PDB-3rht: Crystal structure of type 1 glutamine amidotransferase (GATase1)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rht

タイトル

Crystal structure of type 1 glutamine amidotransferase (GATase1)-like protein from Planctomyces limnophilus

要素

(GATase1)-like protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Planctomyces limnophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of type 1 glutamine amidotransferase (GATase1)-like protein from Planctomyces limnophilus
著者: Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2011年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rht.cif.gz	420.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rht.ent.gz	361.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rht_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rht_full_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示
XML形式データ	3rht_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	3rht_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ldf-d 4jxi-2 2klf-d 3obj-d 2etw-d 4m8d-6 3vse-3 5e7i-2 6cvf-1 3vse-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100657

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (GATase1)-like protein

B: (GATase1)-like protein

C: (GATase1)-like protein

D: (GATase1)-like protein

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (GATase1)-like protein

D: (GATase1)-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: (GATase1)-like protein

C: (GATase1)-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.287, 126.827, 101.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	(GATase1)-like protein 分子量: 28587.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア) 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_2614 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: D5SQH6

-
非ポリマー , 6種, 616分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, 14.4% PEG8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 93377 / Num. obs: 93329 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4567 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.83→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 5.365 / SU ML: 0.075 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19172	1383	1.5 %	RANDOM
R_work	0.15754	-	-	-
all	0.15803	93207	-	-
obs	0.15803	93207	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.098 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	-0.35 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7752	0	73	595	8420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	8103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.943	11062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.937	3	12892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.8	5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.113	24.143	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.416	15	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.001	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.766	1.5	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.247	1.5	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.312	2	8095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.416	3	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.693	4.5	2967

LS精密化シェル

解像度: 1.832→1.88 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	103	-
R_work	0.263	6552	-
obs	-	6655	97.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8417	-0.4331	1.7749	1.4911	0.4526	2.8424	0.0068	-0.5094	-0.1189	0.2688	0.0006	0.0801	-0.028	-0.2802	-0.0073	0.1001	-0.0149	-0.0017	0.2021	0.0345	0.0323	-4.0739	46.1029	34.3467
2	1.531	0.1064	0.0743	0.8294	-0.1446	2.3182	0.0196	-0.2049	-0.2923	0.0923	-0.0249	-0.0564	0.2476	0.0826	0.0053	0.1003	-0.0053	-0.0122	0.0997	0.0439	0.13	3.8951	35.3414	24.2757
3	3.2106	-0.8402	2.8981	3.6189	-5.4052	21.1292	0.0885	0.3529	-0.2472	0.0049	-0.1621	-0.1265	0.7221	0.6437	0.0737	0.0943	0.0016	-0.0155	0.1287	-0.11	0.1395	1.4302	35.493	-1.9492
4	1.778	-0.4169	0.1754	1.2852	0.0173	1.6577	0.0051	-0.214	-0.2689	0.1492	0.0263	0.1173	0.1598	-0.2662	-0.0314	0.0733	-0.0586	-0.0042	0.1268	0.0247	0.0834	-7.655	38.2023	23.601
5	4.5276	1.3352	-0.9012	2.2124	-1.0955	3.2472	0.0492	0.5563	0.5851	-0.0944	-0.0289	0.1563	-0.3561	-0.0615	-0.0203	0.1049	0.0117	-0.0302	0.1475	0.0961	0.0988	11.7164	47.365	55.7996
6	2.295	0.1634	-0.3978	1.2745	-0.2794	1.7578	0.0735	0.0392	0.3204	0.0072	-0.0912	-0.0606	-0.2179	0.1513	0.0177	0.0531	-0.0232	-0.026	0.039	0.0212	0.0863	20.884	45.9592	70.9458
7	10.3865	1.861	-1.0502	14.8041	0.5693	7.9468	0.4119	-1.1345	-0.6571	0.6977	-0.4668	-0.6327	0.2161	0.1383	0.0548	0.1128	-0.0578	-0.087	0.224	0.1179	0.0973	17.3873	21.1572	89.3378
8	2.4545	0.6196	0.1469	1.3509	0.0764	1.6991	0.0192	0.069	0.3379	-0.0113	-0.0426	0.1208	-0.2009	-0.0854	0.0234	0.0364	0.0151	0.0023	0.0123	0.0099	0.0501	10.3497	43.7501	70.2148
9	3.3429	1.6717	0.4715	2.3353	0.3734	1.7548	-0.2095	0.4137	-0.5446	-0.5188	0.134	-0.2754	0.2675	0.0137	0.0755	0.2326	-0.0015	0.0946	0.1296	-0.0837	0.1634	11.588	13.5746	53.8594
10	1.7434	0.4123	0.0281	2.0315	0.1327	1.3213	-0.0034	0.0168	-0.3583	-0.0541	-0.0999	-0.1111	0.1943	-0.0972	0.1033	0.0553	-0.0041	0.0293	0.0211	-0.0035	0.1017	6.7911	14.4858	70.8583
11	2.0812	1.7385	0.4502	14.7852	6.6269	3.6375	0.1631	-0.4229	-0.0427	0.4468	-0.4852	0.4837	0.2001	-0.2071	0.3221	0.0575	-0.036	-0.0016	0.1351	0.0158	0.0475	8.5313	26.3847	85.9353
12	2.2242	0.9989	-0.2343	1.8434	-0.0285	1.2863	-0.09	0.0778	-0.4934	-0.1395	-0.0299	-0.3761	0.1857	0.1348	0.1199	0.0548	0.0341	0.0382	0.0306	-0.001	0.1483	17.4602	15.8689	67.8951
13	3.8483	0.4488	-0.7257	6.5281	-1.6386	6.9804	0.1246	-0.1126	0.5417	0.0311	-0.0135	-0.0283	-0.3978	0.1332	-0.1111	0.0427	-0.0031	0.0024	0.0183	-0.0412	0.1257	-2.6861	67.465	12.8938
14	3.6004	-2.406	-0.008	2.9489	-0.0727	1.392	0.1441	0.0807	0.5235	-0.0539	-0.0511	-0.1776	-0.3362	0.0106	-0.093	0.1211	-0.0055	0.0197	0.0625	-0.0198	0.1453	-4.2407	69.7404	10.4932
15	1.6406	0.8535	-0.5034	2.7987	-1.0951	2.0355	0.0861	0.1631	0.2916	-0.0004	0.0099	0.2761	-0.2942	-0.27	-0.096	0.0751	0.0487	0.0042	0.142	-0.0026	0.0965	-15.9335	64.6356	3.7052
16	1.8513	-0.2903	-0.0507	1.3115	0.0135	1.5665	0.0311	0.2128	-0.0255	-0.1271	-0.02	-0.0224	0.0543	-0.0572	-0.0111	0.0351	-0.01	-0.004	0.0971	-0.0282	0.0148	-2.7586	50.8368	0.1235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 254
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	50 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	170 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	184 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 69
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	70 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	158 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	187 - 254
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	3 - 13
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	14 - 63
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	64 - 116
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	117 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

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非ポリマー , 6種, 616分子

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実験情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)