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- PDB-3rx6: Crystal structure of Polarity Suppression protein from Enterobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rx6
タイトルCrystal structure of Polarity Suppression protein from Enterobacteria phage P4
要素Polarity suppression protein
キーワードTranscription Regulator / All alpha protein / transcription termination inhibitor / Rho binding / capsid decoration protein of bacteriophage P4 / Transcription termination inhibition / Transcription terminator Rho helicase / Enterobacteria phage P4 capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host transcription
類似検索 - 分子機能
Phage polarity suppression protein monomer / Bacteriophage P4, Psu, polarity suppression protein / Phage polarity suppression protein (Psu) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IODIDE ION / Polarity suppression protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P4 (ファージ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.039 Å
データ登録者Banerjee, R. / Nath, S. / Khamrui, S. / Sen, R. / Sen, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The first structure of polarity suppression protein, Psu from enterobacteria phage P4, reveals a novel fold and a knotted dimer
著者: Banerjee, R. / Nath, S. / Ranjan, A. / Khamrui, S. / Pani, B. / Sen, R. / Sen, U.
履歴
登録2011年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polarity suppression protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8434
ポリマ－21,3931
非ポリマー4503
水3,891216
1
A: Polarity suppression protein
ヘテロ分子

A: Polarity suppression protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6858
ポリマ－42,7862
非ポリマー8996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area4540 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.750, 148.750, 63.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-298-

HOH

21A-307-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Polarity suppression protein / Amber mutation-suppressing protein


分子量: 21393.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P4 (ファージ)
遺伝子: psu / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P05460
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 7.5% PEG 6000, 5% glycerol, 0.5mM DTT, 300mM NaCl, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月15日 / 詳細: Osmic maxflux
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.039→47.039 Å / Num. obs: 22442 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.039→2.11 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique all: 22442 / Rsym value: 0.052 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.039→47.039 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8605 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 1970 8.78 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1945 22442 97.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.593 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 136.95 Å2 / Biso mean: 36.5319 Å2 / Biso min: 12.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4504 Å20 Å20 Å2
2--0.4504 Å2-0 Å2
3----0.9009 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.039→47.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1478 0 10 216 1704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9282031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.606568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0388-2.11170.32281810.24911905208692
2.1117-2.19630.26281950.20481972216796
2.1963-2.29620.22891890.19591997218697
2.2962-2.41730.23621910.18972033222498
2.4173-2.56870.22921990.2032042224198
2.5687-2.7670.27511980.20262040223899
2.767-3.04540.20932000.18172073227399
3.0454-3.4860.2052000.18182079227999
3.486-4.39150.1882050.168521382343100
4.3915-47.05140.20762120.2072193240598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30260.1812-0.13960.1712-0.08970.08770.01930.29450.1791-0.0961-0.3724-0.31570.06030.10750.08920.10510.10460.00080.2650.08750.188329.512559.978817.8958
20.6669-0.2571-0.90830.95390.4511.27120.13970.0814-0.07450.2465-0.09690.05850.0538-0.1842-0.04460.21010.09690.01420.20670.01960.161519.457861.117121.4606
30.28420.1908-0.15060.6369-0.0880.61490.07570.18060.0119-0.13970.02950.03670.1864-0.2325-0.04240.20450.0552-0.00190.19780.01690.15524.851462.748225.1742
41.2472-0.403-0.77450.36450.28372.88950.1302-0.17320.2841-0.21160.2116-0.04060.60760.0975-0.28080.24810.00130.03310.17960.02640.1341-11.184565.80228.3804
50.5366-0.3660.6532.21981.3832.48170.6252-0.21330.83780.1459-0.364-0.1860.2587-0.4127-0.28940.0774-0.02460.06640.58650.02760.297-19.412864.353223.3702
62.6563-0.2137-0.80522.84570.44761.69870.10220.7298-0.2257-0.2344-0.0627-0.07030.571-0.1930.00840.2485-0.0601-0.01550.24310.06030.1968-8.203758.582320.8163
70.58390.16360.30530.7736-0.06640.65860.19780.0464-0.0921-0.0842-0.05260.10280.32950.0946-0.09430.20330.0984-0.0240.1652-00.142914.026753.817223.0192
81.34330.4997-0.41781.4408-0.78191.59380.17760.2341-0.143-0.2344-0.5557-0.4146-0.24240.42760.18440.28350.1903-0.01670.31950.04550.285737.558751.318523.2898
92.9358-0.4463-0.79433.441-1.13920.68190.37670.57770.1641-0.1561-0.7792-0.3798-0.25590.35390.26860.280.10390.04110.35930.18730.401148.697149.906426.0433
100.7501-0.78830.21340.7967-0.2730.07570.25150.69230.0891-0.5818-0.476-0.27680.28640.42170.1130.32770.19910.02130.39730.05440.277951.258236.460427.8674
110.4373-0.49091.04525.21610.32952.984-0.0507-0.07670.0271-0.2563-0.44620.0062-0.1089-0.31580.41860.86780.21340.07920.5106-0.03020.436346.812127.208619.3788
122.3531-0.4382.1244.0028-1.17752.0715-0.1564-0.5113-0.0632-0.19910.1927-0.61740.2141-0.46940.05320.40040.1895-0.0010.3699-0.14220.465141.642930.174825.416
131.2172-2.085-1.80844.00093.11152.8349-0.1975-0.0018-0.44650.5525-0.32070.41790.34140.01520.25090.28430.1124-0.00490.2301-0.02980.256241.382835.480234.9465
141.6712-0.6454-1.27480.53360.00271.8901-0.4826-0.08760.2870.40080.0472-0.2808-0.0367-0.09040.27880.40250.1722-0.10860.248-0.05280.148341.114347.274642.7505
150.29870.00650.14740.6505-0.05320.0731-0.3410.11950.6566-0.065-0.0304-0.6832-0.28760.12750.3480.38790.0711-0.16520.30080.01740.563937.103759.108832.6955
162.0385-0.01360.24131.36320.27110.5057-0.1073-0.63310.57740.5180.19590.24040.198-0.1612-0.04850.16710.1406-0.06210.19070.00750.099321.244656.864631.0366
172.0987-0.82510.16841.4609-0.63360.83780.2045-0.2904-0.90780.383100.46760.16660.1371-0.22080.51850.06110.00550.25180.04090.42315.485444.77221.7534
180.45470.4441-0.32180.4677-0.53332.32540.21050.09720.2097-0.31710.52560.22560.45150.1844-0.44310.41480.0174-0.120.2318-0.10410.32511.402649.237612.5999
193.14532.4445-1.2162.7099-0.78861.6561-0.00850.46610.12590.08820.46430.27430.0607-0.3751-0.39930.21310.0773-0.00780.31280.0340.21980.144157.658712.0122
205.43191.3814.41587.5524.06065.034-0.9171-0.81991.4750.3936-0.4313-0.397-0.5675-0.13261.00880.42780.015-0.3640.30850.11090.6245-3.391867.452711.0109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:11)A4 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 12:18)A12 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 19:32)A19 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 33:40)A33 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 41:46)A41 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 47:56)A47 - 56
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 57:77)A57 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 78:87)A78 - 87
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 88:92)A88 - 92
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 93:107)A93 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 108:114)A108 - 114
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 115:120)A115 - 120
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 121:128)A121 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 129:138)A129 - 138
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 139:147)A139 - 147
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 148:165)A148 - 165
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 166:174)A166 - 174
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 175:179)A175 - 179
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 180:185)A180 - 185
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 186:190)A186 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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