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- PDB-3rmp: Structural basis for the recognition of attP substrates by P4-lik... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rmp
タイトルStructural basis for the recognition of attP substrates by P4-like integrases
要素
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3'
  • CP4-like integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prophage integrase activity / provirus excision / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain superfamily / Arm DNA-binding domain / : / Phage integrase central domain / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. ...Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain / Integrase, DNA-binding domain superfamily / Arm DNA-binding domain / : / Phage integrase central domain / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Szwagierczak, A. / Popowicz, G.M. / Holak, T.A. / Rakin, A. / Antonenka, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for the recognition of attP substrates by P4-like integrases
著者: Szwagierczak, A. / Popowicz, G.M. / Holak, T.A. / Rakin, A. / Antonenka, U.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CP4-like integrase
C: CP4-like integrase
E: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3'
G: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5576
ポリマ－38,5576
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.900, 69.490, 83.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CP4-like integrase / HPI integrase / Int protein / prophage integrase


分子量: 10102.696 Da / 分子数: 2 / 断片: arm-type binding domain (UNP residues 1-80) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: int, int2, YPO1917, YP_1660, y2393 / プラスミド: pET 21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z3B4
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3'


分子量: 4546.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3'


分子量: 4630.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 65% MPD, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日 / 詳細: monochromator, mirror
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.8 Å / Num. all: 21347 / Num. obs: 14688 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JTZ

3jtz


解像度: 2.21→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 7.685 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28021 695 5 %RANDOM
Rwork0.23404 ---
obs0.23625 13182 75.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 1119 0 45 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8472.5363546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1535149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92721.06447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.41415219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.131513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.370.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6181.5752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14321195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11231706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9024.52351
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 32 -
Rwork0.338 500 -
obs--39.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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