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 Yorodumi
Yorodumi- PDB-3sjq: Crystal structure of a small conductance potassium channel splice... -
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Open data
- Basic information
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3sjq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a small conductance potassium channel splice variant complexed with calcium-calmodulin | ||||||
|  Components | 
 | ||||||
|  Keywords | METAL BINDING PROTEIN / protein-protein complex / EF hand / calmodulin / calcium binding | ||||||
| Function / homology |  Function and homology information Ca2+ activated K+ channels / regulation of store-operated calcium channel activity / :  / :  / small conductance calcium-activated potassium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / calcium-activated potassium channel activity ...Ca2+ activated K+ channels / regulation of store-operated calcium channel activity / :  / :  / small conductance calcium-activated potassium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / calcium-activated potassium channel activity / :  / :  / :  / :  / :  / positive regulation of potassium ion transport / inward rectifier potassium channel activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of DNA binding / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / nitric-oxide synthase binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcineurin-mediated signaling / alpha-actinin binding / smooth endoplasmic reticulum / adenylate cyclase binding / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / regulation of neuronal synaptic plasticity / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic cytosol / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to interferon-beta / phosphatidylinositol 3-kinase binding / calcium channel inhibitor activity / presynaptic cytosol / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / enzyme regulator activity / titin binding / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / T-tubule / regulation of heart rate / calyx of Held / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / calcium-mediated signaling / sarcolemma / response to calcium ion / modulation of chemical synaptic transmission / potassium ion transport / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / Schaffer collateral - CA1 synapse / Z disc / spindle pole / disordered domain specific binding / calcium-dependent protein binding / myelin sheath / protein autophosphorylation / growth cone / vesicle / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / calcium ion binding / centrosome / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
| Biological species |   Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
|  Authors | Zhang, M. / Pascal, J.M. / Zhang, J.-F. | ||||||
|  Citation |  Journal: Structure / Year: 2012 Title: Structural basis for calmodulin as a dynamic calcium sensor. Authors: Zhang, M. / Abrams, C. / Wang, L. / Gizzi, A. / He, L. / Lin, R. / Chen, Y. / Loll, P.J. / Pascal, J.M. / Zhang, J.F. | ||||||
| History | 
 | 
- Structure visualization
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil  Jmol/JSmol | 
|---|
- Downloads & links
Downloads & links
- Download
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| PDBx/mmCIF format |  3sjq.cif.gz | 217 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb3sjq.ent.gz | 173.8 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  3sjq.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  3sjq_validation.pdf.gz | 495.5 KB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  3sjq_full_validation.pdf.gz | 501.6 KB | Display | |
| Data in XML |  3sjq_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
| Data in CIF |  3sjq_validation.cif.gz | 33.4 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sjq  ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sjq | HTTPS FTP | 
-Related structure data
| Related structure data |  1g4yS S: Starting model for refinement | 
|---|---|
| Similar structure data | 
- Links
Links
- Assembly
Assembly
| Deposited unit |  
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
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| Unit cell | 
 | 
- Components
Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD   
| #1: Protein | Mass: 16852.545 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Rattus norvegicus (Norway rat) Gene: Calm1, Calm, Cam, Cam1, Calm2, Cam2, Camb, Calm3, Cam3, Camc Plasmid: pET-28b / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62161, UniProt: P0DP29*PLUS #2: Protein | Mass: 10443.243 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Calmodulin binding domain, UNP residues 412-487 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Kcnn2 / Plasmid: pET-28b / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P70604 | 
|---|
-Non-polymers , 5 types, 366 molecules 








| #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-PHU / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / |  | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 | 
|---|
- Sample preparation
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.45 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.65 Details: 0.75 M Li2SO4, 0.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Sodium citrate pH 4.65 and Silver Bullets 22 reagent 70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  NSLS  / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | 
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2010 | 
| Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 53499 / Num. obs: 53499 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 | 
| Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / % possible all: 96.1 | 
- Processing
Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1G4Y Resolution: 1.9→19.994 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.04 / Phase error: 20.4 / Stereochemistry target values: ML 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.671 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | 
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→19.994 Å 
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
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 Movie
Movie Controller
Controller










 PDBj
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