+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4s3o | ||||||
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Title | PCGF5-RING1B-UbcH5c complex | ||||||
Components |
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Keywords | Ligase/Transcription / E2 / E3 / RING domain / Ubiquitin RING E3 Ligase / Ligase-Transcription complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PRC1 complex / PcG protein complex / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination ...: / : / histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PRC1 complex / PcG protein complex / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / SUMOylation of DNA methylation proteins / protein K11-linked ubiquitination / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior axis specification / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / X chromosome / Transcriptional Regulation by E2F6 / germ cell development / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / MLL1 complex / negative regulation of BMP signaling pathway / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin ligase complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of TNFR1 signaling / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / mitotic cell cycle / gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / nuclear body / endosome membrane / protein ubiquitination / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / centrosome / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Taherbhoy, A.M. / Cochran, A.G. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015 Title: BMI1-RING1B is an autoinhibited RING E3 ubiquitin ligase. Authors: Taherbhoy, A.M. / Huang, O.W. / Cochran, A.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4s3o.cif.gz | 296.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4s3o.ent.gz | 241.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4s3o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4s3o_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Data in XML | 4s3o_validation.xml.gz | 25.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4s3o_validation.cif.gz | 36.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3rpgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Two biological heterotrimers appear in the asymmetric unit (A,B,C and D,E,F) |
-Components
#1: Protein | Mass: 16719.066 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBE2D3, UBC5C, UBCH5C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61077, ubiquitin-protein ligase #2: Protein | Mass: 13247.405 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RING domain, UNP residues 1-116 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RNF2, BAP1, DING, HIPI3, RING1B / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q99496, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #3: Protein | Mass: 13950.874 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RING domain, UNP residues 1-109 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PCGF5, RNF159 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q86SE9 #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 13.5% PEG 550 MME, 10 mM TCEP, 0.1 M MES pH 6.5, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1.00003 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 13, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 52285 / Num. obs: 52191 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.06 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 22.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RPG, chains A and C Resolution: 2→48.919 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.919 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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