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- PDB-5twa: Crystal structure of Geodia cydonium BHP2 in complex with Lubomir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5twa
タイトルCrystal structure of Geodia cydonium BHP2 in complex with Lubomirskia baicalensis Bak-2
要素
  • BAK-2 protein
  • Bcl-x homologous protein, BHP2
キーワードAPOPTOSIS / BHP2 / LB-Bak-2 / sponge / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / apoptotic process / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BAK-2 protein / Bcl-x homologous protein, BHP2
類似検索 - 構成要素
生物種Geodia cydonium (無脊椎動物)
Lubomirskia baicalensis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Caria, S. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2017
タイトル: Structural insight into an evolutionarily ancient programmed cell death regulator - the crystal structure of marine sponge BHP2 bound to LB-Bak-2.
著者: Caria, S. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2016年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-x homologous protein, BHP2
D: BAK-2 protein
B: Bcl-x homologous protein, BHP2
C: BAK-2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,03626
ポリマ－47,2304
非ポリマー1,80622
水3,081171
1
A: Bcl-x homologous protein, BHP2
D: BAK-2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,51813
ポリマ－23,6152
非ポリマー90311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
2
B: Bcl-x homologous protein, BHP2
C: BAK-2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,51813
ポリマ－23,6152
非ポリマー90311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.311, 51.594, 107.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-x homologous protein, BHP2


分子量: 20864.043 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geodia cydonium (無脊椎動物) / 遺伝子: bhp2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q967D2
#2: タンパク質・ペプチド BAK-2 protein


分子量: 2750.951 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 64-88 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lubomirskia baicalensis (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q1RPT5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.46 % / 解説: Rod crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28.7% (w/v) PEG 1500, 0.1 M bis-Tris chloride. Protein concentration 5mg/mL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.08 Å / Num. obs: 31937 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K5B

4k5b


解像度: 1.85→33.947 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 1587 4.97 %
Rwork0.2059 --
obs0.2074 31910 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 118 172 3246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6254147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.3231799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90970.37681500.31762714X-RAY DIFFRACTION100
1.9097-1.9780.31641320.28672748X-RAY DIFFRACTION100
1.978-2.05720.30261540.25282782X-RAY DIFFRACTION100
2.0572-2.15080.28371490.22582717X-RAY DIFFRACTION100
2.1508-2.26410.26011300.21732773X-RAY DIFFRACTION100
2.2641-2.4060.21781450.21142744X-RAY DIFFRACTION100
2.406-2.59170.22261320.20172782X-RAY DIFFRACTION100
2.5917-2.85230.21181300.19662789X-RAY DIFFRACTION100
2.8523-3.26480.24411400.19512764X-RAY DIFFRACTION99
3.2648-4.11220.20231510.17392747X-RAY DIFFRACTION99
4.1122-33.95220.21061740.18222763X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7199 Å / Origin y: -25.3708 Å / Origin z: 0.3265 Å
111213212223313233
T0.0569 Å2-0.008 Å20.0092 Å2-0.0617 Å2-0.0038 Å2--0.0739 Å2
L-0.132 °2-0.0401 °20.0176 °2-0.1797 °20.3013 °2--0.5009 °2
S-0.0072 Å °-0.0192 Å °0.0051 Å °-0.0092 Å °0.0388 Å °-0.1117 Å °-0.0176 Å °0.0369 Å °0.0023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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