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Yorodumi- PDB-3su4: Crystal structure of NS3/4A protease variant R155K in complex wit... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3su4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of NS3/4A protease variant R155K in complex with vaniprevir | ||||||
Components | NS3 protease,NS4A protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / serine protease / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / serine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / serine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / SH3 domain binding / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Hepatitis C virus subtype 1a Hepatitis C virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.255 Å | ||||||
Authors | Schiffer, C.A. / Romano, K.P. | ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2012Title: The Molecular Basis of Drug Resistance against Hepatitis C Virus NS3/4A Protease Inhibitors. Authors: Romano, K.P. / Ali, A. / Aydin, C. / Soumana, D. / Ozen, A. / Deveau, L.M. / Silver, C. / Cao, H. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3su4.cif.gz | 163.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3su4.ent.gz | 130 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3su4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3su4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3su4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 3su4_validation.xml.gz | 18.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3su4_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/3su4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/3su4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3su0C ![]() 3su1C ![]() 3su2C ![]() 3su3C ![]() 3su5C ![]() 3su6C ![]() 3sudC ![]() 3sueC ![]() 3sufC ![]() 3sugC ![]() 3sv6C ![]() 3sv7C ![]() 3sv8C ![]() 3sv9C C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21459.316 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: NS4A (UNP residues 1674-1687), NS3 (UNP residues 29-211) Mutation: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, I1044E, L1047Q, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepatitis C virus subtype 1a, (gene. exp.) Hepatitis C virusPlasmid: PET28a / Production host: ![]() References: UniProt: A8DG50, UniProt: B4YYL7, UniProt: P26664*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | VANIPREVIR (MK-7009) IS A MACROCYCLIC, PEPTIDOMIMETIC HCV NS3/4A PROTEASE INHIBITOR FROM MERCK. THE ...VANIPREVIR | Sequence details | THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY ...THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY CORRESPOND | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.95 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: hanging drop, vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 20-25% PEG 3350, 0.1M MES (pH 6.5), 4% ammonium sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Date: Dec 7, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 19213 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.255→42.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2198 / WRfactor Rwork: 0.1713 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8725 / SU B: 9.359 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.2609 / SU Rfree: 0.2067 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOODDetails: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 79 Å2 / Biso mean: 30.6072 Å2 / Biso min: 12.9 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.255→42.88 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.255→2.314 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Hepatitis C virus subtype 1a
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