PDB-3sgc: Crystal Structure of Apo Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sgc

タイトル

Crystal Structure of Apo Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE / Aminoglycoside / Phosphorylation / Antibiotic resistance enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Shi, K. / Houston, D.R. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Antibiotic-Bound Complexes of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Highlight the Diversity in Substrate Binding Modes among Aminoglycoside Kinases.
著者: Shi, K. / Houston, D.R. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2011年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sgc.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sgc.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sgc_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sgc_full_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示
XML形式データ	3sgc_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	3sgc_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sg8C 3sg9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dtb-1 4dtb-2 4dt8-2 3n4t-d 4dfb-1 3hav-1 4dt9-2 5c4k-2 5c4k-1 6jmt-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.892, 61.725, 102.918
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 35682.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 15% PEG2000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日 / 詳細: VariMax HF
放射	モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 22637 / Num. obs: 21272 / % possible obs: 93.97 % / 冗長度: 10.9 % / R_sym value: 0.057
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2089 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→23.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 12.605 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26207	1017	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21945	-	-	-
all	0.22165	19891	-	-
obs	0.22165	18692	93.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.527 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→23.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2423	0	0	102	2525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.961	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.831	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.064	25.078	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.377	15	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.539	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	1.5	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.715	2	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.067	3	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.689	4.5	959
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	78	-
R_work	0.249	1388	-
obs	-	-	97.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4327	-2.0605	0.7417	6.0677	-1.1158	5.0851	-0.1824	-0.1752	-0.2931	0.9568	-0.1382	0.8238	0.059	-0.4967	0.3206	0.2925	-0.0787	0.2598	0.1479	-0.04	0.2851	-10.5761	7.7524	-6.1997
2	1.1462	-0.9899	0.0069	3.0069	0.1432	1.1159	-0.049	-0.0394	-0.2005	0.3969	-0.172	0.3559	0.0436	0.0279	0.221	0.11	-0.0491	0.0668	0.112	-0.0045	0.1098	-1.5933	3.335	-15.3641
3	3.1555	2.507	-0.2519	4.7994	0.6513	2.8612	0.0459	-0.0911	-0.0929	0.2807	-0.1555	-0.4131	-0.0883	0.3441	0.1096	0.0393	-0.0231	-0.0508	0.1522	0.0932	0.1061	15.495	4.8513	-25.4225
4	4.9874	-0.318	0.5334	3.1258	-2.2442	3.2762	-0.2749	0.3116	0.1964	-0.6764	0.1207	0.0706	0.3672	-0.2596	0.1541	0.2633	-0.0279	-0.0804	0.1209	-0.0289	0.055	-3.08	0.607	-48.4872
5	1.4164	0.9922	-0.544	4.0083	0.9312	1.5997	0.1406	-0.1211	0.0584	0.2803	-0.1978	-0.1147	-0.003	0.108	0.0572	0.0714	-0.0136	-0.0405	0.1412	0.0718	0.1054	11.2383	5.4899	-24.541
6	1.9037	0.0295	-0.2407	6.0977	0.5453	2.1686	0.1271	0.1245	0.0677	-0.3105	-0.2256	-0.362	-0.1719	0.217	0.0986	0.049	-0.0262	0.0218	0.1788	0.0968	0.1117	16.7252	7.647	-34.6453
7	5.737	-3.0385	-0.536	3.5352	0.7272	2.1119	0.0854	0.1423	0.1003	-0.5458	-0.3553	0.0916	-0.1629	-0.0105	0.27	0.1662	0.034	-0.0412	0.0903	-0.0134	0.0875	1.3168	9.5216	-42.5375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	190 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	226 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 296

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)