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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s43 | ||||||
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タイトル | HIV-1 protease triple mutants V32I, I47V, V82I with antiviral drug amprenavir | ||||||
要素 | (Protease) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPRENAVIR / HIV/AIDS / drug resistance / aspartic protease / molecular recognition / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-directed DNA polymerase activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y.-F. / Tie, Y.-F. / Weber, I.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012 タイトル: Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors. 著者: Tie, Y. / Wang, Y.F. / Boross, P.I. / Chiu, T.Y. / Ghosh, A.K. / Tozser, J. / Louis, J.M. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s43.cif.gz | 104.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s43.ent.gz | 79.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s43.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s43 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 10755.688 Da / 分子数: 1 / 変異: Q7K, V32I, L33I, I47V, L63I, C67A, V82I, C95A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: Q7SSE3, HIV-1 retropepsin |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10754.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: Q7SSE3, UniProt: Q7SSI0*PLUS |
-非ポリマー , 4種, 146分子
#3: 化合物 | ChemComp-478 / { | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: FROM A 3.5MG/ML PROTEIN SOLUTION AT PH 5.4 WITH 0.175M KI, 0.1M CITRATE PHOSPHATE, 4% DMSO. 1.0ul WELL SOLUTION WITH 1.5ul PROTEIN SOLUTION. THE INHIBITOR WAS MIXED WITH PROTEASE IN A RATIO 5: ...詳細: FROM A 3.5MG/ML PROTEIN SOLUTION AT PH 5.4 WITH 0.175M KI, 0.1M CITRATE PHOSPHATE, 4% DMSO. 1.0ul WELL SOLUTION WITH 1.5ul PROTEIN SOLUTION. THE INHIBITOR WAS MIXED WITH PROTEASE IN A RATIO 5:1, EVAPORATION, TEMPERATURE 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8 / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→50 Å / Num. all: 58771 / Num. obs: 58771 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.31 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3786 / % possible all: 59.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DJK 解像度: 1.26→10 Å / Num. parameters: 16418 / Num. restraintsaints: 21829 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: conjugage gradient minimization
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Refine analyze | Num. disordered residues: 21 / Occupancy sum hydrogen: 1635 / Occupancy sum non hydrogen: 1662.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→10 Å
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拘束条件 |
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