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- PDB-3sb5: Zn-mediated Trimer of T4 Lysozyme R125C/E128C by Synthetic Symmet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sb5
タイトルZn-mediated Trimer of T4 Lysozyme R125C/E128C by Synthetic Symmetrization
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / metal-mediated synthetic symmetrization / synthetic symmetrization
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Laganowsky, A. / Soriaga, A.B. / Zhao, M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
著者: Laganowsky, A. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Lysozyme
A: Lysozyme
C: Lysozyme
D: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,91135
ポリマ－74,1294
非ポリマー1,78231
水3,441191
1
B: Lysozyme
ヘテロ分子

B: Lysozyme
ヘテロ分子

B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,90027
ポリマ－55,5973
非ポリマー1,30424
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-723 kcal/mol
Surface area22180 Å2
手法PISA
2
A: Lysozyme
ヘテロ分子

A: Lysozyme
ヘテロ分子

A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,17730
ポリマ－55,5973
非ポリマー1,58027
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-560 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
3
C: Lysozyme
ヘテロ分子

C: Lysozyme
ヘテロ分子

C: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,47818
ポリマ－55,5973
非ポリマー88115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-449 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
4
D: Lysozyme
ヘテロ分子

D: Lysozyme
ヘテロ分子

D: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,17730
ポリマ－55,5973
非ポリマー1,58027
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-473 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.970, 128.970, 295.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-163-

ZN

21B-170-

CL

31A-164-

ZN

41A-169-

CL

51C-164-

ZN

61C-167-

CL

71D-164-

ZN

81D-171-

CL

91D-207-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質
Lysozyme / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 18532.299 Da / 分子数: 4 / 変異: C54T, C97A, R125C, E128C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 222分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→80 Å / Num. obs: 34697 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.45-2.548.20.50834130.688199.9
2.54-2.648.40.39134360.6691100
2.64-2.768.50.30834210.6671100
2.76-2.98.80.22834490.6981100
2.9-3.098.90.15634460.6751100
3.09-3.3390.11334640.7151100
3.33-3.6690.08634580.7951100
3.66-4.198.90.07934840.981100
4.19-5.288.70.06635071.022199.9
5.28-808.70.07936192.596199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å64.49 Å
Translation2.5 Å64.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→33.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9419 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 1738 5.02 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
obs0.1868 34621 --
原子変位パラメータBiso max: 121.26 Å2 / Biso mean: 43.9078 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.633 Å20 Å20 Å2
2--0.633 Å20 Å2
3----1.266 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.288 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5080 0 76 191 5347
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1911SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes125HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes759HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5212HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion697SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6112SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5212HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7032HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.12
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.54 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 136 4.58 %
Rwork0.1978 2833 -
all0.2001 2969 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.2759 Å / Origin y: 44.3713 Å / Origin z: 20.0287 Å
111213212223313233
T-0.0833 Å2-0.0339 Å2-0.0241 Å2--0.0488 Å2-0.0114 Å2--0.1038 Å2
L0.1123 °2-0.0192 °20.0773 °2-0.1725 °20.1138 °2--0.6018 °2
S0.0193 Å °0.0063 Å °0.0136 Å °0.0117 Å °0.0328 Å °-0.0998 Å °-0.0583 Å °0.1133 Å °-0.0522 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B0 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 162
3X-RAY DIFFRACTION1C-1 - 162
4X-RAY DIFFRACTION1D0 - 162
5X-RAY DIFFRACTION1A - C11 - 164
6X-RAY DIFFRACTION1C1 - 165
7X-RAY DIFFRACTION1D3 - 231
8X-RAY DIFFRACTION1A1 - 165
9X-RAY DIFFRACTION1B1 - 165
10X-RAY DIFFRACTION1A1 - 166
11X-RAY DIFFRACTION1D1 - 165
12X-RAY DIFFRACTION1B1 - 166
13X-RAY DIFFRACTION1D1 - 166
14X-RAY DIFFRACTION1A1 - 167
15X-RAY DIFFRACTION1D1 - 167
16X-RAY DIFFRACTION1B1 - 167
17X-RAY DIFFRACTION1A1 - 168
18X-RAY DIFFRACTION1B1 - 168
19X-RAY DIFFRACTION1D1 - 168
20X-RAY DIFFRACTION1D1 - 170
21X-RAY DIFFRACTION1D1 - 171
22X-RAY DIFFRACTION1A1 - 169
23X-RAY DIFFRACTION1B1 - 170
24X-RAY DIFFRACTION1C1 - 167
25X-RAY DIFFRACTION1A1 - 170
26X-RAY DIFFRACTION1A1 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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