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万見
- PDB-3rl3: Rat metallophosphodiesterase MPPED2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rl3
タイトルRat metallophosphodiesterase MPPED2
要素Metallophosphoesterase MPPED2
キーワードHYDROLASE / alpha-beta fold / metallophosphodiesterase / wild type / GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP binding / phosphoric diester hydrolase activity / AMP binding / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / Metallophosphoesterase MPPED2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Podobnik, M. / Dermol, U.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Unique utilization of a phosphoprotein phosphatase fold by a mammalian phosphodiesterase associated with WAGR syndrome.
著者: Dermol, U. / Janardan, V. / Tyagi, R. / Visweswariah, S.S. / Podobnik, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Characterization of an evolutionatily conserved metallophosphoesterase that is expressed in the fetal brain and associated with the WAGR syndrome
著者: Tyagi, R. / Shenoy, A.R. / Visweswariah, S.S.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: A mycobacterial cyclic AMP phosphodiesterase that moonlights as a modifier of cell wall permeability
著者: Podobnik, M. / Tyagi, R. / Matange, N. / Dermol, U. / Gupta, A.K. / Mattoo, R. / Seshardi, K. / Visweswariah, S.S.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and biochemical analysis of the Rv0805 cyclic nucleotide phosphodiesterase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Shenoy, A.R. / Capuder, M. / Draskovic, P. / Lamba, D. / Visweswariah, S.S. / Podobnik, M.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The Rv0805 Gene from Mycobacterium tuberculosis Encodes a 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase: Biochemical and Mutational Analysis
著者: Shenoy, A.R. / Sreenath, N. / Podobnik, M. / Kovacevic, M. / Visweswariah, S.S.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallophosphoesterase MPPED2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,45413
ポリマ－33,4991
非ポリマー95512
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.887, 69.752, 46.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallophosphoesterase MPPED2 / 239FB / Fetal brain protein 239 homolog / Metallophosphoesterase domain-containing protein 2


分子量: 33498.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mpped2 / プラスミド: pProExHTc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B1WBP0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 316分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: MnCl2, PEG 3350, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日 / 詳細: monochromators, mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. all: 58321 / Num. obs: 57595 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.093 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.42-1.453.80.49137701197.3
1.45-1.493.90.41937510.998198
1.49-1.533.90.33338200.998198.3
1.53-1.5740.26838090.998198.2
1.57-1.6340.2338141.002198.3
1.63-1.6840.18437851.002198.9
1.68-1.7540.16238461.002198.7
1.75-1.8340.13438091.002199.1
1.83-1.9340.1138590.999199.4
1.93-2.0540.09438561199.4
2.05-2.2140.08338351199.6
2.21-2.434.10.07838770.999199.8
2.43-2.7840.07239010.999199.9
2.78-3.54.10.066390211100
3.5-5040.06639610.999199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.66 Å
Translation2.5 Å47.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.2004 / WRfactor Rwork: 0.1719 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8986 / SU B: 1.881 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0711 / SU Rfree: 0.0616 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1871 5810 10.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.1627 57591 98.72 %-
all-58321 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.39 Å2 / Biso mean: 18.2092 Å2 / Biso min: 8.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å2-0.34 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 38 304 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.963218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40323.964111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.45215352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.951511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21645
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1591.51417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75122290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53831072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1754.5928
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.95232489
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.5593314
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.80932271
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.454 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 420 -
Rwork0.233 3633 -
all-4053 -
obs--93.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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