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- PDB-3rpg: Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpg
タイトルBmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase RING2
  • Polycomb complex protein BMI-1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
キーワードLIGASE / Ubiquitin Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / regulation of kidney development / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / regulation of adaxial/abaxial pattern formation ...histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / regulation of kidney development / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / sex chromatin / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / PcG protein complex / protein K6-linked ubiquitination / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / protein K11-linked ubiquitination / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior axis specification / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression, epigenetic / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / germ cell development / ubiquitin conjugating enzyme activity / humoral immune response / hemopoiesis / MLL1 complex / negative regulation of apoptotic signaling pathway / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of BMP signaling pathway / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / protein autoubiquitination / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of B cell proliferation / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / SUMOylation of transcription cofactors / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SUMOylation of chromatin organization proteins / Peroxisomal protein import / epigenetic regulation of gene expression / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of TNFR1 signaling / Regulation of PTEN gene transcription / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / apoptotic signaling pathway / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / protein modification process / RING-type E3 ubiquitin transferase / brain development / positive regulation of fibroblast proliferation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / mitotic cell cycle / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / gene expression / endosome membrane / protein ubiquitination / nuclear body / chromatin remodeling / DNA repair / apoptotic process / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) ...E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb complex protein BMI-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / E3 ubiquitin-protein ligase RING2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6485 Å
データ登録者Bentley, M.L. / Dong, K.C. / Cochran, A.G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Recognition of UbcH5c and the nucleosome by the Bmi1/Ring1b ubiquitin ligase complex.
著者: Bentley, M.L. / Corn, J.E. / Dong, K.C. / Phung, Q. / Cheung, T.K. / Cochran, A.G.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
B: Polycomb complex protein BMI-1
C: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2637
ポリマ－44,0013
非ポリマー2624
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8321
ポリマ－16,8321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Polycomb complex protein BMI-1
C: E3 ubiquitin-protein ligase RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4306
ポリマ－27,1692
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.890, 107.890, 77.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Ubiquitin carrier protein D3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3 / Ubiquitin-conjugating ...Ubiquitin carrier protein D3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3 / Ubiquitin-protein ligase D3


分子量: 16832.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D3, UBC5C, UBCH5C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61077, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質 Polycomb complex protein BMI-1 / Polycomb group RING finger protein 4 / RING finger protein 51


分子量: 13653.970 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 1-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMI1, PCGF4, RNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35226
#3: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3 / HIP2-interacting protein 3 / Protein DinG ...Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3 / HIP2-interacting protein 3 / Protein DinG / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein 2 / RING finger protein BAP-1


分子量: 13514.729 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 1-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF2, BAP1, DING, HIPI3, RING1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99496, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月23日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6485→50 Å / Num. all: 15512 / Num. obs: 15512 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル解像度: 2.6485→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.459 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H0D AND 2FUH

2h0d

2fuh


解像度: 2.6485→35.822 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 771 5 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2186 15430 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.995 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2896 Å2-0 Å20 Å2
2--0.2896 Å2-0 Å2
3----0.5792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6485→35.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 4 115 2912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1381093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6485-2.81440.33661330.30922401X-RAY DIFFRACTION100
2.8144-3.03160.34091260.28432411X-RAY DIFFRACTION100
3.0316-3.33650.26841200.25012404X-RAY DIFFRACTION99
3.3365-3.81880.25371380.21682443X-RAY DIFFRACTION100
3.8188-4.80950.1881260.17652437X-RAY DIFFRACTION99
4.8095-35.82550.21221280.18892563X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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