.60.1076.6199.8
3.79-3.973.70.0858.3199.9
3.97-4.193.70.06910.3199.8
4.19-4.443.60.05712.6199.7
4.44-4.753.60.05312.7199.6
4.75-5.133.70.05113.31100
5.13-5.623.80.05412.2199.4
5.62-6.283.60.0611.1199.9
6.28-7.253.50.05611.6199.7
7.25-8.883.60.04314199.7
8.88-12.563.40.03616.4199.2
12.56-56.1123.20.03318.5197.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I4W

4i4w


解像度: 2.81→38.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 42.321 / SU ML: 0.377 / SU R Cruickshank DPI: 0.3246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2724 1267 5.1 %RANDOM
Rwork0.1887 ---
obs0.1931 23666 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.15 Å2 / Biso mean: 57.144 Å2 / Biso min: 19.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å2-0 Å20.48 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→38.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6629 0 51 59 6739
Biso mean--75.18 40.07 -
残基数----825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0196854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0251.9299308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191314162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5165820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20123.897349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.982151086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3741546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1392.7983295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1392.7973294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9584.1924110
LS精密化 シェル解像度: 2.811→2.884 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 75 -
Rwork0.352 1753 -
all-1828 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.65971.08510.62791.91070.69093.51090.09130.2219-0.013-0.1874-0.02820.1736-0.2358-0.379-0.06310.03880.045-0.01610.16620.00210.023432.15780.0673-12.4584
22.688-1.8179-0.86637.05714.00085.08970.0415-0.26180.640.1311-0.2750.4056-0.6822-0.48180.23350.21280.07190.05370.4724-0.06550.319216.235414.848415.7672
34.7691.4436-1.31342.394-2.60576.71140.1771-0.2973-0.05270.3565-0.136-0.0242-0.0726-0.0097-0.04120.0806-0.0399-0.00270.1288-0.05490.037333.0247-0.011114.8451
40.5839-0.31120.37232.9301-1.35049.16510.02310.24470.0911-0.17110.05630.2811-0.2087-0.9417-0.07940.02320.0602-0.00980.52540.00790.184825.6057-3.698-42.8269
57.8009-0.37210.83963.8114-0.59955.14640.04950.22-0.4633-0.2021-0.01820.02740.2288-0.6136-0.03130.1602-0.05230.03750.6552-0.040.09332.2604-14.0403-73.8063
62.5763-1.2938-0.79425.01093.88526.9023-0.0368-0.0493-0.38730.02170.2029-0.24290.73680.3317-0.16610.13580.0390.0150.28930.03050.166645.3438-15.3906-36.7896
73.1955-1.12880.89544.8617-2.34556.82990.05720.1363-0.2083-0.08150.0883-0.11430.2770.0521-0.14540.0997-0.04370.09770.5184-0.15270.16747.0032-13.0321-66.7123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 115
6X-RAY DIFFRACTION5D116 - 200
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 115
8X-RAY DIFFRACTION7E116 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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