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万見
- PDB-3s95: Crystal structure of the human LIMK1 kinase domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s95
タイトルCrystal structure of the human LIMK1 kinase domain in complex with staurosporine
要素LIM domain kinase 1
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Protein Kinase / LIM domain kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion ...positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / positive regulation of axon extension / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / EPHB-mediated forward signaling / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / lamellipodium / nervous system development / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear speck / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STAUROSPORINE / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Beltrami, A. / Chaikuad, A. / Daga, N. / Elkins, J.M. / Mahajan, P. / Savitsky, P. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Fedorov, O. ...Beltrami, A. / Chaikuad, A. / Daga, N. / Elkins, J.M. / Mahajan, P. / Savitsky, P. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. / Yue, W.W. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the human LIMK1 kinase domain in complex with staurosporine
著者: Beltrami, A. / Chaikuad, A. / Daga, N. / Elkins, J.M. / Mahajan, P. / Savitsky, P. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. / Yue, W.W. / Gileadi, O. / von ...著者: Beltrami, A. / Chaikuad, A. / Daga, N. / Elkins, J.M. / Mahajan, P. / Savitsky, P. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. / Yue, W.W. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A.
履歴
登録2011年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM domain kinase 1
B: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,41522
ポリマ－71,9902
非ポリマー2,42520
水10,485582
1
A: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,47114
ポリマ－35,9951
非ポリマー1,47613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9448
ポリマ－35,9951
非ポリマー9497
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.160, 128.000, 131.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 35994.773 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (residue 330-637) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK, LIMK1 / プラスミド: pFB-LIC-Bse / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 7種, 602分子

#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 24% MPD, 0.1M Tris pH 7.2, 10mM Phenol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月25日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→43.78 Å / Num. all: 105650 / Num. obs: 105524 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 15293 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YI6 and 2QO9

1yi6

2qo9


解像度: 1.65→40.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.118 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18084 5270 5 %RANDOM
Rwork0.15544 ---
obs0.15673 100253 98.39 %-
all-105524 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----1.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.186 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4647 0 164 582 5393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9976861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98738669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8875617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03822.814231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74115873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0481545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.00232963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.85431187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8554812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.01382097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.704112028
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 395 -
Rwork0.318 7381 -
obs--98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5992-1.0564-0.08023.59990.11750.35010.1330.1084-0.0381-0.4573-0.16960.06550.151-0.02310.03650.20520.0415-0.01990.10220.00590.029619.17865.696337.6561
20.5686-0.34540.00291.3445-0.24361.7116-0.00110.02890.09690.046-0.004-0.1473-0.14250.02480.00510.07750.0118-0.01250.07920.02480.06520.678828.831948.4551
32.92041.444-0.0780.8983-0.03170.4316-0.22610.3676-0.0518-0.17910.1912-0.0391-0.09740.10750.03490.1663-0.0641-0.00150.1512-0.00910.033947.529524.312372.7382
40.71130.14250.15591.02150.12051.54690.0003-0.01920.0550.0153-0.03510.0859-0.0289-0.17440.03480.0998-0.0015-0.02320.0706-0.00960.055124.37321.724282.5093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 0
2X-RAY DIFFRACTION1A330 - 512
3X-RAY DIFFRACTION2A513 - 637
4X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 0
5X-RAY DIFFRACTION3B330 - 512
6X-RAY DIFFRACTION4B513 - 637

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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