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Yorodumi- PDB-3rx6: Crystal structure of Polarity Suppression protein from Enterobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rx6 | ||||||
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Title | Crystal structure of Polarity Suppression protein from Enterobacteria phage P4 | ||||||
Components | Polarity suppression protein | ||||||
Keywords | Transcription Regulator / All alpha protein / transcription termination inhibitor / Rho binding / capsid decoration protein of bacteriophage P4 / Transcription termination inhibition / Transcription terminator Rho helicase / Enterobacteria phage P4 capsid | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage P4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.039 Å | ||||||
Authors | Banerjee, R. / Nath, S. / Khamrui, S. / Sen, R. / Sen, U. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: The first structure of polarity suppression protein, Psu from enterobacteria phage P4, reveals a novel fold and a knotted dimer Authors: Banerjee, R. / Nath, S. / Ranjan, A. / Khamrui, S. / Pani, B. / Sen, R. / Sen, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rx6.cif.gz | 94.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rx6.ent.gz | 73.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rx6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3rx6_validation.pdf.gz | 428.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3rx6_full_validation.pdf.gz | 429.8 KB | Display | |
Data in XML | 3rx6_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3rx6_validation.cif.gz | 16.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/3rx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/3rx6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21393.064 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage P4 (virus) / Gene: psu / Plasmid: pET28a+ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 / References: UniProt: P05460 |
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#2: Chemical | ChemComp-HG / |
#3: Chemical | ChemComp-IOD / |
#4: Chemical | ChemComp-TRS / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 69.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 7.5% PEG 6000, 5% glycerol, 0.5mM DTT, 300mM NaCl, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ENRAF-NONIUS FR591 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 15, 2009 / Details: Osmic maxflux |
Radiation | Monochromator: Ni FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.039→47.039 Å / Num. obs: 22442 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.039→2.11 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique all: 22442 / Rsym value: 0.052 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.039→47.039 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8605 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 20.69 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.593 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.95 Å2 / Biso mean: 36.5319 Å2 / Biso min: 12.86 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.28 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.039→47.039 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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