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万見
- PDB-6y4r: Cytoplasmic domain of TssL from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y4r
タイトルCytoplasmic domain of TssL from Acinetobacter baumannii
要素DotU family type IV/VI secretion system protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Component of the T6SS
機能・相同性Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU superfamily / Type VI secretion system protein DotU / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / DotU family type IV/VI secretion system protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Ruiz, F.M. / Romero, A.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of TssL from Acinetobacter baumannii: a Key Component of the Type VI Secretion System.
著者: Ruiz, F.M. / Lopez, J. / Ferrara, C.G. / Santillana, E. / Espinosa, Y.R. / Feldman, M.F. / Romero, A.
履歴
登録2020年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DotU family type IV/VI secretion system protein
B: DotU family type IV/VI secretion system protein
C: DotU family type IV/VI secretion system protein
D: DotU family type IV/VI secretion system protein
E: DotU family type IV/VI secretion system protein
F: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6956
ポリマ－112,6956
非ポリマー00
水4,468248
1
A: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7821
ポリマ－18,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7821
ポリマ－18,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7821
ポリマ－18,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7821
ポリマ－18,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7821
ポリマ－18,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7821
ポリマ－18,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.845, 78.835, 96.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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6111(chain F and (resseq 3:31 or resseq 33:39 or resseq...F2 - 161

-
要素

#1: タンパク質
DotU family type IV/VI secretion system protein


分子量: 18782.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: EA685_02620, EA746_015130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A429M4M7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 6000, 10 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.07255 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07255 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,k,-h-l / Fraction: 0.03
反射解像度: 2.59→48.62 Å / Num. obs: 37828 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 109140 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.59-2.712.70.5271164543860.8460.3750.651.990.6
8.98-48.622.80.03825739090.9970.0260.04618.290.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIXv1.10精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.594→48.619 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 1988 5.26 %
Rwork0.2094 --
obs0.2125 37807 95.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.23 Å2 / Biso mean: 39.3929 Å2 / Biso min: 6.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.594→48.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7948 0 0 248 8196
Biso mean---27.53 -
残基数----960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24810970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5064838
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4234X-RAY DIFFRACTION14.118TORSIONAL
12B4234X-RAY DIFFRACTION14.118TORSIONAL
13C4234X-RAY DIFFRACTION14.118TORSIONAL
14D4234X-RAY DIFFRACTION14.118TORSIONAL
15E4234X-RAY DIFFRACTION14.118TORSIONAL
16F4234X-RAY DIFFRACTION14.118TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5979-2.6680.41641450.27972611275687
2.668-2.74620.4132960.27422818291494
2.7462-2.83460.34851370.26432832296994
2.8346-2.93550.32991630.24032758292192
2.9355-3.05250.33071260.24142825295193
3.0525-3.19080.33711190.22792770288993
3.1908-3.3580.26351500.20362785293592
3.358-3.5670.27181550.19452751290691
3.567-3.84010.2461810.18032696287790
3.8401-4.22230.20641430.17782727287090
4.2223-4.82360.2021330.1622761289491
4.8236-6.04110.2321710.20412736290790
6.0411-18.37620.3162920.21782804289691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78590.17540.40160.39831.01473.738-0.02460.1075-0.0479-0.02750.00180.06130.1159-0.04520.03350.2980.01020.00030.379-0.01290.128818.756-5.591117.5034
21.9457-0.2896-0.5460.69470.34660.93780.0451-0.1008-0.0643-0.07340.05380.01910.01540.0737-0.09420.2674-0.0143-0.0270.3820.00450.136-5.7735-5.938344.4413
31.86950.0308-1.0290.6497-0.39752.05020.1076-0.4211-0.10470.0847-0.0295-0.00880.0113-0.025-0.09070.2731-0.0679-0.04670.54190.01730.173320.9028-5.854158.6567
41.3881-0.1407-0.45120.885-0.16140.9430.06010.0428-0.0401-0.1448-0.03140.03750.0884-0.1248-0.00320.2944-0.0081-0.0490.32740.00420.11755.5112-5.755236.2885
51.261-0.16950.29320.3756-0.38863.1641-0.08420.2397-0.0191-0.0357-0.013-0.03040.0805-0.13230.09570.3563-0.0676-0.00510.51260.05360.154844.4559-5.50111.4825
62.477-0.45230.42180.79390.03961.74240.0738-0.0408-0.1559-0.105-0.00620.04430.07150.0098-0.07020.2920.0074-0.04580.40050.01580.131-7.698633.536217.3077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 160)A1 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 161)B1 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 160)C1 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 160)D1 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 2 through 160)E2 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 2 through 161)F2 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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