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Yorodumi- PDB-3sjq: Crystal structure of a small conductance potassium channel splice... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sjq | ||||||
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Title | Crystal structure of a small conductance potassium channel splice variant complexed with calcium-calmodulin | ||||||
Components |
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Keywords | METAL BINDING PROTEIN / protein-protein complex / EF hand / calmodulin / calcium binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ca2+ activated K+ channels / small conductance calcium-activated potassium channel activity / regulation of store-operated calcium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / : / calcium-activated potassium channel activity / presynaptic endocytosis / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death ...Ca2+ activated K+ channels / small conductance calcium-activated potassium channel activity / regulation of store-operated calcium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / : / calcium-activated potassium channel activity / presynaptic endocytosis / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / positive regulation of potassium ion transport / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / inward rectifier potassium channel activity / establishment of protein localization to membrane / regulation of potassium ion transmembrane transport / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / organelle localization by membrane tethering / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / postsynaptic cytosol / autophagosome membrane docking / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of DNA binding / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric-oxide synthase binding / alpha-actinin binding / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / regulation of neuronal synaptic plasticity / : / adenylate cyclase binding / calyx of Held / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / smooth endoplasmic reticulum / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / phosphatidylinositol 3-kinase binding / voltage-gated potassium channel complex / activation of adenylate cyclase activity / enzyme regulator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / : / titin binding / regulation of calcium-mediated signaling / sperm midpiece / calcium channel complex / T-tubule / potassium ion transmembrane transport / nitric-oxide synthase regulator activity / adenylate cyclase activator activity / response to amphetamine / regulation of heart rate / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / calcium-mediated signaling / modulation of chemical synaptic transmission / potassium ion transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / sarcolemma / cellular response to type II interferon / Z disc / spindle pole / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / disordered domain specific binding / myelin sheath / growth cone / postsynaptic membrane / vesicle / transmembrane transporter binding / protein autophosphorylation / dendritic spine / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / centrosome / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein kinase binding / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Zhang, M. / Pascal, J.M. / Zhang, J.-F. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2012 Title: Structural basis for calmodulin as a dynamic calcium sensor. Authors: Zhang, M. / Abrams, C. / Wang, L. / Gizzi, A. / He, L. / Lin, R. / Chen, Y. / Loll, P.J. / Pascal, J.M. / Zhang, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sjq.cif.gz | 217 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sjq.ent.gz | 173.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sjq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sjq_validation.pdf.gz | 495.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sjq_full_validation.pdf.gz | 501.6 KB | Display | |
Data in XML | 3sjq_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3sjq_validation.cif.gz | 33.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sjq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1g4yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 16852.545 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) Gene: Calm1, Calm, Cam, Cam1, Calm2, Cam2, Camb, Calm3, Cam3, Camc Plasmid: pET-28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62161, UniProt: P0DP29*PLUS #2: Protein | Mass: 10443.243 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Calmodulin binding domain, UNP residues 412-487 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Kcnn2 / Plasmid: pET-28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P70604 |
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-Non-polymers , 5 types, 366 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-PHU / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.65 Details: 0.75 M Li2SO4, 0.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Sodium citrate pH 4.65 and Silver Bullets 22 reagent 70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 53499 / Num. obs: 53499 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / % possible all: 96.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1G4Y Resolution: 1.9→19.994 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.04 / Phase error: 20.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.671 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→19.994 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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