+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s4z | ||||||
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Title | Structure of a Y DNA-FANCI complex | ||||||
Components | dna repair 1 | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA repair | ||||||
Function / homology | Function and homology information Fanconi Anemia Pathway / DNA repair complex / DNA polymerase binding / positive regulation of protein ubiquitination / cell cycle / DNA repair / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 7.8 Å | ||||||
Authors | Pavletich, N.P. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2011 Title: Structure of the FANCI-FANCD2 complex: insights into the Fanconi anemia DNA repair pathway. Authors: Joo, W. / Xu, G. / Persky, N.S. / Smogorzewska, A. / Rudge, D.G. / Buzovetsky, O. / Elledge, S.J. / Pavletich, N.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s4z.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s4z.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s4z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s4z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 147120.562 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): SF9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q8K368 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density % sol: 78.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 50 mM Hepes-Na, 10 mM DTT, 2.5 mM EDTA, 9 to 11 % (w/v) PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9795 Å |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 12, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 7.8→50 Å / Num. all: 15802 / Num. obs: 14728 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 7.8→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.784 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.804 / SU ML: 3.394 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 3.929 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: In addition to the 3 polypeptide chains, the asymmetric unit also contains 3 copies of DNA (23,760 Da per DNA = 71,280 Da total). When the DNA is included (509750 Da per au), authors ...Details: In addition to the 3 polypeptide chains, the asymmetric unit also contains 3 copies of DNA (23,760 Da per DNA = 71,280 Da total). When the DNA is included (509750 Da per au), authors calculated solvent content to be 78.4 %. The DNA was not built due to the low resolution. The ncs-averaged/solvent flattened electron density is the data discussed in the paper
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Solvent computation | Ion probe radii: 1.4 Å / Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 246.447 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 7.8→33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 7.8→7.991 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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