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- PDB-3sjq: Crystal structure of a small conductance potassium channel splice... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sjq
タイトルCrystal structure of a small conductance potassium channel splice variant complexed with calcium-calmodulin
要素
  • Calmodulinカルモジュリン
  • Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / protein-protein complex / EF hand (EFハンド) / calmodulin (カルモジュリン) / calcium binding (カルシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


Ca2+ activated K+ channels / small conductance calcium-activated potassium channel activity / regulation of store-operated calcium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex ...Ca2+ activated K+ channels / small conductance calcium-activated potassium channel activity / regulation of store-operated calcium channel activity / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / positive regulation of potassium ion transport / inward rectifier potassium channel activity / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / organelle localization by membrane tethering / regulation of neuronal synaptic plasticity / regulation of cardiac muscle cell action potential / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric-oxide synthase binding / alpha-actinin binding / protein phosphatase activator activity / 小胞体 / calcium channel regulator activity / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / positive regulation of DNA binding / enzyme regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of protein dephosphorylation / titin binding / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / potassium ion transmembrane transport / sperm midpiece / response to amphetamine / 横行小管 / calcium channel complex / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / nitric-oxide synthase regulator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / sarcomere / regulation of cytokinesis / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / calcium-mediated signaling / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 筋鞘 / modulation of chemical synaptic transmission / potassium ion transport / Z disc / 紡錘体 / cellular response to type II interferon / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / disordered domain specific binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / 髄鞘 / 成長円錐 / postsynaptic membrane / vesicle / transmembrane transporter binding / 樹状突起スパイン / protein autophosphorylation / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / 中心体 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein kinase binding / 細胞膜 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Calmodulin-binding domain / Potassium channel, calcium-activated, SK / SK, calmodulin-binding domain superfamily / Calmodulin binding domain / Calcium-activated SK potassium channel / Calmodulin binding domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / イオンチャネル / EF-hand domain pair ...Calmodulin-binding domain / Potassium channel, calcium-activated, SK / SK, calmodulin-binding domain superfamily / Calmodulin binding domain / Calcium-activated SK potassium channel / Calmodulin binding domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / イオンチャネル / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phenylurea / Calmodulin-1 / Calmodulin-1 / Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, M. / Pascal, J.M. / Zhang, J.-F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural basis for calmodulin as a dynamic calcium sensor.
著者: Zhang, M. / Abrams, C. / Wang, L. / Gizzi, A. / He, L. / Lin, R. / Chen, Y. / Loll, P.J. / Pascal, J.M. / Zhang, J.F.
履歴
登録2011年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Calmodulin
C: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
D: Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,77830
ポリマ－54,5924
非ポリマー2,18626
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.740, 65.630, 66.080
Angle α, β, γ (deg.)90.68, 110.45, 111.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Calmodulin / カルモジュリン / CaM


分子量: 16852.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: Calm1, Calm, Cam, Cam1, Calm2, Cam2, Camb, Calm3, Cam3, Camc
プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62161, UniProt: P0DP29*PLUS
#2: タンパク質 Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2 / SK2 / SKCa 2 / SKCa2 / KCa2.2


分子量: 10443.243 Da / 分子数: 2 / Fragment: Calmodulin binding domain, UNP residues 412-487 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnn2 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70604

-
非ポリマー , 5種, 366分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PHU / 1-phenylurea / Phenylurea / フェニル尿素


分子量: 136.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.65
詳細: 0.75 M Li2SO4, 0.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Sodium citrate pH 4.65 and Silver Bullets 22 reagent 70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 53499 / Num. obs: 53499 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G4Y

1g4y


解像度: 1.9→19.994 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2005 2675 5 %Random
Rwork0.1695 ---
obs0.1711 53459 97.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.671 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.497 Å2-0.1519 Å24.2567 Å2
2---2.5944 Å2-3.5547 Å2
3----0.9026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3619 0 124 340 4083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2661502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96790.29292740.24354945X-RAY DIFFRACTION95
1.9679-2.04660.2382910.20035029X-RAY DIFFRACTION97
2.0466-2.13960.20662650.17475072X-RAY DIFFRACTION98
2.1396-2.25230.22042370.16245098X-RAY DIFFRACTION98
2.2523-2.39320.2022570.16625102X-RAY DIFFRACTION98
2.3932-2.57760.2312450.17765111X-RAY DIFFRACTION98
2.5776-2.83640.22312900.17855104X-RAY DIFFRACTION99
2.8364-3.24530.21982610.17095128X-RAY DIFFRACTION99
3.2453-4.0830.18312820.15535153X-RAY DIFFRACTION99
4.083-19.99460.17052730.16325042X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.25231.67191.09875.88152.14821.45860.31291.3104-0.4957-1.1702-0.2143-0.2377-0.10180.026-0.13950.23940.0187-0.02370.43080.00540.2953.837553.5008-20.3789
22.61910.4241-0.54831.12790.83985.78460.0703-0.53720.55130.018-0.0369-0.0491-0.8038-0.0954-0.08350.05330.0185-0.0350.10020.00460.26371.976462.6074-5.9661
30.89490.7466-0.11540.82560.18920.43890.1286-0.73870.4170.2624-0.26570.39470.0461-0.58680.11180.1626-0.01590.02120.3464-0.06070.2865-6.237457.66231.9767
40.48391.09360.42494.7311.21424.7934-0.1575-0.6713-0.24130.2769-0.33110.38260.348-0.66870.26940.2524-0.0378-0.02210.33840.01760.2846-2.202149.90375.3027
51.41620.2207-0.72020.3117-0.19710.4157-0.0618-0.1555-0.15110.1726-0.0283-0.15490.4134-0.00430.11810.15240.0061-0.03550.2471-0.01460.28087.37152.3261-4.4922
60.6722-1.4424-1.98573.17313.85159.64730.05750.0172-1.0106-0.0806-0.59450.89630.8331-0.66290.00330.06550.03-0.06990.21720.00250.304-0.036345.5621-14.2115
71.17591.47710.52942.06990.2720.9658-0.40250.92380.6984-0.6990.1374-0.0398-0.39350.58040.18540.2413-0.0273-0.01480.407-0.02440.3675-8.00540.3604-19.5133
82.61090.79841.33151.83710.66430.8422-0.02030.5170.3769-0.221-0.12580.48830.2115-0.14970.14710.2782-0.0259-0.01810.2919-0.01740.2431-19.476434.6303-22.6995
92.0249-3.112-1.80136.03130.18670.69860.34211.8333-0.025-1.2401-0.74720.8575-0.0648-1.65060.2790.5605-0.0247-0.04440.5372-0.16910.2119-18.489125.6927-31.8173
104.95490.00021.07450.22910.91097.7808-0.04950.5586-1.28470.12260.1702-0.04972.62370.0817-0.10760.92960.0440.07750.1705-0.04150.4386-16.25617.4993-24.8128
111.49610.5040.363.95974.69555.61660.18250.2359-0.06241.72360.02690.02472.0301-0.2017-0.0210.8699-0.08130.02660.16810.03980.2626-19.458722.8142-14.7295
126.8104-5.0398-0.73817.41453.45162.8615-0.07480.158-0.15891.54510.5152-1.37181.28610.4954-0.51430.40390.1049-0.13040.2564-0.06930.3635-11.076129.6232-16.4131
133.1829-0.7255-0.90463.08191.660.97640.183-1.3340.88550.4192-0.0333-0.1672-0.31920.1639-0.18220.20080.0060.03380.4446-0.0330.28193.5378-11.25363.512
140.9179-0.9021-1.66562.29552.85644.5492-0.06020.5088-0.41920.2085-0.13980.15140.72-0.47990.10530.1532-0.00590.01170.2246-0.00890.28771.6042-19.9178-10.8312
150.19090.31230.12851.0065-0.03261.52270.02290.7287-0.309-0.1728-0.123-0.0239-0.1124-0.08170.11040.16620.0076-0.03160.327-0.03270.2476-6.3351-14.8697-18.8631
162.3644-0.71681.39340.7906-0.02831.08150.01140.88150.6571-0.3535-0.30290.0802-0.5994-0.13410.19160.26220.0588-0.02210.50640.0480.3288-2.4682-7.1709-22.1076
170.96050.0840.81790.08260.08120.67960.05850.1360.3511-0.1977-0.0153-0.0409-0.29420.14180.01680.15580.0060.02880.24820.02390.28266.4985-9.3308-11.4932
182.7493-1.2353-2.54021.86441.65792.62760.17970.04280.55130.3115-0.25450.7485-0.7918-0.4360.24180.2015-0.0280.04230.3447-0.07030.4454-1.3921-1.4954-1.4624
197.7311-5.45596.9849.6354-1.85327.95320.0251-0.4814-1.240.661-0.06740.89420.1626-0.98460.4623-0.0096-0.0205-0.00630.0865-0.07810.1793-9.52812.91483.5478
204.1256-3.2615-2.83924.67760.38974.69050.1671-0.0166-0.74980.3558-0.27291.3071-0.2423-0.42940.11780.2297-0.00420.08610.17930.01010.2935-20.68048.4886.208
213.3381-2.00620.8463.4529-0.47510.2449-0.2429-0.9999-0.01980.89550.01510.4211-0.3594-0.58370.08970.50760.01410.1340.2271-0.00760.2517-19.612817.180213.4456
220.83731.16670.69012.66483.56399.4917-0.2878-0.46890.235-0.0587-0.22310.6915-1.90380.39330.25620.7935-0.02240.2140.21270.01330.4143-16.861925.38388.17
231.66391.77050.12442.80921.58012.36730.2182-0.07780.4442-1.35560.14220.1289-1.35820.0324-0.32420.68140.04250.06870.21530.03070.3428-19.012717.519-2.21
248.4232-3.6321-5.70168.05754.52258.58-0.2203-0.42230.8816-1.78970.3698-2.6385-0.60540.8538-0.30820.3565-0.10230.20850.2704-0.090.5471-10.76913.715-0.4791
252.2995-0.6936-0.08563.2863-3.81035.2017-0.71670.42760.619-1.40250.8529-0.490.3741-0.35270.05920.6179-0.15480.09450.25720.01920.4037-4.941324.3513.1532
262.0801-0.45750.7852.4245-0.32840.44870.009-0.4526-0.34561.54930.0612-0.47420.27690.1029-0.1570.80040.0281-0.05420.30850.03270.2209-7.00968.485518.8064
271.96090.574-1.27550.2468-0.38591.7507-0.136-0.26140.82191.45630.2994-0.2752-0.04890.2738-0.1360.6905-0.0091-0.00250.20720.05760.4624-5.49526.945112.4689
283.9691-1.90941.41244.0481-1.51783.4180.7292-0.5984-0.42020.4505-0.00721.3986-0.0158-0.2153-0.66770.3308-0.0709-0.07590.39010.11690.6267-9.126438.89872.5059
290.8105-0.41650.4820.66690.19610.7837-0.03840.18-0.19520.13590.00880.30560.2207-0.0510.19020.1150.0051-0.01450.3092-0.01970.3072-6.825752.0019-10.4427
302.2059-0.6872-1.93850.65752.11337.93660.3138-0.3815-1.82531.79670.0289-0.3644-1.99220.4731-0.36381.05260.0949-0.25340.38270.28791.359-1.868214.3733-16.9918
312.3640.9827-3.53991.97210.36048.1678-0.640.0484-0.571-0.04380.4714-0.59040.3465-0.49330.18880.52830.09770.09820.29010.00470.3122-7.450127.0976-26.6952
321.39830.0302-0.170.9654-0.33180.7745-0.10170.47960.0885-0.17890.2303-0.6363-0.91280.1174-0.10410.94760.09160.24270.30370.06520.2709-5.776636.0746-38.0761
33-0.06740.6508-0.30826.5942-3.35581.63630.2179-0.02550.017-0.9754-0.11690.20380.06020.1605-0.08850.49650.02290.09050.23670.02010.4124-6.86339.2139-24.0579
340.38260.35030.03021.55960.50311.5969-0.1878-0.3156-0.06510.5705-0.2350.2086-0.2407-0.01670.31220.1757-0.0008-0.0110.33670.01720.3003-6.5261-12.607-3.7079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:12)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 13:26)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 27:42)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 43:53)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 54:71)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 72:79)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 80:86)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 87:99)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 100:116)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 117:128)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 129:136)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 137:147)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 2:12)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 13:26)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 27:42)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 43:53)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 54:73)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 74:80)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 81:87)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 88:98)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 99:116)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 117:128)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 129:138)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 139:146)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 414:428)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 429:454)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 455:469)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 470:475)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 476:493)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain D and resid 415:419)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 420:435)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 436:453)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 454:481)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 482:492)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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