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万見
- PDB-3se3: human IFNa2-IFNAR ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3se3
タイトルhuman IFNa2-IFNAR ternary complex
要素
  • Interferon alpha 2b
  • Interferon alpha/beta receptor 1
  • Interferon alpha/beta receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM RECEPTOR / Type I interferon signaling complex / extracellular space
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor activity / type I interferon binding / interleukin-22 receptor activity / type I interferon receptor binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of interleukin-5 production / response to interferon-beta / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation ...type I interferon receptor activity / type I interferon binding / interleukin-22 receptor activity / type I interferon receptor binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of interleukin-5 production / response to interferon-beta / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / cellular response to interferon-alpha / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of cellular respiration / response to interferon-alpha / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / negative regulation of viral entry into host cell / cytokine receptor binding / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / B cell proliferation / response to exogenous dsRNA / cytokine binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / humoral immune response / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to interferon-beta / B cell differentiation / cytokine activity / response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / Interferon alpha/beta signaling / late endosome / cell-cell signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / collagen-containing extracellular matrix / defense response to virus / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / inflammatory response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 ...Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-2 / Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon alpha/beta receptor 2 / Interferon alpha 2b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.0001 Å
データ登録者Thomas, C. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural linkage between ligand discrimination and receptor activation by type I interferons.
著者: Thomas, C. / Moraga, I. / Levin, D. / Krutzik, P.O. / Podoplelova, Y. / Trejo, A. / Lee, C. / Yarden, G. / Vleck, S.E. / Glenn, J.S. / Nolan, G.P. / Piehler, J. / Schreiber, G. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22013年8月21日Group: Structure summary
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha/beta receptor 1
B: Interferon alpha 2b
C: Interferon alpha/beta receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1384
ポリマ－89,9163
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.370, 93.370, 401.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Interferon alpha/beta receptor 1 / IFN-R-1 / IFN-alpha/beta receptor 1 / Cytokine receptor class-II member 1 / Cytokine receptor ...IFN-R-1 / IFN-alpha/beta receptor 1 / Cytokine receptor class-II member 1 / Cytokine receptor family 2 member 1 / CRF2-1 / Type I interferon receptor 1


分子量: 47629.965 Da / 分子数: 1 / 断片: IFNa2(YNS) (UNP Residues 28-436) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNAR1, IFNAR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17181
#2: タンパク質 Interferon alpha 2b


分子量: 19392.270 Da / 分子数: 1 / Mutation: H58Y, E59N, Q62S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86UP4, UniProt: P01563*PLUS
#3: タンパク質 Interferon alpha/beta receptor 2 / IFN-R-2 / IFN-alpha binding protein / IFN-alpha/beta receptor 2 / Interferon alpha binding protein ...IFN-R-2 / IFN-alpha binding protein / IFN-alpha/beta receptor 2 / Interferon alpha binding protein / Type I interferon receptor 2


分子量: 22894.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 34-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNAR2, IFNABR, IFNARB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P48551
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 100 mM Na malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→46.8 Å / Num. obs: 9537 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 137 Å2 / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 1.03 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SE4, 3S9D

3se4

3s9d


解像度: 4.0001→46.78 Å / σ(F): 2.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 477 5.01 %
Rwork0.251 --
obs-9530 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 162.55 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 160.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.21 Å2-0 Å20 Å2
2---6.21 Å2-0 Å2
3---12.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.0001→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 14 0 4462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8176242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8211523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0001-4.57850.32531530.23442907X-RAY DIFFRACTION100
4.5785-5.76670.31451560.21782969X-RAY DIFFRACTION100
5.7667-46.7860.30491680.2743177X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.480.3832-0.11081.42680.11540.072-0.04870.18150.1508-0.0107-0.17180.5325-0.07060.004-0.02450.55940.1467-0.73651.171-0.25890.38110.3368-18.7501-23.1307
22.6812-0.8219-0.37340.2716-0.0520.96510.5225-0.00940.25970.0150.06950.1029-0.831-0.07540.28461.0709-0.185-0.4720.5259-0.22771.00125.7498-14.023810.6866
30.3163-0.04160.03940.4219-0.04570.0929-0.0668-0.20790.1171-0.25180.00890.23750.1396-0.0798-0.10880.35910.2099-0.52780.4341-0.45240.356135.4643-25.640218.2765
40.53620.281-0.5270.54190.04260.6758-0.58550.1680.0002-0.2465-0.1721-0.0582-0.2895-0.4208-0.02850.8369-0.0238-0.25240.65540.020.64539.2725-33.2853-12.7755
51.3585-0.1131-0.31680.6658-0.48830.47130.08990.0842-0.98340.2039-0.28690.07040.3986-0.3399-0.00251.2907-0.1277-0.0710.8594-0.15370.832134.8903-32.2404-9.4076
60.06620.06870.00010.09060.00230.0030.2166-0.4312-0.8569-0.2653-0.0172-0.43020.71560.7026-0.00251.05550.0473-0.11761.0641-0.14391.031359.7397-49.2569-13.9927
70.2462-0.5841-0.28651.27070.68260.3781-0.02720.02280.24220.0976-0.5594-0.3494-0.0843-0.325-0.00621.35110.00380.13950.9047-0.3010.99351.8943-52.2719-19.405
81.38530.24980.30010.90490.06040.21110.8576-0.3498-0.85050.6086-0.2914-1.137-0.1508-0.28770.00650.7513-0.06620.03290.8706-0.16181.021374.6321-32.666-14.536
91.1566-0.0843-1.00070.0649-0.08261.3977-0.54070.5734-0.2287-0.10880.5427-0.2612-0.3651-0.62930.01721.1326-0.25040.07260.49670.0191.173276.0711-28.8018-6.6267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 6:104)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 105:232)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 233:302)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 8:66)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 67:156)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 11:29)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 30:104)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 105:139)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 140:204)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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