[日本語] English
万見
- PDB-3rhu: Epitope backbone grafting by computational design for improved pr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rhu
タイトルEpitope backbone grafting by computational design for improved presentation of linear epitopes on scaffold proteins
要素SC_1wnu
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein grafting / flexible backbone design / epitope-scaffold / HIV / immunogen design
機能・相同性
機能・相同性情報


Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / aminoacyl-tRNA editing activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #20 / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanyl-tRNA editing protein AlaX-S
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Azoitei, M.L. / Ban, Y.A. / Julien, J.P. / Bryson, S. / Schroeter, A. / Kalyuzhniy, O. / Porter, J.R. / Adachi, Y. / Baker, D. / Szabo, E. ...Azoitei, M.L. / Ban, Y.A. / Julien, J.P. / Bryson, S. / Schroeter, A. / Kalyuzhniy, O. / Porter, J.R. / Adachi, Y. / Baker, D. / Szabo, E. / Pai, E.F. / Schief, W.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Computational design of high-affinity epitope scaffolds by backbone grafting of a linear epitope.
著者: Azoitei, M.L. / Ban, Y.E. / Julien, J.P. / Bryson, S. / Schroeter, A. / Kalyuzhniy, O. / Porter, J.R. / Adachi, Y. / Baker, D. / Pai, E.F. / Schief, W.R.
履歴
登録2011年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SC_1wnu
B: SC_1wnu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3722
ポリマ－36,3722
非ポリマー00
水00
1
A: SC_1wnu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1861
ポリマ－18,1861
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SC_1wnu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1861
ポリマ－18,1861
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.650, 103.650, 85.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 SC_1wnu


分子量: 18185.982 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: UNP M1S,V22T,L23A,E26D,Y31T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: alaXS, PH0574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58307
配列の詳細PROTEIN CONSTRUCT CONSISTS OF UNP RESIDUES 1-154 WITH A C-TERMINAL EXPRESSION TAG AND UNP RESIDUES ...PROTEIN CONSTRUCT CONSISTS OF UNP RESIDUES 1-154 WITH A C-TERMINAL EXPRESSION TAG AND UNP RESIDUES 46-60 (FDRKPSDEEIREIER) REPLACED BY EPITOPE AALEPDKWGIAAIEA

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.8 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→73.3 Å / Num. all: 11406 / Num. obs: 11260 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WNU

1wnu


解像度: 2.8→73.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 22.695 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.887 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31223 538 4.8 %RANDOM
Rwork0.28027 ---
obs0.28182 10722 99.83 %-
all-10740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.27 Å20 Å20 Å2
2--3.27 Å20 Å2
3----6.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→73.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 0 0 2228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1091.9643056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.76224.66790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.65915440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9521510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4671.51398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86422260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7233870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3734.5796
LS精密化 シェル解像度: 2.798→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 46 -
Rwork0.326 771 -
obs--98.91 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る