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- PDB-4x6p: FACTOR XIA (PICHIA PASTORIS; C500S [C122S]) IN COMPLEX WITH THE I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6p
タイトルFACTOR XIA (PICHIA PASTORIS; C500S [C122S]) IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR (2E)-N-{(1S)-1-[4-(3-amino-1H-indazol-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-2-phenylethyl}-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enamide
要素Coagulation factor XI, light chain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / BLOOD COAGULATION FACTOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YU / CITRIC ACID / Coagulation factor XI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-based design of inhibitors of coagulation factor XIa with novel P1 moieties.
著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, ...著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, S. / Myers, J.E. / Morin, P.E. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Wexler, R.R.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Tetrahydroquinoline derivatives as potent and selective factor XIa inhibitors.
著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. ...著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. / Rendina, A.R. / Rossi, K.A. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zhang, G. / Seiffert, D. / Wexler, R.R.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Phenylimidazoles as potent and selective inhibitors of coagulation factor XIa with in vivo antithrombotic activity.
著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / ...著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / Watson, C.A. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Bisacchi, G.S. / Subramaniam, S. / Arunachalam, P. / Mathur, A. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
#3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Pyridine and pyridinone-based factor XIa inhibitors.
著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D. ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XI, light chain
B: Coagulation factor XI, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,00213
ポリマ－53,7132
非ポリマー2,28911
水5,513306
1
A: Coagulation factor XI, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9135
ポリマ－26,8561
非ポリマー1,0564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coagulation factor XI, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0898
ポリマ－26,8561
非ポリマー1,2337
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.774, 82.549, 154.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細chain A

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor XI, light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA


分子量: 26856.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 315分子

#3: 化合物 ChemComp-3YU / (2E)-N-{(1S)-1-[4-(3-amino-1H-indazol-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-2-phenylethyl}-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enamide


分子量: 551.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H23ClN10O
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.0, 36%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→41.27 Å / Num. obs: 38006 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 23.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SOR

3sor


解像度: 1.93→27.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9528 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9339 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.126
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 1893 5.01 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.1656 37771 99.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6831 Å20 Å20 Å2
2---1.6449 Å20 Å2
3----0.0382 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.171 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→27.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3732 0 157 306 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014049HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.055550HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1378SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes719HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4049HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion523SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4712SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 144 4.94 %
Rwork0.1865 2773 -
all0.1887 2917 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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