PDB-3s4w: Structure of the FANCI-FANCD2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s4w

タイトル

Structure of the FANCI-FANCD2 complex

要素

Fanconi anemia group D2 protein homolog
Fanconi anemia group I protein homolog

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / dna repair

機能・相同性

機能・相同性情報

Fanconi Anemia Pathway / regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / gamete generation / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.408 Å

データ登録者

Pavletich, N.P.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Structure of the FANCI-FANCD2 complex: insights into the Fanconi anemia DNA repair pathway.
著者: Joo, W. / Xu, G. / Persky, N.S. / Smogorzewska, A. / Rudge, D.G. / Buzovetsky, O. / Elledge, S.J. / Pavletich, N.P.

履歴

登録	2011年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s4w.cif.gz	951.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s4w.ent.gz	797.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s4w_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s4w_full_validation.pdf.gz	545.5 KB	表示
XML形式データ	3s4w_validation.xml.gz	84.4 KB	表示
CIF形式データ	3s4w_validation.cif.gz	111.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s4zC 3s51SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	20512 5653 6pwv-d 10540 4d0t-d 3qnf-d 6ztw-d 1xfb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fanconi anemia group I protein homolog

B: Fanconi anemia group D2 protein homolog

297 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.800, 110.400, 350.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fanconi anemia group I protein homolog / Protein FACI 分子量: 147120.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fanci / 参照: UniProt: Q8K368
#2: タンパク質	Fanconi anemia group D2 protein homolog / Protein FACD2 分子量: 150127.234 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 33-1415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fancd2 / 参照: UniProt: Q80V62

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 10 mM Hepes-Na, 40 mM potassium citrate, 10 mM DTT, 7 to 8 % (w/v) PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→20 Å / Num. all: 45162 / Num. obs: 42995 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3S51

3s51

解像度: 3.408→19.858 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	1637	4.03 %
R_work	0.2396	-	-
obs	0.241	40654	89.97 %
all	-	42995	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.21 Å² / k_sol: 0.275 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.1916 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.4363 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.7554 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.408→19.858 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18671	0	0	0	18671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	25659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.67	7068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	3046
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4085-3.5082	0.401	76	0.3963	2092	X-RAY DIFFRACTION	58
3.5082-3.6208	0.381	116	0.338	2536	X-RAY DIFFRACTION	72
3.6208-3.7494	0.3605	132	0.3102	2908	X-RAY DIFFRACTION	82
3.7494-3.8984	0.3014	145	0.282	3145	X-RAY DIFFRACTION	89
3.8984-4.0744	0.3127	121	0.2633	3344	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0744-4.2872	0.2673	138	0.2405	3419	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2872-4.5528	0.2402	126	0.2159	3489	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5528-4.8994	0.2573	158	0.2132	3532	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8994-5.3835	0.291	139	0.2396	3549	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3835-6.1423	0.3135	149	0.2894	3590	X-RAY DIFFRACTION	98
6.1423-7.6639	0.2672	169	0.2674	3649	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6639-19.8586	0.2138	168	0.1699	3764	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3596	-1.4362	0.8794	1.9286	0.2233	2.1422	0.3789	0.3779	-0.3783	-0.5862	-0.2625	0.8401	0.5393	-0.5732	-0.0004	1.4738	-0.2199	-0.5799	1.2901	0.1023	1.1541	-28.4833	35.578	9.36
2	3.5057	2.2252	1.1336	2.8681	-0.6073	2.3947	-0.2168	0.1609	-0.1551	-0.2755	0.5281	0.5021	0.3181	0.154	0.0048	1.0288	0.0528	-0.1907	0.6749	0.0261	0.4087	-2.7783	31.8967	35.7035
3	3.7024	1.3206	1.0128	2.299	-0.347	2.3879	-0.0394	-0.0005	-0.176	-0.3123	-0.1621	-0.1421	0.0526	0.1147	0.001	0.706	-0.0176	-0.1347	0.5006	0.108	0.4191	11.5937	36.4364	48.5922
4	1.0946	0.573	0.5806	0.3523	0.1905	0.5491	-0.0375	0.4534	-0.4662	-0.3489	0.212	-0.0053	0.3112	-0.5474	-0	0.8389	-0.2023	-0.0619	0.9036	0.2193	0.6082	35.6435	51.5326	51.2479
5	3.4038	0.4608	-0.3952	3.5677	-2.8719	5.3468	0.0037	0.2614	0.2137	-0.479	-0.0196	-0.3542	0.4892	0.1921	-0.0109	0.3884	-0.0167	0.0069	0.1441	0.0258	0.5157	50.7084	49.6721	64.9391
6	2.3613	1.1936	-0.0187	3.6453	-0.8146	3.4653	-0.0802	-0.3486	0.0088	0.4702	0.0891	-0.0157	-0.2821	-0.3587	0.0047	0.3614	-0.0853	-0.0354	0.2441	-0.016	0.3655	44.5178	42.5028	87.5199
7	6.6693	1.5179	0.8137	1.6318	0.4714	0.5919	0.1878	-0.3035	-0.4482	-0.0607	-0.1038	0.1328	0.1081	0.0503	0.012	0.3778	0.0239	-0.0432	0.1408	0.0971	0.5127	13.3754	17.008	76.1844
8	3.4779	1.7331	-0.7994	1.3361	-0.294	0.2097	-0.0641	0.2066	0.0441	-0.2442	-0.3492	0.4738	-0.2289	-0.191	-0.0324	0.6955	0.1323	-0.1532	0.7262	-0.1794	1.2465	-28.4629	14.1048	72.0244
9	6.182	-1.3537	1.8611	1.8113	-0.1639	2.207	-0.185	0.1021	0.6194	-0.2299	0.1186	-0.2738	-0.1734	-0.0624	0.0002	0.7721	-0.0479	0.114	0.6727	0.1484	0.7636	54.3079	67.3035	51.6432
10	3.322	0.8445	2.2217	1.3329	0.3126	2.3018	-0.0324	0.181	-0.1078	0.0554	0.28	0.0227	-0.0361	0.4305	0.0555	0.4253	0.1944	-0.3399	0.6634	0.2315	0.1444	1.2454	61.3348	29.5725
11	0.8277	-0.4037	0.5957	1.1996	0.3843	1.327	0.5674	0.5897	-0.5592	-0.5608	-0.0481	0.1133	0.7361	0.5116	0.0465	0.8871	0.0919	-0.2855	0.8808	0.1397	0.4331	-22.4991	60.8542	3.3679
12	0.6626	0.2189	1.1799	2.9836	0.2058	2.1192	0.01	0.454	0.3857	0.1358	0.0774	0.2932	-0.1798	-0.3664	-0.0138	0.6141	-0.0147	-0.1368	1.188	0.555	0.7429	-38.448	78.3848	4.9898
13	1.1934	-1.322	0.6319	2.4933	1.0225	3.1798	-0.4155	0.1214	0.2424	0.3987	-0.0739	-0.399	-0.0128	-0.1005	-0.1342	0.5083	0.0569	-0.2045	0.8874	0.4698	0.6303	-30.1568	83.1747	14.9608
14	2.2201	1.6752	0.5546	2.2688	0.1309	2.6108	-0.3708	0.2216	0.3966	0.0265	0.0876	-0.2021	-0.0947	0.5183	-0.0119	0.6297	-0.0867	-0.355	0.8301	0.3423	0.7475	-13.9132	90.1663	20.5834
15	1.5397	-0.5193	1.6387	2.4912	0.7274	2.4501	-0.5841	-0.2155	0.9203	0.4068	0.1159	-0.3225	-0.6619	0.0595	-0.0036	1.0652	-0.1127	-0.5247	0.691	0.0927	1.1453	-11.0897	100.8771	37.769
16	0.2762	-0.4898	0.3169	1.6155	0.8302	2.942	-0.1372	-0.5856	-0.544	0.2713	0.0961	-0.469	-0.0323	-0.0407	0.0001	1.3526	-0.1409	-0.2941	1.0995	-0.0873	1.3911	-4.667	94.98	66.6158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:225)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 226:319)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 320:469)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 470:544)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 545:696)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 697:817)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 818:1186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 1187:1300)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 43:337)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 338:565)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 566:662)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 663:797)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 798:959)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 960:1090)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 1091:1228)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 1229:1391)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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