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万見
- PDB-3rut: FXR with SRC1 and GSK359 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rut
タイトルFXR with SRC1 and GSK359
要素
  • Bile acid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / nuclear receptor / alpha-helical sandwich / transcription factor / RXR / transcription co-factors / bile acid / farnesoid
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid ...regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to organonitrogen compound / toll-like receptor 9 signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid metabolic process / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / bile acid binding / cell-cell junction assembly / positive regulation of female receptivity / bile acid signaling pathway / cellular response to fatty acid / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of cholesterol metabolic process / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of interleukin-17 production / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / response to retinoic acid / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / Notch signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / cholesterol homeostasis / hippocampus development / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-59G / Nuclear receptor coactivator 1 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Williams, S.P. / Madauss, K.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Conformationally constrained farnesoid X receptor (FXR) agonists: Alternative replacements of the stilbene.
著者: Akwabi-Ameyaw, A. / Caravella, J.A. / Chen, L. / Creech, K.L. / Deaton, D.N. / Madauss, K.P. / Marr, H.B. / Miller, A.B. / Navas, F. / Parks, D.J. / Spearing, P.K. / Todd, D. / Williams, S.P. / Wisely, G.B.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9505
ポリマ－28,2192
非ポリマー7313
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.274, 158.274, 158.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-11-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / FXR / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group ...FXR / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 26802.789 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 258-486) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAR, FXR, HRR1, NR1H4, RIP14 / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / SRC1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / ...SRC1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1


分子量: 1416.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 745-755 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-59G / 6-(4-{[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(propan-2-yl)-1,2-oxazol-4-yl]methoxy}phenyl)-1-benzothiophene-3-carboxylic acid


分子量: 538.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H21Cl2NO4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月15日
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 7081 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.94-3.055.10.7996850.586198.4
3.05-3.179.50.5666980.652199.9
3.17-3.3113.30.4656940.7241100
3.31-3.4914.70.3337110.8541100
3.49-3.7150.2347030.871100
3.7-3.99150.1467010.9091100
3.99-4.39150.0967130.8041100
4.39-5.03150.0747070.7961100
5.03-6.3314.90.0897180.7961100
6.33-5014.10.047510.961199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.67 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å47.72 Å
Translation3 Å47.72 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.2263 / WRfactor Rwork: 0.2046 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.7888 / SU B: 19.887 / SU ML: 0.376 / SU Rfree: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2658 497 7.4 %RANDOM
Rwork0.2317 ---
obs0.2344 6705 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.51 Å2 / Biso mean: 48.4039 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1871 0 46 13 1930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.9912676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80733047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7265238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10124.83189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58615314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.336158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3561.51203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0311.5474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66421925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5993760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0774.5751
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 38 -
Rwork0.299 470 -
all-508 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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