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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sg6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dimeric GCaMP2-LIA(linker 1) | ||||||
要素 | Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / calcium sensor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / postsynaptic cytosol / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of cardiac muscle cell action potential / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / cleavage furrow / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to interferon-beta / calcium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / stress fiber / : / titin binding / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / calcium channel complex / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of heart rate / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to calcium ion / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle pole / calcium-dependent protein binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / lamellipodium / myelin sheath / growth cone / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein kinase activity / protein domain specific binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) Aequorea victoria (オワンクラゲ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Schreiter, E.R. / Akerboom, J. / Looger, L.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2012 タイトル: Optimization of a GCaMP calcium indicator for neural activity imaging. 著者: Akerboom, J. / Chen, T.W. / Wardill, T.J. / Tian, L. / Marvin, J.S. / Mutlu, S. / Calderon, N.C. / Esposti, F. / Borghuis, B.G. / Sun, X.R. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Portugues, R. / ...著者: Akerboom, J. / Chen, T.W. / Wardill, T.J. / Tian, L. / Marvin, J.S. / Mutlu, S. / Calderon, N.C. / Esposti, F. / Borghuis, B.G. / Sun, X.R. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Portugues, R. / Engert, F. / Macklin, J.J. / Filosa, A. / Aggarwal, A. / Kerr, R.A. / Takagi, R. / Kracun, S. / Shigetomi, E. / Khakh, B.S. / Baier, H. / Lagnado, L. / Wang, S.S. / Bargmann, C.I. / Kimmel, B.E. / Jayaraman, V. / Svoboda, K. / Kim, D.S. / Schreiter, E.R. / Looger, L.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sg6.cif.gz | 177.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sg6.ent.gz | 138.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sg6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sg6_validation.pdf.gz | 446.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sg6_full_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3sg6_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sg6_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50759.707 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: LIA(linker 1) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 遺伝子: GFP, Calm1, Calm, Cam, Cam1, CaMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6LDG3, UniProt: P42212, UniProt: P0DP29, UniProt: P11799*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF ...THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→28 Å / Num. all: 43065 / Num. obs: 40438 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 73.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3EK7 解像度: 1.7→27.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.976 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.106 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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