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- PDB-3rn2: Structural Basis of Cytosolic DNA Recognition by Innate Immune Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rn2
タイトルStructural Basis of Cytosolic DNA Recognition by Innate Immune Receptors
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
  • Interferon-inducible protein AIM2
キーワードImmune system/DNA / CYTOSOLIC DNA SENSOR / INFLAMMASOME / DNA BINDING / CYTOSOLIC / Immune system-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


AIM2 inflammasome complex assembly / pyroptosome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...AIM2 inflammasome complex assembly / pyroptosome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / brain development / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon-inducible protein AIM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Jin, T.C. / Xiao, T.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: Structures of the HIN Domain:DNA Complexes Reveal Ligand Binding and Activation Mechanisms of the AIM2 Inflammasome and IFI16 Receptor.
著者: Jin, T. / Perry, A. / Jiang, J. / Smith, P. / Curry, J.A. / Unterholzner, L. / Jiang, Z. / Horvath, G. / Rathinam, V.A. / Johnstone, R.W. / Hornung, V. / Latz, E. / Bowie, A.G. / Fitzgerald, K.A. / Xiao, T.S.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible protein AIM2
B: Interferon-inducible protein AIM2
K: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,59910
ポリマ－59,2274
非ポリマー3726
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.560, 74.770, 65.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interferon-inducible protein AIM2 / Absent in melanoma 2


分子量: 23480.465 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 144-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIM2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14862
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 20-mer
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG1000, 0.1 M KCl, 10 mM MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 18573 / Num. obs: 18538 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.16 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.49
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.25 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_723)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry code 3RLO

3rlo


解像度: 2.55→43.765 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.14 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 955 5.15 %
Rwork0.2084 --
obs0.2103 18538 99.83 %
all-18573 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.543 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5273 Å2-0 Å21.5054 Å2
2---1.3701 Å20 Å2
3---6.8974 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3095 814 24 45 3978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5445631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6241611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5502-2.68450.35871410.33332492X-RAY DIFFRACTION95
2.6845-2.85260.37861220.32052498X-RAY DIFFRACTION95
2.8526-3.07260.37751430.29322490X-RAY DIFFRACTION94
3.0726-3.38130.26071310.23912489X-RAY DIFFRACTION95
3.3813-3.86960.25761260.21952532X-RAY DIFFRACTION95
3.8696-4.87130.21541330.15872521X-RAY DIFFRACTION95
4.8713-28.42770.20631540.16082552X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1605-0.3829-0.60844.0010.77545.0083-0.15840.1487-0.1186-0.03450.2671-0.0555-0.07760.2315-0.0110.2278-0.0345-0.11580.262-0.00550.1603-19.0573-6.038-30.2437
25.32532.0177-1.21644.98042.72826.34040.1570.04030.2547-0.0375-0.13170.50470.0077-0.64910.09470.1906-0.0915-0.16110.4337-0.04620.4518-27.3475-8.207-28.861
34.41160.07151.31284.51650.73561.75430.2055-0.17720.22830.4279-0.2605-0.2906-0.0328-0.0390.0880.2212-0.0739-0.0770.4711-0.10620.4528-5.4112-1.4806-15.2435
43.3956-0.25711.3362.4879-1.60121.43710.18920.628-0.0885-0.0612-0.4355-0.67990.1730.9180.1770.28030.0532-0.10880.555-0.05430.48211.68512.4348-20.6676
55.53261.7049-1.2634.4895-2.70663.0885-0.1050.2375-0.25730.4639-0.0417-0.46-0.06170.32470.19280.24630.0277-0.10850.3327-0.14490.3185-2.9532-3.9024-19.3695
65.81131.61331.25933.53050.85032.6661-0.18360.41140.1776-0.26310.26640.0423-0.22250.3144-0.06380.111-0.0449-0.03460.3149-0.01070.2147-11.108440.7633-17.2445
72.6547-1.56321.46965.9445-1.26392.79090.08030.8706-0.8399-0.2875-0.2133-0.44790.25410.49330.16050.14230.00220.06170.564-0.12680.5022-1.855734.9976-18.5826
85.87813.52832.61046.11731.41294.7773-0.21350.08660.9236-0.12510.0956-0.1087-0.42870.21940.09130.2084-0.0653-0.18830.33070.00290.5414-7.320846.7358-17.0622
95.63491.78740.29692.2096-0.36892.80530.1043-1.09410.3930.2633-0.1401-0.22320.12990.1930.03020.1766-0.0046-0.11930.4315-0.07910.3146-10.065935.1959-3.5238
102.5533-0.25510.84962.74521.18931.82030.1796-0.7110.71960.2251-0.03190.48950.0369-0.59610.07580.1505-0.07860.04050.64360.02050.3932-34.584832.8631-7.369
118.1698-1.80262.35885.06150.78794.10330.3261-0.3570.05330.0431-0.30720.40360.1608-0.5486-0.17150.11320.00480.02340.52260.06170.3991-33.426330.8479-9.7914
126.1784-0.8709-1.67761.3745-0.92091.55070.1082-0.42220.29880.22080.18350.2466-0.02720.0659-0.27680.2599-0.0194-0.01840.5551-0.0350.4083-24.622836.3518-8.2851
135.2229-0.2794-1.03495.1791-1.77121.80420.0633-0.48810.36780.10010.23670.68820.0373-0.06-0.2880.09930.0041-0.0860.5851-0.01130.4119-27.892936.4275-8.4899
141.0508-0.2469-0.24631.0920.09031.93110.257-0.0664-0.03720.00780.1229-0.09060.01010.0565-0.08980.59060.0185-0.02390.5912-0.06290.1122-14.524619.1873-40.8618
153.611-0.40630.22030.4646-0.99424.01080.2104-0.057-0.08180.08310.2333-0.0997-0.21520.1642-0.21770.6045-0.0133-0.09290.5596-0.03020.1468-11.360416.8212-16.7652
162.8855-0.22232.15970.0324-0.4296.11330.184-0.3967-0.37040.04130.11880.10260.7551-0.1673-0.23530.7958-0.0513-0.05820.57010.11520.2105-16.476115.05223.1709
172.9603-0.44520.31292.3191.6026.20970.09880.0779-0.07360.02350.2815-0.25080.16530.3431-0.17970.7539-0.0076-0.02430.7411-0.11830.1907-8.502215.94763.8658
181.5698-0.46270.7111.52560.07872.23890.0422-0.1809-0.06250.11860.08640.04850.1607-0.0445-0.01110.61250.00090.00850.60640.01920.0865-15.906219.6111-14.5682
191.89960.0502-0.0011.04870.09132.86220.16330.10280.0113-0.15420.1296-0.0115-0.1115-0.06330.10570.61470.0155-0.08240.5002-0.09140.1106-15.194316.9199-38.9394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 147:204)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 205:239)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 240:286)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 287:313)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 314:340)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 147:198)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 199:210)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 211:229)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 230:265)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 266:286)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 287:308)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 309:319)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 320:339)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'K' and (resseq 1:8)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'K' and (resseq 9:15)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'K' and (resseq 16:20)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resseq 1:5)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resseq 6:11)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resseq 12:20)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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