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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qo9 | ||||||
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タイトル | Human EphA3 kinase and juxtamembrane region, phosphorylated, AMP-PNP bound | ||||||
![]() | Ephrin receptor | ||||||
![]() | TRANSFERASE / receptor tyrosine kinase / juxtamembrane segment / structural genomics / AMP-PNP / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of endocytosis / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / regulation of focal adhesion assembly / EPHA-mediated growth cone collapse / transmembrane-ephrin receptor activity ...fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of endocytosis / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / regulation of focal adhesion assembly / EPHA-mediated growth cone collapse / transmembrane-ephrin receptor activity / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / GPI-linked ephrin receptor activity / ephrin receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / regulation of microtubule cytoskeleton organization / axon guidance / positive regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / cell migration / actin cytoskeleton / nuclear membrane / early endosome / cell adhesion / dendrite / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davis, T. / Walker, J.R. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Davis, T. / Walker, J.R. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Autoregulation by the Juxtamembrane Region of the Human Ephrin Receptor Tyrosine Kinase A3 (EphA3). 著者: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Butler-Cole, C. / Allali-Hassani, A. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 781.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 787 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2qo2C ![]() 2qo7C ![]() 2qobC ![]() 2qocC ![]() 2qodC ![]() 2qofC ![]() 2qoiC ![]() 2qokC ![]() 2qolC ![]() 2qonC ![]() 2qooC ![]() 2qoqC ![]() 2gsfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41963.863 Da / 分子数: 1 断片: Juxtamembrane segment and kinase domain: Residues 577-947 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6P4R6, UniProt: P29320*PLUS, receptor protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 mg/mL Protein, 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 42955 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 1.158 / Net I/σ(I): 36.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2GSF 解像度: 1.55→18.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.524 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.846 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→18.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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