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万見
- PDB-3sg6: Crystal Structure of Dimeric GCaMP2-LIA(linker 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sg6
タイトルCrystal Structure of Dimeric GCaMP2-LIA(linker 1)
要素Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / calcium sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / nitric-oxide synthase binding / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / nitric-oxide synthase binding / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic endocytosis / regulation of cardiac muscle cell action potential / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcineurin-mediated signaling / regulation of synaptic vesicle endocytosis / cleavage furrow / protein phosphatase activator activity / postsynaptic cytosol / adenylate cyclase binding / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / phosphatidylinositol 3-kinase binding / presynaptic cytosol / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / stress fiber / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / titin binding / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel regulator activity / sperm midpiece / calcium channel complex / calyx of Held / nitric-oxide synthase regulator activity / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / bioluminescence / protein serine/threonine kinase activator activity / sarcomere / regulation of cytokinesis / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / spindle microtubule / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to type II interferon / response to calcium ion / spindle pole / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / lamellipodium / myelin sheath / growth cone / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / : / Green fluorescent protein, GFP / Recoverin; domain 1 ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / : / Green fluorescent protein, GFP / Recoverin; domain 1 / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand domain pair / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Myosin light chain kinase, smooth muscle / Green fluorescent protein / Myosin light chain kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schreiter, E.R. / Akerboom, J. / Looger, L.L.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2012
タイトル: Optimization of a GCaMP calcium indicator for neural activity imaging.
著者: Akerboom, J. / Chen, T.W. / Wardill, T.J. / Tian, L. / Marvin, J.S. / Mutlu, S. / Calderon, N.C. / Esposti, F. / Borghuis, B.G. / Sun, X.R. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Portugues, R. / ...著者: Akerboom, J. / Chen, T.W. / Wardill, T.J. / Tian, L. / Marvin, J.S. / Mutlu, S. / Calderon, N.C. / Esposti, F. / Borghuis, B.G. / Sun, X.R. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Portugues, R. / Engert, F. / Macklin, J.J. / Filosa, A. / Aggarwal, A. / Kerr, R.A. / Takagi, R. / Kracun, S. / Shigetomi, E. / Khakh, B.S. / Baier, H. / Lagnado, L. / Wang, S.S. / Bargmann, C.I. / Kimmel, B.E. / Jayaraman, V. / Svoboda, K. / Kim, D.S. / Schreiter, E.R. / Looger, L.L.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _struct_ref.db_code ..._entity.pdbx_description / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9205
ポリマ－50,7601
非ポリマー1604
水4,900272
1
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子

A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,84010
ポリマ－101,5192
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area35000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.976, 47.491, 68.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera


分子量: 50759.707 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: LIA(linker 1) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: GFP, Calm1, Calm, Cam, Cam1, CaMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6LDG3, UniProt: P42212, UniProt: P0DP29, UniProt: P11799*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF ...THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF UNP Q6LDG3, AN ENGINEERED LIA LINKER, RESIDUES 149-239 OF UNP P42212, AN ENGINEERED GGTGGSMV LINKER, RESIDUES 2-144 OF UNP P42212, AN ENGINEERED TR LINKER, AND RESIDUES 3-149 OF UNP P62161. UNP P42212 RESIDUES S65, Y66, AND G67 ARE THE CHROMOPHORE CRO.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28 Å / Num. all: 43065 / Num. obs: 40438 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EK7

3ek7


解像度: 1.7→27.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.976 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24942 2147 5 %RANDOM
Rwork0.20339 ---
all0.20573 43065 --
obs0.20573 40438 93.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20.05 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3057 0 4 272 3333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0181.9674242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08135223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3285388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84125.313160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20215567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3651516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 138 -
Rwork0.348 2228 -
obs--72.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8516-1.6848-5.76926.07963.20995.73490.2994-0.43690.3829-0.34890.2126-0.3288-0.3470.5693-0.5120.14120.1054-0.00720.2971-0.12310.0945-16.14318.71610.488
21.0262-1.2263-0.13355.77580.91970.8534-0.0422-0.171-0.09560.111-0.01710.32450.02970.02070.05930.0873-0.0101-0.00350.08850.01710.0766-16.9541.809-14.777
31.2508-0.06220.19211.63950.33781.31440.057-0.0993-0.0674-0.0238-0.01230.0072-0.02790.0516-0.04470.0928-0.01770.01090.08930.0250.065-15.0362.914-17.652
41.0077-0.05260.10670.9045-0.26290.9140.0390.00790.0268-0.0431-0.036-0.0198-0.03720.0856-0.0030.0857-0.0171-0.00080.0827-0.00090.0692-12.3549.969-25.78
53.49210.92080.932.36171.67632.0993-0.03270.16120.3625-0.0846-0.27320.0833-0.0104-0.11260.30590.0689-0.0943-0.01580.24830.07340.101613.56510.098-13.345
62.2386-0.58351.81821.6218-1.78824.9748-0.06340.03720.08870.13590.12830.090.1826-0.4472-0.06480.0713-0.0882-0.00040.28710.02620.01328.5556.553-4.779
73.80210.2721-0.36474.3005-0.09562.49250.149-0.2691-0.36440.5177-0.171-0.38790.1779-0.18550.02190.1337-0.1149-0.07850.13540.06680.073326.47319.801-7.385
81.69541.83490.5242.24150.86142.63840.1423-0.04410.20110.0736-0.00880.20320.0145-0.3597-0.13340.0683-0.0296-0.00210.12410.01390.054626.728.305-13.932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4A120 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5A307 - 345
6X-RAY DIFFRACTION6A346 - 378
7X-RAY DIFFRACTION7A385 - 419
8X-RAY DIFFRACTION8A420 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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