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- PDB-3rp2: THE STRUCTURE OF RAT MAST CELL PROTEASE II AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rp2
タイトルTHE STRUCTURE OF RAT MAST CELL PROTEASE II AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION
要素RAT MAST CELL PROTEASE II
キーワードSERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / protein maturation / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mast cell protease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Reynolds, R. / Remington, S. / Weaver, L. / Fischer, R. / Anderson, W. / Ammon, H. / Matthews, B.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: The structure of rat mast cell protease II at 1.9-A resolution.
著者: Remington, S.J. / Woodbury, R.G. / Reynolds, R.A. / Matthews, B.W. / Neurath, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1985
タイトル: Structure of a Serine Protease from Rat Mast Cells Determined from Twinned Crystals by Isomorphous and Molecular Replacement
著者: Reynolds, R.A. / Remington, S.J. / Weaver, L.H. / Fisher, R.G. / Anderson, W.F. / Ammon, H.L. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978
タイトル: Covalent Structure of a Group-Specific Protease from Rat Small Intestine
著者: Woodbury, R.G. / Katunuma, N. / Kobayashi, K. / Titani, K. / Neurath, H.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978
タイトル: Covalent Structure of a Group-Specific Protease from Rat Small Intestine. Appendix. Crystallographic Data for a Group Specific Protease from Rat Intestine
著者: Anderson, W.F. / Matthews, B.W. / Woodbury, R.G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1978
タイトル: Immunofluorescent Localization of a Serine Protease in Rat Small Intestine
著者: Woodbury, R.G. / Gruzenski, G.M. / Lagunoff, D.
履歴
登録1984年9月10日処理サイト: BNL
改定 1.01984年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAT MAST CELL PROTEASE II
B: RAT MAST CELL PROTEASE II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6062
ポリマ－49,6062
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.200, 78.200, 96.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 225 AND PRO B 225 ARE CIS-PROLINES.
2: AN OCCUPANCY OF 0.0 INDICATES THAT THE COORDINATES WERE GENERATED USING STEREOCHEMICAL CRITERIA.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9955, 0.0465, -0.08263), (0.0465, -0.99892, -0.00193), (-0.08263, -0.00193, -0.99658)
ベクター: 2.791, -2.688, 65.984)
詳細THE TRANSFORMATION GIVEN ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE B CHAIN WHEN APPLIED TO THE A CHAIN.

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要素

#1: タンパク質 RAT MAST CELL PROTEASE II


分子量: 24802.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
参照: UniProt: P00770
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RMCPII HAS ALSO BEEN REFERRED TO AS GSP (GROUP SPECIFIC PROTEASE) IN OLDER LITERATURE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 23 %sat / 一般名: ammonium sulfate

-
データ収集

反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→5 Å
詳細: RESIDUE 237 OF EACH CHAIN IS TRP. IN THE PAPER CITED AS REFERENCE 2 ABOVE RESIDUE 237 WAS IDENTIFIED AS THR BUT THIS WAS A TYPOGRAPHICAL ERROR IN THE PAPER.
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
obs-28782
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 0 0 123 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 28782 / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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