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- PDB-3s9d: binary complex between IFNa2 and IFNAR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s9d
タイトルbinary complex between IFNa2 and IFNAR2
要素
  • Interferon alpha-2
  • Interferon alpha/beta receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/RECEPTOR / human / type I interferons / IFNa2 / IFNAR2 / sub-complex of the interferon signaling complex / SIGNALING PROTEIN-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor activity / type I interferon binding / type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / JAK pathway signal transduction adaptor activity / response to interferon-beta / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation ...type I interferon receptor activity / type I interferon binding / type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / JAK pathway signal transduction adaptor activity / response to interferon-beta / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / response to interferon-alpha / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / cytokine binding / response to exogenous dsRNA / humoral immune response / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to interferon-beta / cytokine activity / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / response to virus / Interferon alpha/beta signaling / cell-cell signaling / : / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / defense response to virus / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / inflammatory response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-2 / Interferon alpha/beta receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9999 Å
データ登録者Thomas, C. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural linkage between ligand discrimination and receptor activation by type I interferons.
著者: Thomas, C. / Moraga, I. / Levin, D. / Krutzik, P.O. / Podoplelova, Y. / Trejo, A. / Lee, C. / Yarden, G. / Vleck, S.E. / Glenn, J.S. / Nolan, G.P. / Piehler, J. / Schreiber, G. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha-2
B: Interferon alpha/beta receptor 2
C: Interferon alpha-2
D: Interferon alpha/beta receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4185
ポリマ－84,3824
非ポリマー351
水6,485360
1
A: Interferon alpha-2
B: Interferon alpha/beta receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1912
ポリマ－42,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
2
C: Interferon alpha-2
D: Interferon alpha/beta receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2273
ポリマ－42,1912
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.650, 62.010, 88.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interferon alpha-2 / IFN-alpha-2 / Interferon alpha-A / LeIF A


分子量: 19393.232 Da / 分子数: 2 / 断片: IFNa2 (UNP Residues 24-188) / 変異: H57A, E58A, Q61A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNA2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01563
#2: タンパク質 Interferon alpha/beta receptor 2 / IFN-R-2 / IFN-alpha binding protein / IFN-alpha/beta receptor 2 / Interferon alpha binding protein ...IFN-R-2 / IFN-alpha binding protein / IFN-alpha/beta receptor 2 / Interferon alpha binding protein / Type I interferon receptor 2


分子量: 22797.992 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 37-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNAR2, IFNABR, IFNARB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P48551
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 200 mM NaSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9999→19.897 Å / Num. obs: 61371 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.9999→2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 53.6 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3S8W, 2HYM, and 1RH2

3s8w

2hym

1rh2


解像度: 1.9999→19.897 Å / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 3069 5 %
Rwork0.204 --
obs-61368 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.98 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å25.37 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9999→19.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4888 0 1 360 5249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.147030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9381896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9999-2.07130.28263030.24735763X-RAY DIFFRACTION99
2.0713-2.15420.28883040.24235763X-RAY DIFFRACTION99
2.1542-2.25210.28983040.23055779X-RAY DIFFRACTION99
2.2521-2.37060.26953070.2275831X-RAY DIFFRACTION99
2.3706-2.51890.27143050.21955788X-RAY DIFFRACTION99
2.5189-2.71290.25673060.2115828X-RAY DIFFRACTION100
2.7129-2.98510.27173090.2125861X-RAY DIFFRACTION100
2.9851-3.41520.21713080.19665852X-RAY DIFFRACTION100
3.4152-4.29560.21683080.1785855X-RAY DIFFRACTION99
4.2956-19.89870.19553150.19655979X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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